161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3709 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3709  putative hydrolase  100 
 
 		 248 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000275833  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1420  putative hydrolase  81.38 
 
 		 247 aa  422  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0157701 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1706  putative hydrolase  80.16 
 
 		 249 aa  420  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.946189 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1436  putative hydrolase  79.84 
 
 		 260 aa  402  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2939  putative hydrolase  78.46 
 
 		 246 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2686  putative hydrolase  71.54 
 
 		 252 aa  375  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.796861  unclonable  0.000044786 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1369  putative hydrolase  71.37 
 
 		 251 aa  374  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.979942  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1652  putative hydrolase  70.37 
 
 		 252 aa  369  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1472  putative hydrolase  72.5 
 
 		 254 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.855662  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1467  putative hydrolase  72.5 
 
 		 254 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2880  putative hydrolase  72.5 
 
 		 254 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014614 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1503  putative hydrolase  72.5 
 
 		 254 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2619  putative hydrolase  71.95 
 
 		 252 aa  360  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000339322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2794  putative hydrolase  71.95 
 
 		 252 aa  360  1e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165673 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2233  putative hydrolase  66.53 
 
 		 251 aa  340  1e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2280  putative hydrolase  61.48 
 
 		 245 aa  326  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1550  putative hydrolase  63.52 
 
 		 245 aa  325  5e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.115806  normal  0.103219 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1798  putative hydrolase  60.25 
 
 		 245 aa  324  8.000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00489097  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2053  putative hydrolase  62.3 
 
 		 245 aa  323  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2165  putative hydrolase  62.3 
 
 		 245 aa  323  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.213486  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2075  putative hydrolase  60.83 
 
 		 245 aa  323  2e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.674909  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2185  putative hydrolase  59.43 
 
 		 245 aa  322  3e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2446  putative hydrolase  62.3 
 
 		 245 aa  322  3e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2611  PHP domain protein  63.93 
 
 		 245 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000586023  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1247  putative hydrolase  61.89 
 
 		 245 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.428207 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2054  putative hydrolase  61.89 
 
 		 245 aa  312  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0675001  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2237  putative hydrolase  61.89 
 
 		 245 aa  312  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.616812 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1232  putative hydrolase  61.89 
 
 		 245 aa  312  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1202  putative hydrolase  61.48 
 
 		 245 aa  310  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.499056  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1934  putative hydrolase  62.3 
 
 		 245 aa  309  2.9999999999999997e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000352911  hitchhiker  0.00478063 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01031  hypothetical protein  63.52 
 
 		 245 aa  301  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01038  hypothetical protein  63.52 
 
 		 245 aa  301  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1152  putative hydrolase  63.52 
 
 		 245 aa  301  5.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0656771  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1153  putative hydrolase  63.52 
 
 		 245 aa  301  5.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1412  putative hydrolase  63.52 
 
 		 245 aa  301  5.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0615585 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2565  putative hydrolase  63.52 
 
 		 245 aa  301  5.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155213 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2099  putative hydrolase  63.52 
 
 		 245 aa  301  5.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.95835 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2295  putative hydrolase  63.52 
 
 		 245 aa  301  5.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.31426  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0316  putative hydrolase  55.79 
 
 		 244 aa  290  2e-77  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3868  putative hydrolase  48.33 
 
 		 250 aa  230  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341145  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001417  histidinol phosphatase  47.13 
 
 		 248 aa  226  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0111  putative hydrolase  47.81 
 
 		 241 aa  225  5.0000000000000005e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0887  putative hydrolase  46.09 
 
 		 247 aa  223  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214006  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1060  putative hydrolase  45.61 
 
 		 245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.464705  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0344  putative hydrolase  44.4 
 
 		 250 aa  217  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00676194  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001195  histidinol phosphatase  43.03 
 
 		 251 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04983  putative hydrolase  40.89 
 
 		 251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2292  putative hydrolase  39.5 
 
 		 239 aa  194  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2028  PHP domain protein  40.34 
 
 		 238 aa  186  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.731698 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2491  putative hydrolase  40.77 
 
 		 248 aa  185  6e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.130978 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4253  putative hydrolase  41.2 
 
 		 237 aa  185  7e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0620  putative hydrolase  42.32 
 
 		 240 aa  184  9e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000619827  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2586  putative hydrolase  41.2 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0073149  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3933  putative hydrolase  41.88 
 
