More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3710 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3710  single-strand binding protein  100 
 
 		 242 aa  483  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000568362  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0535  single-strand binding protein  96.46 
 
 		 220 aa  230  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4025  single-strand binding protein  95.58 
 
 		 231 aa  227  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000941126  unclonable  0.000000000110243 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0640  single-strand binding protein  94.69 
 
 		 225 aa  226  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000164603  unclonable  0.0000000189971 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  58.57 
 
 		 231 aa  216  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  58.37 
 
 		 236 aa  208  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2690  single-strand binding protein  82.14 
 
 		 172 aa  192  3e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0960941  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  80 
 
 		 200 aa  191  8e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  67.76 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  67.76 
 
 		 234 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  67.76 
 
 		 234 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  67.76 
 
 		 234 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  66.67 
 
 		 238 aa  190  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  67.76 
 
 		 236 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  77.78 
 
 		 222 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  80 
 
 		 196 aa  187  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  78.76 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  76.99 
 
 		 236 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  76.99 
 
 		 235 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  73.68 
 
 		 160 aa  178  7e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  79.09 
 
 		 167 aa  177  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  70.09 
 
 		 163 aa  171  9e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  54.97 
 
 		 171 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  69.05 
 
 		 175 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  70 
 
 		 158 aa  169  3e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  70 
 
 		 158 aa  169  4e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  62.79 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  59.72 
 
 		 149 aa  167  1e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  64.91 
 
 		 159 aa  166  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  69.57 
 
 		 176 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  64.91 
 
 		 159 aa  166  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  69.57 
 
 		 176 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  69.57 
 
 		 176 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  69.57 
 
 		 176 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  69.57 
 
 		 176 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  68.91 
 
 		 165 aa  165  6.9999999999999995e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  66.12 
 
 		 178 aa  165  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  65.83 
 
 		 178 aa  164  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  65.83 
 
 		 178 aa  164  8e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  65.83 
 
 		 178 aa  164  8e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  65.83 
 
 		 178 aa  164  8e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  65.83 
 
 		 178 aa  164  8e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  65.83 
 
 		 178 aa  164  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  65.83 
 
 		 178 aa  164  8e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  65.83 
 
 		 178 aa  164  8e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  69.3 
 
 		 182 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  69.3 
 
 		 182 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  69.3 
 
 		 182 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  67.26 
 
 		 188 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  69.64 
 
 		 154 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  69.3 
 
 		 182 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  68.6 
 
 		 165 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  72.82 
 
 		 180 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  68.6 
 
 		 165 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  70.64 
 
 		 155 aa  162  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  60 
 
 		 152 aa  163  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  66.1 
 
 		 177 aa  162  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  66.96 
 
 		 178 aa  161  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  65.04 
 
 		 182 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  54.88 
 
 		 167 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  68.47 
 
 		 185 aa  160  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  67.54 
 
 		 180 aa  159  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  63.71 
 
 		 181 aa  159  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  69.91 
 
 		 233 aa  159  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  64.41 
 
 		 183 aa  159  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  67.54 
 
 		 176 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  61.19 
 
 		 154 aa  158  6e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0327  single-strand binding protein  61.72 
 
 		 201 aa  158  8e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00747942  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  66.67 
 
 		 181 aa  157  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  41.08 
 
 		 175 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  64.04 
 
 		 176 aa  155  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0261  single-strand binding protein  62.96 
 
 		 163 aa  155  6e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0918801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1964  single-strand binding protein  60.33 
 
 		 166 aa  155  7e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0586806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  61.86 
 
 		 168 aa  153  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1958  single-strand binding protein  42.68 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000182579  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  58.97 
 
 		 161 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  58.97 
 
 		 161 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  50.32 
 
 		 190 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  61.54 
 
 		 174 aa  150  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2223  single-strand binding protein  58.33 
 
 		 164 aa  150  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000351539  normal  0.108037 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  57.76 
 
 		 164 aa  150  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  54.41 
 
 		 151 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  62.28 
 
 		 150 aa  149  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  57.76 
 
 		 164 aa  149  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  59.32 
 
 		 167 aa  149  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  61.4 
 
 		 175 aa  149  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  62.26 
 
 		 156 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  62.26 
 
 		 156 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  60.34 
 
 		 175 aa  149  5e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1280  single-strand binding protein  61.32 
 
 		 164 aa  148  6e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00522699 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  55.56 
 
 		 149 aa  148  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4323  single-strand binding protein  60.33 
 
 		 214 aa  148  8e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  60.34 
 
 		 175 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1992  single-strand binding protein  62.39 
 
 		 230 aa  148  9e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000347052  decreased coverage  0.0000711736 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  57.26 
 
 		 151 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  53.21 
 
 		 188 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2151  single-strand binding protein  60.53 
 
 		 139 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0369  single-stranded DNA-binding protein  63.06 
 
 		 181 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  44.97 
 
 		 161 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0255  single-strand binding protein  60.53 
 
 		 139 aa  146  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>