More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3863 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 382 aa  768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  73.23 
 
 		 381 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  73.23 
 
 		 381 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  72.97 
 
 		 381 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  73.02 
 
 		 386 aa  553  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  72.51 
 
 		 382 aa  532  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  71.65 
 
 		 381 aa  526  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  72.51 
 
 		 382 aa  525  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  69.66 
 
 		 385 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  70.98 
 
 		 386 aa  524  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  72.51 
 
 		 382 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  72.51 
 
 		 382 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  68.07 
 
 		 383 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  70.7 
 
 		 378 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  59.89 
 
 		 379 aa  454  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0131  RND family efflux transporter MFP subunit  62.2 
 
 		 383 aa  448  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000302028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01755  hypothetical protein  61.41 
 
 		 378 aa  412  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  53.08 
 
 		 392 aa  381  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.07 
 
 		 422 aa  372  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  53.48 
 
 		 394 aa  372  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.95 
 
 		 433 aa  371  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  53.64 
 
 		 400 aa  363  3e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  52.86 
 
 		 395 aa  362  4e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.14 
 
 		 395 aa  361  1e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.59 
 
 		 399 aa  358  6e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  50.53 
 
 		 395 aa  357  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  50.53 
 
 		 388 aa  357  9.999999999999999e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  50.53 
 
 		 395 aa  357  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  53.93 
 
 		 400 aa  356  5e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  53.15 
 
 		 386 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  50.79 
 
 		 397 aa  349  4e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  50 
 
 		 405 aa  349  6e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.59 
 
 		 386 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  50.41 
 
 		 426 aa  347  2e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.87 
 
 		 379 aa  346  3e-94  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  53.89 
 
 		 395 aa  345  6e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  51.73 
 
 		 382 aa  344  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  51.09 
 
 		 383 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  49.73 
 
 		 425 aa  342  5e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  51.18 
 
 		 409 aa  342  5e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  50.82 
 
 		 442 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  50.81 
 
 		 423 aa  342  7e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  51.18 
 
 		 409 aa  342  7e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  50.92 
 
 		 409 aa  341  1e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  50.92 
 
 		 397 aa  340  2e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.92 
 
 		 397 aa  340  2e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  50.92 
 
 		 397 aa  340  2e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  50.92 
 
 		 397 aa  340  2e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  50.92 
 
 		 397 aa  340  2e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  50.92 
 
 		 397 aa  340  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  50.83 
 
 		 394 aa  339  4e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  48.42 
 
 		 428 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.09 
 
 		 410 aa  339  5e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  53.43 
 
 		 384 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.84 
 
 		 384 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  52.84 
 
 		 384 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  50.14 
 
 		 390 aa  338  9.999999999999999e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  51.3 
 
 		 383 aa  337  2.9999999999999997e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  52.84 
 
 		 384 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  49.73 
 
 		 431 aa  336  5e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 381 aa  335  5.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  52.15 
 
 		 385 aa  335  7.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  52.15 
 
 		 385 aa  335  7.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  52.15 
 
 		 385 aa  335  7.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  50.13 
 
 		 405 aa  335  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  50.54 
 
 		 424 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.17 
 
 		 393 aa  334  2e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  50.54 
 
 		 424 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  50.54 
 
 		 424 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  47.63 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.63 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  47.63 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  47.63 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  47.63 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2894  RND family efflux transporter MFP subunit  46.44 
 
 		 397 aa  333  3e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.781676  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  47.63 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  50.27 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  47.63 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  53.43 
 
 		 409 aa  333  4e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  50 
 
 		 385 aa  332  5e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  47.49 
 
 		 385 aa  332  7.000000000000001e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.59 
 
 		 398 aa  332  9e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 		 385 aa  331  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  50 
 
 		 385 aa  331  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  51.69 
 
 		 412 aa  331  1e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 385 aa  331  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  50 
 
 		 385 aa  331  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 		 397 aa  330  2e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.17 
 
 		 405 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.34834  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  50 
 
 		 412 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  51.88 
 
 		 385 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 412 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  46.7 
 
 		 385 aa  329  4e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  49.73 
 
 		 385 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  49.73 
 
 		 385 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  49.73 
 
 		 385 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2325  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.73 
 
 		 446 aa  329  5.0000000000000004e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.116121  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4025  RND family efflux transporter MFP subunit  55.1 
 
 		 383 aa  329  5.0000000000000004e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503943  normal  0.259915 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3367  RND family efflux transporter MFP subunit  50.15 
 
 		 480 aa  329  6e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  48.39 
 
 		 379 aa  328  7e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>