More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_4066 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_4005  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 45 aa  86.3  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000152105  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4382  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 45 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000590105  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4383  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 45 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000103253  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0005  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 45 aa  86.3  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000407109  unclonable  0.0000000000598342 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4524  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 45 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000909572  hitchhiker  0.00010277 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3778  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 45 aa  86.3  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000138281  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4328  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 45 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000182239  unclonable  0.00000000000165538 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3943  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 45 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000682615  unclonable  0.0000000000163779 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4035  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 45 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000176438  unclonable  0.0000123729 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4066  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 45 aa  86.3  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000570066  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  88.37 
 
 		 44 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  88.37 
 
 		 44 aa  72.4  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  88.37 
 
 		 44 aa  71.6  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3608  ribosomal protein L34  83.72 
 
 		 44 aa  70.9  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 45 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197783  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4045  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 46 aa  69.7  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486459 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3336  50S ribosomal protein L34P  81.4 
 
 		 44 aa  68.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.754449  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3321  50S ribosomal protein L34P  85.71 
 
 		 44 aa  68.6  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4618  50S ribosomal protein L34  83.72 
 
 		 46 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0184645  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0357  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 44 aa  67.8  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.145521  normal  0.0448083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0031  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 46 aa  67.8  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  0.196138 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4038  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 46 aa  67.4  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.34188  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2138  ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 44 aa  67.4  0.00000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4260  50S ribosomal protein L34  97.78 
 
 		 45 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000224998  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3869  50S ribosomal protein L34  97.78 
 
 		 45 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000185495  unclonable  0.00000233405 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4487  ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 44 aa  67  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000849089  hitchhiker  0.00000000110171 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3505  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 44 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0561624 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0007  50S ribosomal protein L34  97.78 
 
 		 45 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2147  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  65.9  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  2.00251e-17  unclonable  0.00000111229 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0001  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  65.9  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000283755  hitchhiker  0.00000000552795 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  65.5  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0002  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  65.9  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000727123  unclonable  0.0000468434 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 44 aa  65.9  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000390368  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  80.95 
 
 		 44 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  80.95 
 
 		 44 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000014236  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2632  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2310  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093766 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2353  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0872  50S ribosomal protein L34  75.56 
 
 		 45 aa  64.3  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12828  hypothetical protein  76.74 
 
 		 52 aa  63.9  0.0000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1021  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.797032  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0301  ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0642  50S ribosomal protein L34  75.56 
 
 		 45 aa  63.9  0.0000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0779335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0962  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3614  50S ribosomal protein L34P  79.07 
 
 		 44 aa  63.5  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0012  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 		 45 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000202932  hitchhiker  0.000509962 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0009  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 		 44 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0097  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5615  ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5137  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4932  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 		 45 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000256886  unclonable  0.00000000600905 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2199  ribosomal protein L34  78.57 
 
 		 44 aa  62.8  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000155667  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  74.42 
 
 		 44 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2577  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1363  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  62.8  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0002  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 		 44 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1046  ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0456047  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3921  ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 55 aa  63.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.250811  normal  0.369762 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  62  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  62  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0575  50S ribosomal protein L34P  79.07 
 
 		 44 aa  62.4  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2884  50S ribosomal protein L34  78.57 
 
 		 44 aa  62.8  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715219  normal  0.406653 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2720  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  62  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.054761 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0081  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 44 aa  61.6  0.000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0005  50S ribosomal protein L34  78.57 
 
 		 44 aa  61.6  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000814875  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0333  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  62  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_27040  LSU ribosomal protein L34P  68.89 
 
 		 45 aa  61.2  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0313  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0279  ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 52 aa  60.8  0.000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000148872  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0096  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 52 aa  60.8  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605951 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2603  ribosomal protein L34  78.57 
 
 		 46 aa  60.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15416  normal  0.859083 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0870  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0100  50S ribosomal protein L34  68.89 
 
 		 53 aa  60.5  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0036  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 		 44 aa  60.1  0.000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.398714 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0035  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 		 44 aa  60.1  0.000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.766539  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0656  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 50 aa  59.7  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1540  ribosomal protein L34  67.44 
 
 		 44 aa  60.1  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000041199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0374  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136246  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682.1  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.3  0.00000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0134  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 		 52 aa  58.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1923  ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 44 aa  58.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360923  normal  0.510099 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9056  ribosomal protein L34  66.67 
 
 		 45 aa  59.3  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00101546  normal  0.317071 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4138  ribosomal protein L34  64.44 
 
 		 45 aa  58.5  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00368218  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2524  ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 53 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.480913  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2827  50S ribosomal protein L34P  69.05 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1543  ribosomal protein L34  71.43 
 
 		 52 aa  58.5  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.185024 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3760  50S ribosomal protein L34P  75.61 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3184  50S ribosomal protein L34  69.05 
 
 		 44 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278531 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4593  50S ribosomal protein L34  64.44 
 
 		 45 aa  58.2  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0000549229  decreased coverage  0.0000848449 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7341  50S ribosomal protein L34  64.44 
 
 		 45 aa  57.8  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.880784 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3400  50S ribosomal protein L34  69.05 
 
 		 44 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812666  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0090  50S ribosomal protein L34  69.05 
 
 		 44 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3238  50S ribosomal protein L34  69.05 
 
 		 44 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.303962  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4463  50S ribosomal protein L34  69.05 
 
 		 44 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.404373  normal  0.0831526 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2338  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 53 aa  58.2  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.13668 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>