 		 238 aa  180  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00241921  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4017  putative hydrolase  41.03 
 
 		 238 aa  176  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.59903e-24 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0657  PHP domain protein  37.77 
 
 		 235 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1950  putative hydrolase  37.87 
 
 		 244 aa  169  4e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19230  biotin (acetyl-CoA carboxylase) synthetase  40.59 
 
 		 239 aa  169  6e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0261596  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0627  phosphotransferase domain-containing protein  34.18 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000135059  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3779  PHP domain protein  35.34 
 
 		 243 aa  148  8e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.262487  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0063  phosphotransferase domain-containing protein  31.49 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1177  phosphotransferase domain-containing protein  30.47 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.133886  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3942  PHP domain protein  28.97 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000108896  normal  0.54969 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0109  PHP domain protein  24.71 
 
 		 270 aa  90.9  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.165533 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15900  PHP domain protein  28.24 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00203207  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0486  PHP-like protein  27.05 
 
 		 574 aa  74.3  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2389  DNA polymerase X family protein  30.95 
 
 		 584 aa  73.6  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.766089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1600  PHP domain protein  30.4 
 
 		 580 aa  73.6  0.000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05670  DNA polymerase X family protein  28.16 
 
 		 573 aa  69.3  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0459  phosphotransferase domain-containing protein  31.95 
 
 		 586 aa  65.5  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4412  PHP domain protein  31.74 
 
 		 579 aa  64.3  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.103593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1664  phosphotransferase domain-containing protein  28.91 
 
 		 577 aa  64.3  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2025  PHP domain protein  23.88 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6605  DNA-directed DNA polymerase  26.51 
 
 		 586 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.403533  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1963  phosphotransferase domain-containing protein  26.86 
 
 		 614 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4254  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1064  hypothetical protein  27.53 
 
 		 339 aa  62  0.000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.740781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0250  PHP domain protein  29.52 
 
 		 578 aa  62  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00055482 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0901  PHP-like  23.97 
 
 		 598 aa  61.2  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3104  DNA polymerase X family protein  27.05 
 
 		 576 aa  61.6  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.533704  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2703  PHP domain protein  27.05 
 
 		 576 aa  61.6  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00677466  hitchhiker  0.00000000129938 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4386  phosphotransferase domain-containing protein  25.12 
 
 		 588 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3374  PHP domain protein  28.92 
 
 		 349 aa  61.2  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.24416  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1814  PHP domain protein  29.76 
 
 		 571 aa  61.2  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.873874  normal  0.593252 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4395  hypothetical protein  26.32 
 
 		 337 aa  60.5  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1105  DNA-dependent DNA polymerase family X protein  29.34 
 
 		 557 aa  60.5  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0282445  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6300  DNA-directed DNA polymerase  26.45 
 
 		 560 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984431  normal  0.143587 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0958  PHP domain protein  25.7 
 
 		 574 aa  60.5  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0038338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0007  phosphotransferase domain-containing protein  27.54 
 
 		 580 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0296814  unclonable  0.000000000565114 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1786  phosphotransferase domain-containing protein  28.43 
 
 		 543 aa  59.7  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1446  DNA polymerase X  24.79 
 
 		 574 aa  59.7  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0654387  normal  0.735552 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0081  family X DNA polymerase IV  26.4 
 
 		 563 aa  59.3  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.439053  normal  0.0727641 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0112  PHP domain protein  28.31 
 
 		 562 aa  59.3  0.00000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1586  DNA Polymerase X family  24.38 
 
 		 594 aa  59.3  0.00000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0273065  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0599  DNA-binding/PHP domain-containing protein  24.38 
 
 		 578 aa  59.3  0.00000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000111495  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0395  hypothetical protein  25.41 
 
 		 339 aa  58.5  0.00000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2005  DNA polymerase X family/PHP domain-containing protein  27.27 
 
 		 650 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0710  DNA polymerase X family protein  27.27 
 
 		 642 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.963352  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0076  phosphotransferase domain-containing protein  27.4 
 
 		 580 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0741749  normal  0.105314 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1792  DNA-directed DNA polymerase  27.76 
 
 		 576 aa  57.4  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.197029  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0265  PHP domain protein  28.92 
 
 		 578 aa  57.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>