More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1513 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
308 aa  634    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0978  Rhodanese domain protein  40.71 
 
 
537 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.21 
 
 
225 aa  92  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.37 
 
 
251 aa  83.2  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  33.09 
 
 
225 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
230 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  34.15 
 
 
220 aa  80.5  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.86 
 
 
225 aa  79  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
228 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.06 
 
 
230 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.79 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.79 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
226 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.2 
 
 
225 aa  75.9  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.52 
 
 
225 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.71 
 
 
225 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.9 
 
 
151 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
226 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
236 aa  72.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  38.24 
 
 
214 aa  72.8  0.000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  33.05 
 
 
151 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
225 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
225 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.99 
 
 
225 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  33.6 
 
 
224 aa  70.5  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  30.77 
 
 
226 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  28.97 
 
 
160 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
226 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.2 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
425 aa  69.7  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  29.41 
 
 
425 aa  69.7  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1658  Rhodanese domain protein  35.24 
 
 
252 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.329991  normal  0.217102 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3120  predicted protein  31.78 
 
 
241 aa  69.3  0.00000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.19 
 
 
231 aa  69.3  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.15 
 
 
223 aa  68.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 
243 aa  68.6  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
224 aa  68.9  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  30.99 
 
 
165 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
219 aa  68.2  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  33.59 
 
 
860 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  32.99 
 
 
577 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.36 
 
 
233 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.28 
 
 
228 aa  68.2  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  28.77 
 
 
226 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  28.36 
 
 
286 aa  67  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  28.03 
 
 
230 aa  66.6  0.0000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.61 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
222 aa  66.2  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1780  cyclic nucleotide-binding protein  32.35 
 
 
156 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  27.33 
 
 
419 aa  65.9  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  33.06 
 
 
355 aa  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.76 
 
 
253 aa  65.5  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.52 
 
 
234 aa  65.1  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  29.91 
 
 
157 aa  65.5  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0491  cyclic nucleotide-binding protein  30 
 
 
410 aa  65.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0215963  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04510  cyclic nucleotide-binding domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G03170)  28.24 
 
 
923 aa  64.7  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.78 
 
 
234 aa  64.7  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.8 
 
 
227 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.61 
 
 
228 aa  64.7  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.27 
 
 
141 aa  64.7  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
225 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.07 
 
 
624 aa  63.9  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.47 
 
 
225 aa  64.3  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  28.91 
 
 
495 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  34.44 
 
 
621 aa  63.9  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.11 
 
 
243 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  31.93 
 
 
275 aa  63.9  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.81 
 
 
225 aa  63.5  0.000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 
1177 aa  63.2  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  32.11 
 
 
219 aa  63.2  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.95 
 
 
237 aa  63.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0931  rhodanese-like domain-containing protein  37.38 
 
 
301 aa  63.2  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  31.54 
 
 
148 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
229 aa  62.8  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3842  cyclic nucleotide-binding protein  32.09 
 
 
582 aa  62.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306863  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.72 
 
 
263 aa  62.8  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
225 aa  62.8  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_5235  predicted protein  30.33 
 
 
263 aa  62.8  0.000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.540131  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  29.06 
 
 
222 aa  62.8  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.37 
 
 
226 aa  62.8  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  37.84 
 
 
367 aa  62.4  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  35.16 
 
 
322 aa  61.6  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  33.87 
 
 
482 aa  62  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  30.95 
 
 
149 aa  62  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  36.04 
 
 
238 aa  61.6  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.82 
 
 
228 aa  62  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  29.08 
 
 
413 aa  62  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.33 
 
 
229 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.48 
 
 
228 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3904  cyclic nucleotide-binding:Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS:xanthine/uracil/vitamin C permease:sulphate transporter  33.04 
 
 
736 aa  61.2  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  30.33 
 
 
229 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.33 
 
 
229 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  30.33 
 
 
230 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3539  cyclic nucleotide-binding protein  30.58 
 
 
857 aa  61.6  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0290793  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2911  cyclic nucleotide-binding protein  33.98 
 
 
1124 aa  61.2  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.965385  normal  0.0176228 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
238 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.33 
 
 
230 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.33 
 
 
230 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>