More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3976 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3976  transcriptional regulator, GntR family protein  100 
 
 		 125 aa  251  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3574  GntR family transcriptional regulator  71.31 
 
 		 123 aa  179  9.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0075  GntR family transcriptional regulator  74.59 
 
 		 121 aa  177  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0073  GntR family transcriptional regulator  74.59 
 
 		 121 aa  177  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0077  GntR family transcriptional regulator  74.59 
 
 		 121 aa  177  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000256514 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0058  regulatory protein GntR, HTH  74.59 
 
 		 123 aa  176  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0072  GntR family transcriptional regulator  73.77 
 
 		 123 aa  176  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4863  GntR family transcriptional regulator  69.92 
 
 		 125 aa  176  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3779  GntR family transcriptional regulator  65.32 
 
 		 126 aa  174  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0077  GntR family transcriptional regulator  69.67 
 
 		 123 aa  170  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4189  GntR family transcriptional regulator  66.94 
 
 		 124 aa  170  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0072  regulatory protein GntR HTH  69.67 
 
 		 123 aa  170  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0074  transcriptional regulator, GntR family  69.67 
 
 		 123 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4277  regulatory protein GntR, HTH  68.85 
 
 		 123 aa  168  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0069  regulatory protein GntR, HTH  66.94 
 
 		 129 aa  166  9e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2620  transcriptional regulator, GntR family  39.64 
 
 		 119 aa  82  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0363096  normal  0.140863 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2461  transcriptional regulator, GntR family  36.94 
 
 		 125 aa  73.9  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0996  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.467589 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3987  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.142638  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3907  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 139 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4298  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4553  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0732  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 		 138 aa  72.8  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0138087  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4146  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3817  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 139 aa  72  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3833  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1052  transcriptional regulator, GntR family  33.06 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681455 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4186  transcriptional regulator, GntR family  33.06 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0817984  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4098  transcriptional regulator, GntR family  33.88 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.57441e-29 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4209  transcriptional regulator, GntR family  33.88 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000240895  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3079  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0791  putative transcriptional regulator  31.5 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0160  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000659048  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0162  regulatory protein GntR, HTH  31.36 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000379114  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2835  GntR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.062788  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2807  gluconate operon transcriptional repressor  31.97 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00313262  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2769  GntR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3049  GntR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  32.73 
 
 		 252 aa  68.6  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3062  transcriptional regulator, GntR family  31.97 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2775  regulatory protein GntR HTH  33.61 
 
 		 139 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.233655  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3903  GntR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 124 aa  67.4  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000301963  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1549  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.478849  decreased coverage  0.0000058181 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0118  transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000000889333  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1173  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 113 aa  65.9  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.497772  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0823  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 113 aa  65.9  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.609388  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3223  regulatory protein GntR HTH  38.68 
 
 		 115 aa  65.9  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0366  transcriptional regulator, GntR family  28.33 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0389778  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000965  transcriptional regulator GntR family  35.58 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1382  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00127899  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2275  transcriptional regulator, GntR family  41.56 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00673812  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2244  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1133  regulatory protein GntR, HTH  31.3 
 
 		 122 aa  64.3  0.0000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0222  transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.672326  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1272  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1388  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 117 aa  63.2  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14957 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2248  transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07005  hypothetical protein  34.62 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  35.58 
 
 		 247 aa  61.6  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24450  transcriptional regulator, GntR family  40.24 
 
 		 117 aa  62  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.498075 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03590  transcriptional regulator, GntR family  33.88 
 
 		 116 aa  62  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.325087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0653  transcriptional regulator, GntR family  39.24 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.90305  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3525  GntR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 120 aa  61.2  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0631  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 121 aa  61.2  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4353  transcriptional regulator, GntR family  29.6 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000250168  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03060  predicted transcriptional regulator  40.79 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2352  transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2319  GntR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000162157  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4333  transcriptional regulator, GntR family  29.6 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000068149  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2910  regulatory protein GntR HTH  27.05 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3243  regulatory protein GntR, HTH  29.06 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1315  transcriptional regulator, GntR family  38.55 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0274198  hitchhiker  0.00236205 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1108  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0952489  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0449  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1175  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 124 aa  60.5  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0796897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2000  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 118 aa  60.1  0.000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4299  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606617  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3936  transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.105249 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0664  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 122 aa  60.1  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4126  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000992152  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3966  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000936551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3976  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000310644  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1106  transcriptional regulator, GntR family  39.62 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.866665  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4077  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000584944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4445  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000230512  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4242  transcriptional regulator, GntR family  29.6 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01221  transcriptional regulator GntR family  40.66 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.189033  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2285  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 118 aa  60.1  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1871  transcriptional regulator, GntR family  28.95 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0144797 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2420  transcriptional regulator, GntR family  45.31 
 
 		 117 aa  59.3  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0103399  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1271  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1243  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.151316  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1245  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1332  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2604  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1373  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2647  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0423424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1359  transcriptional regulator, GntR family  29.75 
 
 		 123 aa  58.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.131607  normal  0.428483 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1407  transcriptional regulator, GntR family  32.46 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.378384  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1514  transcriptional regulator, GntR family  32.46 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1278  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0107112  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>