More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3744 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  100 
 
 
173 aa  338  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  60.34 
 
 
172 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  59.89 
 
 
172 aa  190  6e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  57.22 
 
 
186 aa  176  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  57.38 
 
 
182 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  62.89 
 
 
171 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  59.66 
 
 
174 aa  170  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  53.67 
 
 
173 aa  169  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  53.63 
 
 
172 aa  167  9e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  52.11 
 
 
176 aa  149  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  51.15 
 
 
159 aa  149  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  54.91 
 
 
168 aa  143  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  49.44 
 
 
163 aa  137  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  50.29 
 
 
169 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  55.28 
 
 
175 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  50.28 
 
 
166 aa  132  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  47.22 
 
 
172 aa  131  6e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  47.65 
 
 
169 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  52.1 
 
 
178 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  47.06 
 
 
169 aa  128  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  48.33 
 
 
173 aa  127  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4408  MSHA pilin protein MshA  47.65 
 
 
170 aa  122  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00456827  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  59.09 
 
 
169 aa  122  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  42.44 
 
 
169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  45.45 
 
 
165 aa  108  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  47.59 
 
 
169 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  54.37 
 
 
157 aa  106  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  51.89 
 
 
156 aa  102  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  44.24 
 
 
166 aa  98.2  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  50.93 
 
 
151 aa  98.2  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  69.7 
 
 
168 aa  95.9  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0364  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  37.42 
 
 
163 aa  94.7  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0735599  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00258  MSHA pilin protein MshA  41.61 
 
 
163 aa  94  9e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3099  methylation site containing protein  40.72 
 
 
172 aa  94  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1141  V10 pilin  65.67 
 
 
163 aa  91.7  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1380  methylation site containing protein  48.98 
 
 
190 aa  90.9  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  63.64 
 
 
178 aa  90.1  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0883  general secretion pathway protein H  40.88 
 
 
146 aa  88.2  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0109332  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1109  hypothetical protein  46.32 
 
 
166 aa  87.4  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4569  MSHA pilin protein MshA  60.94 
 
 
187 aa  84.3  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442923  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3822  putative V10 pilin  59.09 
 
 
163 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3444  methylation site containing protein  33.15 
 
 
167 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280491 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3266  methylation site containing protein  32.58 
 
 
167 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1101  methylation site containing protein  32.02 
 
 
167 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000943511 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0327  methylation site containing protein  44.25 
 
 
179 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0267191  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1176  hypothetical protein  32.02 
 
 
163 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0708  methylation site containing protein  65.52 
 
 
170 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0386199  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3308  methylation site containing protein  31.46 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  65.08 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0999  methylation site containing protein  32.78 
 
 
164 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0926979  normal  0.0597088 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003563  type II secretory pathway pseudopilin PulG  51.52 
 
 
163 aa  77  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1003  methylation site containing protein  32.78 
 
 
164 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.102399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  61.9 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02523  hypothetical protein  43.16 
 
 
163 aa  76.6  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  61.9 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1064  methylation site containing protein  33.89 
 
 
164 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.691522  normal  0.0588159 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  61.9 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  61.9 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2860  methylation site containing protein  33.14 
 
 
167 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2913  hypothetical protein  60.94 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2151  membrane protein  34.34 
 
 
186 aa  73.6  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.899411  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4255  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  33.87 
 
 
176 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3758  hypothetical protein  57.38 
 
 
174 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0576  hypothetical protein  60.34 
 
 
174 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0726397 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  37.11 
 
 
156 aa  72  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3217  hypothetical protein  63.16 
 
 
108 aa  71.2  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000170582 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3821  hypothetical protein  52.31 
 
 
173 aa  71.2  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0067  hypothetical protein  54.84 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  60.34 
 
 
193 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0856  methylation site containing protein  54.69 
 
 
182 aa  67  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0464  hypothetical protein  53.33 
 
 
191 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3326  pilin, putative  53.52 
 
 
187 aa  64.3  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0266287  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4570  MSHA pilin protein MshB  38.46 
 
 
229 aa  63.5  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.527275  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3866  hypothetical protein  52 
 
 
191 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3989  pilin, putative  56.9 
 
 
187 aa  63.2  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.387559 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0448  hypothetical protein  52 
 
 
191 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1388  methylation site containing protein  45.57 
 
 
175 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0964  pilin, putative  52.17 
 
 
187 aa  62.4  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0885526  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1066  pilin, putative  52.17 
 
 
187 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00196226  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3100  hypothetical protein  58.33 
 
 
136 aa  62.4  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0530  hypothetical protein  53.62 
 
 
192 aa  62.8  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1033  pilin, putative  52.17 
 
 
187 aa  62.4  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0234716  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0566  MSHA pilin protein MshB  36.08 
 
 
205 aa  62.8  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.571105  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3689  pilin, putative  64.58 
 
 
186 aa  62  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3315  pilin, putative  60 
 
 
185 aa  62  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.540059  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3762  methylation site containing protein  39.78 
 
 
202 aa  61.6  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000262752  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3657  methylation site containing protein  43.08 
 
 
205 aa  61.2  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000205665  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3690  methylation site containing protein  41.75 
 
 
185 aa  61.2  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4106  MSHA pilin protein MshB  43.08 
 
 
205 aa  61.2  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0550  methylation site containing protein  43.94 
 
 
218 aa  61.2  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000424061  normal  0.764365 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0177  prepilin-type cleavage/methylation  45.28 
 
 
186 aa  60.8  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0472  methylation site containing protein  43.08 
 
 
205 aa  60.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000795599  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3745  methylation site containing protein  42.42 
 
 
201 aa  61.2  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0403042  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3829  MSHA pilin protein MshB  43.08 
 
 
205 aa  60.8  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000175672  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0514  MSHA pilin protein MshB  43.08 
 
 
205 aa  60.8  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00061527  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4159  hypothetical protein  50 
 
 
193 aa  60.1  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3074  pilin, putative  58 
 
 
178 aa  60.5  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0511  MSHA pilin protein MshB  43.08 
 
 
205 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000086206  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3520  methylation site containing protein  51.35 
 
 
201 aa  60.5  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0490  MSHA pilin protein MshB  43.08 
 
 
205 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000965015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>