More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0683 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  100 
 
 
250 aa  504  9.999999999999999e-143  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  51.06 
 
 
264 aa  240  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  54.62 
 
 
238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.75 
 
 
240 aa  231  6e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  54.03 
 
 
251 aa  231  1e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.92 
 
 
237 aa  226  3e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.68 
 
 
247 aa  225  4e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  52.36 
 
 
239 aa  225  4e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  49.79 
 
 
266 aa  225  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  49.79 
 
 
266 aa  224  8e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  47.68 
 
 
241 aa  224  1e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  46.19 
 
 
235 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.95 
 
 
258 aa  219  3e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  51.93 
 
 
243 aa  219  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.79 
 
 
249 aa  218  1e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  48.95 
 
 
309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  48.73 
 
 
243 aa  216  4e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  47.01 
 
 
236 aa  215  4e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  51.45 
 
 
255 aa  215  5.9999999999999996e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  48.92 
 
 
271 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  48.31 
 
 
242 aa  214  8e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.4 
 
 
239 aa  214  8e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.69 
 
 
236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  46.22 
 
 
238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  50 
 
 
329 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  46.44 
 
 
296 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  50 
 
 
324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.79 
 
 
243 aa  212  3.9999999999999995e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.31 
 
 
242 aa  211  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.31 
 
 
242 aa  211  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  48.31 
 
 
242 aa  211  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.17 
 
 
328 aa  211  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  47.88 
 
 
242 aa  209  3e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  47.88 
 
 
242 aa  209  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.88 
 
 
242 aa  209  3e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  48.32 
 
 
265 aa  209  3e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.88 
 
 
242 aa  209  3e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  47.46 
 
 
242 aa  209  3e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.88 
 
 
242 aa  209  3e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  48.48 
 
 
274 aa  208  6e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.46 
 
 
242 aa  208  8e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.68 
 
 
238 aa  207  1e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  46.26 
 
 
230 aa  204  1e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  49.79 
 
 
556 aa  204  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  49.58 
 
 
354 aa  202  3e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  50.64 
 
 
624 aa  202  4e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.72 
 
 
249 aa  201  7e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  49.58 
 
 
406 aa  201  7e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  50.41 
 
 
329 aa  201  8e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  49.15 
 
 
273 aa  200  9.999999999999999e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  47.3 
 
 
274 aa  199  1.9999999999999998e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  49.79 
 
 
567 aa  199  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  50.42 
 
 
426 aa  199  3e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  48.31 
 
 
306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  44.03 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  47.9 
 
 
621 aa  196  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  48.76 
 
 
403 aa  196  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.88 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  46.86 
 
 
322 aa  195  5.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  44.4 
 
 
256 aa  194  1e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  44.13 
 
 
254 aa  194  1e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.09 
 
 
288 aa  193  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  45.57 
 
 
318 aa  193  2e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.35 
 
 
251 aa  192  6e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09831  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  45.64 
 
 
244 aa  192  6e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  44.67 
 
 
253 aa  191  8e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  46.03 
 
 
263 aa  191  1e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  44.49 
 
 
236 aa  190  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  45.61 
 
 
694 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  42.37 
 
 
245 aa  189  4e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  45.53 
 
 
250 aa  189  4e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.05 
 
 
236 aa  189  4e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  46.84 
 
 
375 aa  189  5e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  44.54 
 
 
284 aa  188  5.999999999999999e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  41.6 
 
 
237 aa  188  5.999999999999999e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  44.35 
 
 
245 aa  188  7e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  47.23 
 
 
259 aa  188  8e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  46.91 
 
 
553 aa  188  9e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  44.68 
 
 
239 aa  187  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  48.72 
 
 
233 aa  186  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.8 
 
 
245 aa  186  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.8 
 
 
245 aa  186  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  45.12 
 
 
261 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  47.28 
 
 
249 aa  186  4e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  42.98 
 
 
554 aa  186  4e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.06 
 
 
269 aa  185  6e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  46.69 
 
 
247 aa  185  7e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  45.45 
 
 
254 aa  185  8e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  45.75 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  45.75 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  45.53 
 
 
251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  45.8 
 
 
250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  44.31 
 
 
279 aa  183  3e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  38.82 
 
 
239 aa  180  1e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  45.11 
 
 
680 aa  181  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  44.86 
 
 
243 aa  180  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  45.38 
 
 
245 aa  180  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5425  pseudouridine synthase  48.52 
 
 
246 aa  179  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.974125  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  43.1 
 
 
284 aa  178  5.999999999999999e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2371  pseudouridine synthase  47.11 
 
 
319 aa  178  5.999999999999999e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.588015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>