More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3729 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3729  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 329 aa  669    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0531  secretion protein HlyD family protein  75.62 
 
 		 324 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0527  secretion protein HlyD family protein  75.62 
 
 		 324 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0568004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0506  secretion protein HlyD family protein  75.93 
 
 		 324 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3813  secretion protein HlyD family protein  75.31 
 
 		 324 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3639  secretion protein HlyD family protein  75 
 
 		 324 aa  488  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4089  HlyD family secretion protein  74.07 
 
 		 324 aa  484  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0488  secretion protein HlyD family protein  74.38 
 
 		 324 aa  484  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0583  secretion protein HlyD family protein  73.46 
 
 		 324 aa  481  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3463  secretion protein HlyD family protein  74.38 
 
 		 324 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3745  secretion protein HlyD family protein  73.83 
 
 		 323 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4393  secretion protein HlyD family protein  76.32 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0150137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0412  secretion protein HlyD family protein  71.34 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.604128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0567  secretion protein HlyD family protein  72.59 
 
 		 323 aa  444  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.142155 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0478  HlyD family secretion protein  66.04 
 
 		 322 aa  424  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.161841 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003317  membrane-fusion protein  58.61 
 
 		 326 aa  360  2e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0618  putative secretion protein, HlyD family  53.4 
 
 		 326 aa  342  5.999999999999999e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1212  hypothetical protein  56.77 
 
 		 324 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000214097  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1840  hypothetical protein  56.05 
 
 		 332 aa  331  1e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.137202  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0477  hypothetical protein  53.77 
 
 		 332 aa  318  1e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0396  secretion protein HlyD family protein  53.55 
 
 		 330 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02435  hypothetical protein  57.62 
 
 		 326 aa  312  5.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1026  secretion protein HlyD family protein  39.26 
 
 		 326 aa  235  6e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0604  secretion protein HlyD family protein  41.14 
 
 		 326 aa  223  4.9999999999999996e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1039  secretion protein HlyD  38.46 
 
 		 427 aa  223  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4571  secretion protein HlyD family protein  42.86 
 
 		 349 aa  219  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707913  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0093  HlyD family secretion protein  40.06 
 
 		 331 aa  218  1e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0320304 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0653  secretion protein HlyD family protein  35.87 
 
 		 357 aa  202  5e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1173  secretion protein HlyD family protein  40.62 
 
 		 337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1189  secretion protein HlyD  35.4 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2777  secretion protein HlyD family protein  35.05 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.991626  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2682  secretion protein HlyD family protein  34.71 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430212  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4808  secretion protein HlyD family protein  34.47 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0499  secretion protein HlyD family protein  31.87 
 
 		 323 aa  155  8e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  29.87 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  29.56 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2703  secretion protein HlyD family protein  29.07 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1925  secretion protein HlyD family protein  27.6 
 
 		 328 aa  129  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0178624 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3060  secretion protein HlyD family protein  30.75 
 
 		 353 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0179  secretion protein HlyD  27.71 
 
 		 334 aa  109  6e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.235811  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2701  secretion protein HlyD family protein  25.56 
 
 		 333 aa  99.4  7e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2328  secretion protein HlyD  26.09 
 
 		 398 aa  97.8  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  27.17 
 
 		 335 aa  97.4  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  28.21 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 		 462 aa  82.8  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  23.44 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1902  secretion protein HlyD  23.27 
 
 		 395 aa  74.7  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0432629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2446  secretion protein HlyD  23.79 
 
 		 331 aa  75.1  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0391443  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0700  putative lipoprotein  29.66 
 
 		 359 aa  73.9  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0535  secretion protein HlyD family protein  25.54 
 
 		 339 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.482241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  26.57 
 
 		 350 aa  72  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0499  secretion protein HlyD family protein  25.9 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0564  secretion protein HlyD family protein  25.9 
 
 		 343 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.25 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  22 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  26.19 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6207  secretion protein HlyD family protein  26.95 
 
 		 357 aa  67  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2339  secretion protein HylD  28.57 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3445  secretion protein HlyD family protein  28.57 
 
 		 359 aa  66.2  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1503  secretion protein HlyD family protein  28.11 
 
 		 357 aa  65.9  0.0000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2942  hypothetical protein  26.38 
 
 		 342 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.495568  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.72 
 
 		 509 aa  64.3  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  23.63 
 
 		 375 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1949  secretion protein HlyD family protein  27.46 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.262528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1823  secretion protein HlyD family protein  24.83 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0748  secretion protein HlyD family protein  27.84 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0153902  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  25.61 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0737  secretion protein HlyD family protein  26.52 
 
 		 355 aa  63.2  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.855496 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5882  secretion protein HlyD family protein  28.72 
 
 		 357 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1943  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.54 
 
 		 450 aa  62.8  0.000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 390 aa  62.8  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2687  HlyD family secretion protein  27.62 
 
 		 357 aa  62.8  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  26.01 
 
 		 378 aa  62.4  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0227  secretion protein HlyD family protein  25.09 
 
 		 355 aa  62  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  27.73 
 
 		 349 aa  62  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03337  predicted HlyD family secretion protein  25.09 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3776  MFP family transporter  25.09 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4903  secretion protein HlyD family protein  25.25 
 
 		 359 aa  62  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0317  secretion protein HlyD family protein  25.64 
 
 		 354 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4832  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  25.09 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0228  secretion protein HlyD family protein  25.09 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  25.26 
 
 		 333 aa  61.2  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03289  hypothetical protein  25.09 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.01 
 
 		 390 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  24.46 
 
 		 368 aa  61.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  22.71 
 
 		 329 aa  60.8  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  27.73 
 
 		 349 aa  61.2  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0146  auxiliary membrane fusion protein family transporter  22.6 
 
 		 326 aa  60.5  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1778  secretion protein HlyD  25.88 
 
 		 339 aa  60.8  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32933  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0169  secretion protein HlyD  30.84 
 
 		 356 aa  60.8  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1013  secretion protein HlyD  22.26 
 
 		 394 aa  60.8  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1611  secretion protein HlyD  24.82 
 
 		 341 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.306933  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3686  MFP family transporter  25.09 
 
 		 355 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3107  secretion protein HlyD family protein  26.21 
 
 		 355 aa  60.5  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.128244  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4261  secretion protein HlyD family protein  24 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  27.59 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0760  secretion protein HlyD family protein  26.84 
 
 		 363 aa  60.1  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.92181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  25.68 
 
 		 405 aa  59.7  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2054  periplasmic component of efflux system  22.7 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>