More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0156 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
335 aa  678    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  35.09 
 
 
321 aa  170  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.75 
 
 
335 aa  169  5e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.35 
 
 
332 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.93 
 
 
320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.81 
 
 
358 aa  164  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.57 
 
 
331 aa  157  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  32.17 
 
 
326 aa  157  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.62 
 
 
324 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.85 
 
 
323 aa  151  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.46 
 
 
320 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.46 
 
 
320 aa  150  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.02 
 
 
338 aa  147  3e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.44 
 
 
326 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.67 
 
 
501 aa  144  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.29 
 
 
589 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.18 
 
 
330 aa  142  6e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.93 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  29.75 
 
 
320 aa  138  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.65 
 
 
343 aa  136  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.48 
 
 
363 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.98 
 
 
517 aa  134  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2269  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.02 
 
 
688 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.2 
 
 
363 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.91 
 
 
329 aa  132  9e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.02 
 
 
485 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  30.04 
 
 
568 aa  130  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.05 
 
 
391 aa  129  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.79 
 
 
320 aa  129  6e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.31 
 
 
543 aa  129  7.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0189  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.11 
 
 
622 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.31 
 
 
601 aa  129  9.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.5 
 
 
344 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0066  DNA polymerase III, tau subunit  40.34 
 
 
577 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.76 
 
 
588 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0194  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.89 
 
 
614 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.66 
 
 
351 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0232  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.35 
 
 
554 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.55 
 
 
737 aa  128  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.08 
 
 
345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1328  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, programmed frameshift  38.55 
 
 
547 aa  127  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.895216  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0506  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.29 
 
 
538 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.84 
 
 
732 aa  126  4.0000000000000003e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.62 
 
 
518 aa  126  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1458  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.44 
 
 
723 aa  126  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  42.04 
 
 
499 aa  126  5e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.75 
 
 
447 aa  126  6e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1335  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.61 
 
 
690 aa  126  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0235479  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.47 
 
 
565 aa  125  7e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.47 
 
 
565 aa  125  7e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.71 
 
 
586 aa  125  7e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.41 
 
 
354 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.81 
 
 
589 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.27 
 
 
340 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.84 
 
 
395 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  28.08 
 
 
327 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.13 
 
 
421 aa  124  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.32 
 
 
681 aa  124  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  37.78 
 
 
605 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.5 
 
 
774 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  28.75 
 
 
327 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  28.75 
 
 
327 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.93 
 
 
930 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0042  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.32 
 
 
540 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000215305  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  30.2 
 
 
326 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  28.53 
 
 
327 aa  124  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.69 
 
 
559 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40 
 
 
553 aa  123  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.73 
 
 
370 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0491  DNA polymerase III gamma/tau subunit  27.47 
 
 
375 aa  123  4e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0572  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.66 
 
 
692 aa  123  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000382536  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.66 
 
 
427 aa  123  4e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  27.44 
 
 
327 aa  123  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0830  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.62 
 
 
580 aa  123  5e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.02 
 
 
579 aa  123  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  35.92 
 
 
582 aa  123  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.71 
 
 
567 aa  123  5e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.16 
 
 
460 aa  123  5e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2608  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.9 
 
 
610 aa  123  6e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.43 
 
 
641 aa  122  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1200  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40 
 
 
667 aa  123  6e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.04 
 
 
599 aa  122  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1855  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.46 
 
 
587 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225715  normal  0.416564 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.36 
 
 
698 aa  122  7e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.52 
 
 
602 aa  122  7e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3039  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.6 
 
 
678 aa  122  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.78 
 
 
398 aa  122  8e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.561354 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  28.53 
 
 
327 aa  122  8e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  28.53 
 
 
327 aa  122  8e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  37.07 
 
 
304 aa  122  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.61 
 
 
335 aa  122  9e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  28.53 
 
 
327 aa  122  9e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1085  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.66 
 
 
714 aa  122  9e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1310  DNA-directed DNA polymerase  38.89 
 
 
909 aa  122  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.216995  normal  0.0673614 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  28.12 
 
 
327 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2889  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.57 
 
 
658 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.381742  normal  0.068134 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0242  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33 
 
 
562 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000227385  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.55 
 
 
478 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7084  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.62 
 
 
634 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.55 
 
 
478 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>