202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3566 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  100 
 
 		 317 aa  640    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  82.08 
 
 		 318 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  82.08 
 
 		 318 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  82.08 
 
 		 318 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  82.08 
 
 		 318 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  81.13 
 
 		 318 aa  508  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  80.19 
 
 		 318 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  80.19 
 
 		 318 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  80.19 
 
 		 318 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  80.19 
 
 		 318 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  79.18 
 
 		 317 aa  500  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  76.97 
 
 		 319 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  76.03 
 
 		 319 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  77.05 
 
 		 316 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  68.14 
 
 		 318 aa  434  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  68.23 
 
 		 317 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  67.58 
 
 		 318 aa  412  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  68.23 
 
 		 317 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  63.26 
 
 		 316 aa  404  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  65.85 
 
 		 319 aa  403  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  68.04 
 
 		 317 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  59.87 
 
 		 317 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  59.68 
 
 		 317 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  60.13 
 
 		 315 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  63.23 
 
 		 320 aa  377  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  60.58 
 
 		 315 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  62.46 
 
 		 315 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  41.08 
 
 		 318 aa  230  2e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.67 
 
 		 348 aa  211  2e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  40.97 
 
 		 344 aa  208  9e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  41.58 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.46 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.02 
 
 		 325 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.08 
 
 		 317 aa  182  1e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.49 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.11 
 
 		 329 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  34.22 
 
 		 323 aa  178  8e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.64 
 
 		 651 aa  173  3.9999999999999995e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  34.12 
 
 		 323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.2 
 
 		 316 aa  172  5.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.33 
 
 		 317 aa  170  3e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  32.88 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.74 
 
 		 318 aa  169  6e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.55 
 
 		 333 aa  168  9e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  37.1 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  35.62 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  32.55 
 
 		 322 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.13 
 
 		 329 aa  166  6.9999999999999995e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  31.88 
 
 		 322 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.39 
 
 		 333 aa  162  7e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.77 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.43 
 
 		 329 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.67 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.27 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  31.83 
 
 		 328 aa  159  6e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.56 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.6 
 
 		 322 aa  156  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  30.87 
 
 		 324 aa  156  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.77 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.56 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.3 
 
 		 327 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.37 
 
 		 327 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  32.9 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.59 
 
 		 333 aa  149  9e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.84 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  33.33 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.57 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  33.22 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.19 
 
 		 329 aa  144  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.36 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  32.03 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.44 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  29.37 
 
 		 326 aa  142  5e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  34.6 
 
 		 318 aa  142  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.58 
 
 		 326 aa  142  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.79 
 
 		 348 aa  142  7e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  32.56 
 
 		 312 aa  142  8e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  29.21 
 
 		 324 aa  142  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  29.21 
 
 		 324 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.94 
 
 		 375 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.01 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.21 
 
 		 324 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.79 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.36 
 
 		 356 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.1 
 
 		 328 aa  139  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.56 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  28.19 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.33 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  30.94 
 
 		 351 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  33.44 
 
 		 335 aa  135  8e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  30.98 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.23 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.47 
 
 		 335 aa  134  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.17 
 
 		 345 aa  132  6.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  31.53 
 
 		 336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.91 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.03 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.1 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  31.29 
 
 		 336 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.02 
 
 		 371 aa  129  7.000000000000001e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>