63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3979 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3979  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 377 aa  762    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.508382  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0055  transport protein, putative  78.1 
 
 		 379 aa  597  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0069  transport protein, putative  77.84 
 
 		 379 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0071  transport protein, putative  78.1 
 
 		 379 aa  594  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4280  transport protein, putative  77.04 
 
 		 379 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0074  transport protein, putative  77.04 
 
 		 379 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0074  transport protein, putative  78.36 
 
 		 379 aa  590  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000331098 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0072  transport protein, putative  78.36 
 
 		 379 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.177811 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0069  transport protein, putative  77.31 
 
 		 379 aa  585  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0070  transport protein, putative  77.84 
 
 		 379 aa  586  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.277541 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4866  ABC-2 type transporter  74.15 
 
 		 387 aa  580  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0066  transport protein, putative  76 
 
 		 378 aa  578  1e-164  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3782  ABC-2 type transporter  71.93 
 
 		 378 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4462  ABC-2 type transporter  72.44 
 
 		 382 aa  569  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.510043 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4192  ABC-2 type transporter  70.82 
 
 		 381 aa  555  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.148286  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3577  transport protein, putative  71.16 
 
 		 378 aa  525  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0724  protein NatB  34.63 
 
 		 396 aa  228  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3872  ABC transporter sodium permease  32.02 
 
 		 394 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02800  ABC transporter sodium permease  28.85 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1445  ABC transporter sodium permease  30.32 
 
 		 394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.757965  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1500  ABC transporter sodium permease  30.32 
 
 		 394 aa  120  3e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.809114  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3799  Na+ ABC transporter permease protein  26.63 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.578241  normal  0.0174839 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0341  ABC-2 type transporter  27.46 
 
 		 394 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0112  ABC-type Na+ efflux pump permease component-like protein  28.08 
 
 		 403 aa  107  4e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0364  ABC-2 type transporter  27.27 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2943  ABC-2 type transporter  24.51 
 
 		 405 aa  95.5  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2950  ABC-type Na+ efflux pump, permease component  25.19 
 
 		 397 aa  88.2  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.404593  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1529  ABC-type Na+ efflux pump, permease component  25.14 
 
 		 409 aa  77  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.508402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0115  ABC-2 type transporter  27.11 
 
 		 405 aa  73.2  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1676  ABC-2 type transporter  24.45 
 
 		 413 aa  72  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.333655 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1957  ABC-2 type transporter  28.83 
 
 		 388 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0574803  normal  0.493307 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1790  putative sodium ABC transporter permease protein  25.79 
 
 		 395 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03077  putative ABC-type Na+ efflux pump, permease component  25.55 
 
 		 398 aa  69.3  0.00000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  23.42 
 
 		 376 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3114  ABC transporter, inner membrane subunit  26.38 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3308  ABC-2 type transporter  26.61 
 
 		 380 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3144  Abortive infection protein  25 
 
 		 830 aa  57  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.569126  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3223  ABC-2 type transporter  26.61 
 
 		 380 aa  57  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0649112  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  23.68 
 
 		 377 aa  53.5  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  23.31 
 
 		 377 aa  52.4  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  21.35 
 
 		 376 aa  50.4  0.00006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  23.31 
 
 		 377 aa  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0769  Abortive infection protein  29.71 
 
 		 775 aa  50.1  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  25.84 
 
 		 379 aa  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  23.3 
 
 		 377 aa  49.7  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1131  ABC-2 type transporter  27.86 
 
 		 390 aa  49.7  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.315475  hitchhiker  0.00237195 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  24.15 
 
 		 369 aa  49.7  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3196  ABC-type Na+ efflux pump, permease component  27.72 
 
 		 408 aa  49.3  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.109527 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0349  putative ABC transporter, permease protein  26.23 
 
 		 364 aa  48.1  0.0002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  22.9 
 
 		 378 aa  48.5  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8102  ABC-2 type transporter  21.19 
 
 		 379 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19720  hypothetical protein  27.4 
 
 		 157 aa  47.4  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1419  hypothetical protein  24.24 
 
 		 369 aa  46.6  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.779934  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  24.43 
 
 		 370 aa  46.6  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3735  heavy metal efflux pump CzcA  23.77 
 
 		 392 aa  46.6  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1659  ABC-2 type transporter  26.59 
 
 		 369 aa  45.1  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0599997  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1805  ABC transporter, permease protein  25.43 
 
 		 369 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1106  ABC-2 type transporter  24.58 
 
 		 379 aa  44.7  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.762924 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0683  ABC transporter, permease protein, putative  28.57 
 
 		 248 aa  43.9  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.65169  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1866  ABC transporter, permease protein  26.01 
 
 		 369 aa  43.5  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.181745  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1407  ABC-2 type transporter  21.59 
 
 		 390 aa  43.1  0.007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0722893 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0261  ABC transporter, permease protein, putative  28.24 
 
 		 357 aa  42.7  0.01  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.822784  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  22.49 
 
 		 381 aa  42.7  0.01  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>