More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3991 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3991  transcriptional regulator, LacI family protein  100 
 
 
343 aa  709    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00173292  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0064  transcriptional regulator, LacI family  81.92 
 
 
343 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0065  LacI family transcription regulator  81.92 
 
 
343 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259026 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  81.92 
 
 
343 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  81.92 
 
 
343 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0065  LacI family transcription regulator  80.29 
 
 
342 aa  555  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000194735 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0063  LacI family transcription regulator  80.29 
 
 
342 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000367552 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0061  LacI family transcription regulator  80 
 
 
342 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000329359 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02629  Transcriptional regulator  52.55 
 
 
341 aa  369  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.01 
 
 
366 aa  289  4e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3821  LacI family transcription regulator  45.37 
 
 
324 aa  268  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.383217  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2909  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  37.46 
 
 
365 aa  209  8e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.420519 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1479  LacI family transcription regulator  33.85 
 
 
362 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0346  transcriptional regulator, LacI family  34.27 
 
 
367 aa  156  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4919  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 
358 aa  155  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13608  LacI family transcriptional regulator  35.14 
 
 
404 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.311872 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1119  transcriptional regulator, LacI family  33.74 
 
 
350 aa  152  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.158873  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35310  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 
366 aa  152  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.263381  normal  0.860746 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4716  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 
366 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.417684  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4802  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 
366 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5101  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 
366 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.181934 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5317  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.43 
 
 
366 aa  149  7e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.188854 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  30.54 
 
 
375 aa  144  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2718  transcriptional regulator, LacI family  32.82 
 
 
354 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.204137 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  32.57 
 
 
358 aa  140  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.97 
 
 
347 aa  140  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.92 
 
 
365 aa  138  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.696084  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2243  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 
339 aa  134  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.792989 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  31.23 
 
 
358 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2982  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 
353 aa  132  7.999999999999999e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000384304  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1526  LacI family transcription regulator  30.18 
 
 
346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1737  LacI family transcription regulator  30.18 
 
 
346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.486845  hitchhiker  0.000686199 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1633  LacI family transcription regulator  30.18 
 
 
346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1521  LacI family transcription regulator  30.49 
 
 
388 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6308  LacI family transcription regulator  30.49 
 
 
388 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6966  LacI family transcription regulator  30.49 
 
 
365 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.205208  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1312  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  31.41 
 
 
353 aa  126  5e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07700  transcriptional regulator  29.94 
 
 
359 aa  125  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.241125  normal  0.0525574 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  29.31 
 
 
344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 
337 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  28.96 
 
 
330 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  29.27 
 
 
339 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.79 
 
 
339 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 
336 aa  112  6e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.04 
 
 
348 aa  112  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  29.57 
 
 
335 aa  112  9e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  26.65 
 
 
340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  29.22 
 
 
348 aa  110  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  27.33 
 
 
335 aa  109  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.547709 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.59 
 
 
341 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  26.59 
 
 
341 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.59 
 
 
341 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  26.59 
 
 
341 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.59 
 
 
343 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.59 
 
 
341 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.59 
 
 
343 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.59 
 
 
341 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  27.19 
 
 
339 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 
353 aa  107  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  29.12 
 
 
339 aa  107  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  27.54 
 
 
335 aa  107  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  29.05 
 
 
338 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.36 
 
 
330 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3401  LacI family transcription regulator  28.88 
 
 
367 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  26.79 
 
 
342 aa  106  5e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.05 
 
 
335 aa  106  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.66 
 
 
335 aa  105  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4069  LacI family transcription regulator  29.27 
 
 
367 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3452  LacI family transcription regulator  29.27 
 
 
369 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164472  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2717  LacI family transcription regulator  29.27 
 
 
330 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  30.21 
 
 
343 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2691  transcriptional regulator, LacI family  26.17 
 
 
355 aa  105  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  24.51 
 
 
345 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.05 
 
 
330 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  27.73 
 
 
333 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5235  LacI family transcription regulator  28.35 
 
 
330 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  27.38 
 
 
347 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  29.7 
 
 
381 aa  103  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  26.57 
 
 
337 aa  103  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 
330 aa  104  3e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  29.08 
 
 
338 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  29.5 
 
 
342 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.97 
 
 
342 aa  103  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 
368 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  29.18 
 
 
353 aa  103  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5165  LacI family transcription regulator  28.66 
 
 
330 aa  103  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.48 
 
 
323 aa  102  7e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  27.94 
 
 
350 aa  102  9e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.19 
 
 
347 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.54 
 
 
335 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  25.81 
 
 
340 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  26.65 
 
 
341 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.65 
 
 
341 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1878  transcriptional regulator, LacI family  28.32 
 
 
351 aa  101  2e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0941149  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3807  LacI family transcription regulator  27.08 
 
 
350 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0659508  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  27.43 
 
 
341 aa  101  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.73 
 
 
335 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  25.9 
 
 
341 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0975  transcriptional regulator, LacI family  28.03 
 
 
338 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.73 
 
 
337 aa  100  5e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>