216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3584 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  100 
 
 		 405 aa  838    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  47.41 
 
 		 404 aa  388  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  45.95 
 
 		 397 aa  361  1e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  43.78 
 
 		 417 aa  347  2e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3342  antirepressor regulating drug resistance protein  36.96 
 
 		 403 aa  217  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3224  TonB family protein  30 
 
 		 413 aa  120  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.222698  normal  0.927933 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02323  peptidase, M56 family protein  30.21 
 
 		 361 aa  100  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.321617  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1176  hypothetical protein  33.33 
 
 		 640 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2408  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  29.46 
 
 		 619 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0994  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  32.97 
 
 		 632 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1007  hypothetical protein  32.97 
 
 		 629 aa  97.1  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1079  hypothetical protein  32.97 
 
 		 629 aa  97.1  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2876  peptidase M56 BlaR1  23.5 
 
 		 465 aa  96.3  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1111  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  32.24 
 
 		 589 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3832  TonB family protein  42.48 
 
 		 203 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3759  TonB family protein  42.48 
 
 		 203 aa  92  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3957  TonB family protein  41.59 
 
 		 203 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4148  TonB family protein  46.67 
 
 		 203 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0186  TonB family protein  46.67 
 
 		 203 aa  90.5  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2421  TonB-like protein  45.05 
 
 		 207 aa  89  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00537232  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2648  TonB family protein  41.23 
 
 		 206 aa  89  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0343675  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2622  TonB family protein  43.96 
 
 		 206 aa  88.6  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.083203  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3457  TonB2 protein, putative  42.39 
 
 		 202 aa  87.8  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4564  TonB2 protein, putative  38.94 
 
 		 203 aa  87.4  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2615  cell wall hydrolase/autolysin  29 
 
 		 562 aa  87.4  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3075  TonB family protein  39.32 
 
 		 206 aa  87  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000181204 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1575  TonB family protein  40.35 
 
 		 206 aa  87  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00700508  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2622  TonB family protein  42.55 
 
 		 207 aa  86.7  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052579  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1644  TonB family protein  41.49 
 
 		 206 aa  86.3  9e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.219382  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1629  TonB family protein  41.49 
 
 		 206 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.589143  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2460  TonB family protein  41.49 
 
 		 207 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.43169  hitchhiker  0.0000000910497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2530  TonB family protein  41.49 
 
 		 207 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0930867  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1666  TonB family protein  41.49 
 
 		 206 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.13034 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0245  TonB family protein  40.2 
 
 		 203 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2714  TonB family protein  41.49 
 
 		 206 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0362691  decreased coverage  0.0000000109888 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1521  TonB family protein  42.86 
 
 		 206 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3752  putative TonB protein  47.13 
 
 		 203 aa  85.1  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1828  TonB2 protein  42.86 
 
 		 207 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1258  TonB-like protein  42.55 
 
 		 206 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.973667  hitchhiker  0.0001567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2474  TonB family protein  45.98 
 
 		 205 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.945787  hitchhiker  0.0000507957 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02810  TonB2 protein  41.76 
 
 		 131 aa  84  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2986  TonB family protein  42.86 
 
 		 204 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.328592  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1810  peptidase M56, BlaR1  26.88 
 
 		 750 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3127  peptidase M56, BlaR1  26.13 
 
 		 462 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000359349  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3787  peptidase M56 BlaR1  38 
 
 		 617 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.536626  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0905  TonB-like protein  42.39 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0115  TonB protein  38.94 
 
 		 206 aa  79.3  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0377  peptidase M56, BlaR1  24.76 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3222  peptidase M56 BlaR1  32.92 
 
 		 747 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2929  peptidase M56 BlaR1  36.09 
 
 		 590 aa  77.8  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1934  peptidase M56 BlaR1  35.04 
 
 		 647 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0901  TonB3 protein  42.7 
 
 		 207 aa  75.1  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.686601  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3539  TonB family protein  42.86 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1590  peptidase M56, BlaR1  25.6 
 
 		 754 aa  73.6  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3146  peptidase M56, BlaR1  31.03 
 
 		 728 aa  73.2  0.000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2099  peptidase M56 BlaR1  31.97 
 
 		 614 aa  72.4  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3286  TonB family protein  33.33 
 
 		 368 aa  72.8  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1355  peptidase M56 BlaR1  28.45 
 
 		 519 aa  72.8  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0431  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like protein  26.16 
 
 		 442 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1890  TonB family protein  41.56 
 
 		 391 aa  70.9  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3471  peptidase M56 BlaR1  27.93 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2068  peptidase M56 BlaR1  30.92 
 
 		 632 aa  68.2  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.999712  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3668  peptidase M56 BlaR1  36.63 
 
 		 509 aa  67.8  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0731  peptidase M56 BlaR1  27.43 
 
 		 719 aa  67  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4804  TonB domain-containing protein  38.39 
 
 		 349 aa  66.6  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2587  peptidase M56 BlaR1  28.57 
 
 		 858 aa  66.2  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3297  peptidase M56, BlaR1  28 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0360  peptidase M56, BlaR1  25.22 
 
 		 557 aa  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.777331 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6205  peptidase M56 BlaR1  27.01 
 
 		 671 aa  65.5  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.86421 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0610  TonB-like protein  40.62 
 
 		 217 aa  65.5  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00121909  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000844  ferric siderophore transport system binding protein TonB  39.39 
 
 		 206 aa  64.7  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4762  TonB domain-containing protein  37.21 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3146  TonB family protein  44.64 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00104452  normal  0.89985 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4043  TonB domain-containing protein  33.33 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0579  peptidase M56, BlaR1  30.23 
 
 		 541 aa  63.2  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  27.14 
 
 		 467 aa  63.2  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1619  TonB-like protein  32.14 
 
 		 260 aa  62.4  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.338582  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2640  TonB family protein  25.84 
 
 		 447 aa  62.8  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.120192  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2219  TonB family protein  39.34 
 
 		 115 aa  62.4  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0449939 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0571  TonB family protein  32.94 
 
 		 370 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.480586 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0547  TonB family protein  34.52 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  26.71 
 
 		 585 aa  61.2  0.00000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  26.71 
 
 		 585 aa  61.2  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  26.71 
 
 		 585 aa  61.2  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  29.29 
 
 		 596 aa  61.2  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1150  tonB2 protein  36.36 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.595511  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0576  TonB family protein  34.12 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6187  TonB family protein  24.41 
 
 		 472 aa  60.8  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5199  peptidase M56 BlaR1  29.63 
 
 		 477 aa  60.5  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3883  peptidase M56 BlaR1  24.17 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0873  TonB family protein  34.85 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1140  peptidase M56 BlaR1  26.34 
 
 		 598 aa  60.1  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0573  TonB-like protein  39.47 
 
 		 93 aa  59.3  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3515  TonB family protein  34.44 
 
 		 152 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0209136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6521  TonB family protein  24.15 
 
 		 413 aa  59.3  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.829855  normal  0.244151 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2682  transport protein TonB  32.95 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.258362  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2771  peptidase M56, BlaR1  29.63 
 
 		 515 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0768816  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1444  TonB family protein  38.1 
 
 		 371 aa  58.2  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.232122  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0632  TonB family protein  31.76 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1499  TonB protein  38.1 
 
 		 371 aa  58.9  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>