More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_4060 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 288 aa  599  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  80.9 
 
 		 290 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  64.81 
 
 		 290 aa  410  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 292 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  64.58 
 
 		 292 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 292 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  64.24 
 
 		 292 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 292 aa  402  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 292 aa  401  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  62.15 
 
 		 293 aa  395  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 291 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  62.85 
 
 		 289 aa  395  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 289 aa  395  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  63.19 
 
 		 289 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  62.85 
 
 		 289 aa  395  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  61.81 
 
 		 293 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  62.15 
 
 		 293 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  62.15 
 
 		 289 aa  387  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 289 aa  387  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  59.72 
 
 		 302 aa  384  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  60.28 
 
 		 288 aa  382  1e-105  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 295 aa  382  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 288 aa  379  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  57.84 
 
 		 298 aa  372  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 298 aa  365  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  58.68 
 
 		 290 aa  363  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  52.78 
 
 		 289 aa  341  9e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  53.47 
 
 		 289 aa  341  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 304 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  51.39 
 
 		 302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 298 aa  318  9e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  52.1 
 
 		 298 aa  317  1e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 302 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 298 aa  314  9e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.4 
 
 		 298 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 298 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 298 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  46.88 
 
 		 292 aa  289  4e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 290 aa  264  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 326 aa  261  8.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 295 aa  257  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 335 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 328 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 295 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.49 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.44 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 296 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 362 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.57 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 309 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 309 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  37.8 
 
 		 309 aa  205  8e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 300 aa  205  8e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 300 aa  205  8e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 316 aa  205  8e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 300 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 300 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 300 aa  205  8e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>