More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3714 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  81.4 
 
 
610 aa  974  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0566  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.08 
 
 
623 aa  954  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  82.78 
 
 
623 aa  1024  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  80.2 
 
 
605 aa  962  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  81.44 
 
 
640 aa  1053  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3317  DEAD/DEAH box helicase-like protein  86.26 
 
 
611 aa  1102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.289713  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  81.44 
 
 
640 aa  1053  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  81.44 
 
 
640 aa  1053  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  81.36 
 
 
619 aa  1014  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  81.44 
 
 
640 aa  1053  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  82.23 
 
 
599 aa  983  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  81.83 
 
 
622 aa  1018  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  81.83 
 
 
622 aa  1018  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3714  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
634 aa  1286  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00250632  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  78.76 
 
 
637 aa  965  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  81.6 
 
 
640 aa  1056  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.74 
 
 
602 aa  622  1e-177  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1118  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  57.02 
 
 
606 aa  622  1e-177  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.892999  normal  0.51461 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1927  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.89 
 
 
594 aa  621  1e-176  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118281  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  54.35 
 
 
595 aa  612  1e-174  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  4.7314e-06  decreased coverage  1.37402e-06 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  51.65 
 
 
574 aa  597  1e-169  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1116  DEAD/DEAH box helicase-like  53.86 
 
 
640 aa  597  1e-169  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  54.4 
 
 
590 aa  598  1e-169  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.795312  normal  0.95213 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.88 
 
 
632 aa  597  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.856742  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0924  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.2 
 
 
599 aa  597  1e-169  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.4 
 
 
589 aa  595  1e-169  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0741  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.85 
 
 
617 aa  597  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  3.24399e-05  unclonable  8.03743e-11 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0589  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  55.85 
 
 
617 aa  597  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.159875  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3203  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  53.65 
 
 
581 aa  594  1e-168  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185856  normal  0.0248784 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  52.08 
 
 
589 aa  589  1e-167  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.4 
 
 
591 aa  585  1e-166  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1225  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.31 
 
 
646 aa  580  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.115574 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0722  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.04 
 
 
607 aa  576  1e-163  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.017054  normal  0.720031 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04825  ATP-dependent RNA helicase  50.79 
 
 
614 aa  575  1e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0418  DEAD/DEAH box helicase-like  51.29 
 
 
579 aa  577  1e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1680  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.88 
 
 
677 aa  576  1e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.139881  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0191  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.07 
 
 
609 aa  572  1e-162  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.6 
 
 
664 aa  572  1e-162  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.6 
 
 
664 aa  572  1e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1854  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.94 
 
 
610 aa  572  1e-162  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.6 
 
 
664 aa  572  1e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0220  ATP-dependent RNA helicase  50.9 
 
 
609 aa  570  1e-161  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.986223  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0328  cold-shock inducible ATP-independent RNA helicase  52.57 
 
 
583 aa  561  1e-159  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.1259e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  51.02 
 
 
624 aa  560  1e-158  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  51.99 
 
 
621 aa  558  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  50.59 
 
 
653 aa  560  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  48.89 
 
 
632 aa  556  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  51.12 
 
 
625 aa  553  1e-156  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  49.66 
 
 
629 aa  541  1e-152  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3635  ATP-dependent RNA helicase DeaD  49.48 
 
 
629 aa  539  1e-152  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  49.66 
 
 
629 aa  541  1e-152  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  49.66 
 
 
629 aa  541  1e-152  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  49.66 
 
 
629 aa  539  1e-152  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3644  ATP-dependent RNA helicase DeaD  48.97 
 
 
651 aa  529  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4481  ATP-dependent RNA helicase DeaD  48.97 
 
 
629 aa  529  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02980  hypothetical protein  48.97 
 
 
629 aa  529  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3458  ATP-dependent RNA helicase DeaD  48.97 
 
 
629 aa  529  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.438364 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0543  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.97 
 
 
629 aa  529  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3354  ATP-dependent RNA helicase DeaD  48.97 
 
 
651 aa  529  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03029  ATP-dependent RNA helicase  48.97 
 
 
629 aa  529  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  48.97 
 
 
629 aa  529  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419869 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3609  ATP-dependent RNA helicase DeaD  48.97 
 
 
651 aa  529  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0626  inducible ATP-independent RNA helicase  48.6 
 
 
591 aa  526  1e-148  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1259  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.08 
 
 
608 aa  517  1e-145  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.3 
 
 
589 aa  514  1e-144  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1726  RNA helicase DeaD  47.52 
 
 
611 aa  514  1e-144  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.226291  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10851  putative ATP-dependent RNA helicase  46.22 
 
 
604 aa  508  1e-142  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.638116  normal  0.290308 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.16 
 
 
602 aa  504  1e-141  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09651  putative ATP-dependent RNA helicase  46.68 
 
 
636 aa  500  1e-140  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1574  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.8 
 
 
499 aa  501  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0439  cold-shock DEAD box protein A (ATP-independent RNA helicase)  47.88 
 
 
641 aa  495  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.251569  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1139  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.74 
 
 
568 aa  492  1e-138  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0647  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  45.33 
 
 
589 aa  492  1e-138  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.176165  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1648  DEAD/DEAH box helicase-like  47.38 
 
 
607 aa  491  1e-137  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14791  putative ATP-dependent RNA helicase  45.33 
 
 
589 aa  491  1e-137  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.459404  normal  0.230286 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1989  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.03 
 
 
597 aa  486  1e-136  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.805069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.18 
 
 
528 aa  488  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.989648  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2267  hypothetical protein  44.14 
 
 
589 aa  485  1e-136  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3048  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.86 
 
 
747 aa  486  1e-136  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2294  hypothetical protein  44.14 
 
 
589 aa  486  1e-136  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3981  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.53 
 
 
557 aa  485  1e-135  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124844  normal  0.0163927 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.69 
 
 
627 aa  484  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.835563  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4041  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.53 
 
 
557 aa  485  1e-135  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3967  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.53 
 
 
557 aa  485  1e-135  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2611  DEAD/DEAH box helicase-like  53.94 
 
 
500 aa  483  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  4.8378e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  45.45 
 
 
601 aa  483  1e-135  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.35 
 
 
584 aa  478  1e-133  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.61 
 
 
559 aa  473  1e-132  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3599  ATP-dependent RNA helicase DeaD  55.15 
 
 
655 aa  474  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00604869 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.88 
 
 
694 aa  473  1e-132  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11279  cold-shock deaD-box protein A deaD (ATP-dependent RNA helicase)  43.68 
 
 
563 aa  469  1e-131  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17560  DNA/RNA helicase, superfamily II  45.49 
 
 
731 aa  466  1e-130  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0588083  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1893  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.63 
 
 
581 aa  462  1e-128  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0980839  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001525  cold-shock DEAD-box protein A  46.14 
 
 
644 aa  460  1e-128  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  7.9582e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4470  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.61 
 
 
564 aa  462  1e-128  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.230893 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0430  ATP-dependent RNA helicase DeaD  45.63 
 
 
663 aa  459  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0524797  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.25 
 
 
550 aa  458  1e-127  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11921  putative ATP-dependent RNA helicase  42.48 
 
 
595 aa  458  1e-127  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.412089  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.15 
 
 
559 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.5 
 
 
560 aa  454  1e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.31662  normal  0.276111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>