More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3988 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  83.23 
 
 
798 aa  1352    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  83.1 
 
 
798 aa  1350    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  47.4 
 
 
882 aa  725    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  82.85 
 
 
798 aa  1348    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  0.0000000155765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  82.85 
 
 
798 aa  1348    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  0.0000416662 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  83.23 
 
 
798 aa  1349    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000018092  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  100 
 
 
798 aa  1617    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000235152  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  83.23 
 
 
798 aa  1351    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  53.92 
 
 
814 aa  828    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  82.85 
 
 
798 aa  1348    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  42.33 
 
 
812 aa  616  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000386767  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  42.55 
 
 
836 aa  606  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  38.64 
 
 
875 aa  492  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  34.96 
 
 
838 aa  387  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  29.93 
 
 
866 aa  293  6e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 
754 aa  265  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 
835 aa  264  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 
753 aa  253  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 
761 aa  248  4e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  27.7 
 
 
756 aa  247  6.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
786 aa  244  3e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 
757 aa  243  7.999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 
793 aa  240  9e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  27.48 
 
 
864 aa  233  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  26.53 
 
 
959 aa  207  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 
798 aa  199  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 
870 aa  184  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 
923 aa  176  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  27.2 
 
 
831 aa  173  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 
815 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 
879 aa  160  6e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3272  TonB-dependent siderophore receptor  32.75 
 
 
750 aa  70.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.46801  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  30.14 
 
 
753 aa  70.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1883  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 
702 aa  69.3  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118236  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  29.49 
 
 
718 aa  66.6  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  27.53 
 
 
703 aa  65.9  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.73 
 
 
631 aa  64.3  0.000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  31.18 
 
 
778 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 
705 aa  63.9  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.18 
 
 
631 aa  63.5  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  26.7 
 
 
739 aa  62.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.371565 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3452  TonB-dependent siderophore receptor  34.32 
 
 
747 aa  62  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.380409  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  34.91 
 
 
747 aa  62  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0155  ferrichrome outer membrane transporter  34.32 
 
 
747 aa  62  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  34.91 
 
 
747 aa  62  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  34.32 
 
 
747 aa  61.6  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  34.32 
 
 
747 aa  62  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  34.32 
 
 
747 aa  61.6  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  34.32 
 
 
745 aa  62  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0209  ferrichrome outer membrane transporter  31.76 
 
 
703 aa  61.6  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0208  ferrichrome outer membrane transporter  31.76 
 
 
703 aa  61.6  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0220  ferrichrome outer membrane transporter  31.76 
 
 
729 aa  61.2  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.874732  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.33 
 
 
653 aa  61.2  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1502  ferrichrome outer membrane transporter  23.24 
 
 
729 aa  60.8  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  29.69 
 
 
638 aa  60.5  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2779  TonB-dependent siderophore receptor  27.75 
 
 
863 aa  60.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 
700 aa  60.5  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0162  ferrichrome outer membrane transporter  33.73 
 
 
752 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 
702 aa  59.7  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  30.91 
 
 
688 aa  58.9  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 
790 aa  58.9  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  29.67 
 
 
704 aa  58.2  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  26.42 
 
 
655 aa  58.2  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  31.49 
 
 
817 aa  58.2  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  31.18 
 
 
729 aa  58.2  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  27.6 
 
 
617 aa  58.2  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0154  ferrichrome outer membrane transporter  31.18 
 
 
729 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 
702 aa  57  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0690  ferrichrome outer membrane transporter  33.73 
 
 
747 aa  57  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  30.86 
 
 
676 aa  57.4  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2140  ferrichrome receptor precursor protein  28.02 
 
 
740 aa  55.8  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262117  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1045  TonB-dependent siderophore receptor  29.44 
 
 
699 aa  55.8  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.616371  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  30.86 
 
 
729 aa  55.8  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1006  TonB-dependent siderophore receptor  27.93 
 
 
726 aa  56.2  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  28.89 
 
 
666 aa  55.1  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  28.15 
 
 
628 aa  55.5  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  29.73 
 
 
680 aa  55.5  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  28.66 
 
 
640 aa  55.5  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 
702 aa  55.1  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  25.13 
 
 
665 aa  55.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  25.13 
 
 
665 aa  55.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  25.13 
 
 
665 aa  55.1  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1503  TonB-dependent siderophore receptor  29.01 
 
 
643 aa  54.7  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  28.5 
 
 
707 aa  54.7  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 
716 aa  54.7  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 
763 aa  54.7  0.000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001284  putative iron(III) compound receptor  24.89 
 
 
701 aa  54.7  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000165675  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  28.27 
 
 
673 aa  54.3  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0988  TonB-dependent receptor plug  28.25 
 
 
806 aa  54.7  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.124203 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  28.33 
 
 
666 aa  54.3  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  28.33 
 
 
666 aa  54.3  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  28.33 
 
 
666 aa  54.3  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  32.35 
 
 
695 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  27.53 
 
 
706 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40910  ferripyoverdine receptor  29.02 
 
 
808 aa  53.9  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00205881  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 
698 aa  53.9  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  27.53 
 
 
706 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  24.78 
 
 
710 aa  53.5  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1803  ribosome-binding factor A  27.06 
 
 
656 aa  53.9  0.00001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  27.53 
 
 
706 aa  53.9  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>