37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3515 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3515  ABC-3 protein  100 
 
 
261 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3462  ABC-3 protein  78.16 
 
 
259 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0566  ABC 3 transport family protein  77.91 
 
 
259 aa  394  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0568  ABC-3 protein  80.49 
 
 
255 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0567  ABC-3 protein  80.89 
 
 
255 aa  397  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3309  ABC-3 protein  76.25 
 
 
262 aa  386  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.224275  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4332  ABC-3 protein  75.1 
 
 
265 aa  381  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3923  ABC-3 protein  78.26 
 
 
266 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00893533  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3797  ABC-3 protein  78.66 
 
 
266 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.48799  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0528  ABC-3 protein  78.26 
 
 
266 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3740  ABC-3 protein  78.66 
 
 
266 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.298841  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0618  ABC-3 protein  74.61 
 
 
286 aa  366  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.087201  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3140  ABC 3 transport family protein  75.3 
 
 
251 aa  362  4e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0529  hypothetical protein  72.09 
 
 
263 aa  359  3e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00670346  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0449  ABC-3 protein  76.92 
 
 
263 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.856508  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3714  ABC-3 protein  73.44 
 
 
263 aa  341  5.999999999999999e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06464  hypothetical protein  41.47 
 
 
264 aa  185  8e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000604  zinc ABC transporter permease protein ZnuB  40.32 
 
 
267 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000103291  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2539  zinc/manganese transport system permease protein  48.51 
 
 
256 aa  143  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.421777  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1547  ABC-3 protein  32.53 
 
 
249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000363711  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0050  putative manganese transport system permease protein  37.55 
 
 
249 aa  108  8.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2782  ABC-3 protein  33.33 
 
 
466 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2716  ABC-3 protein  38.36 
 
 
271 aa  48.9  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.585165  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2382  ABC-3 protein  36.99 
 
 
271 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502952  normal  0.42152 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18330  ABC-3 protein  24.21 
 
 
277 aa  47.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000262372  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1444  hypothetical protein  29.21 
 
 
239 aa  47  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00097924  normal  0.0494808 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1913  ABC-3 protein  27.73 
 
 
280 aa  45.8  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2421  ABC Mn2+/Zn2+ transporter,inner membrane subunit  29.61 
 
 
276 aa  45.8  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0502  ABC-3 protein  33 
 
 
266 aa  45.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.24311  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3598  ABC-3 protein  42.65 
 
 
274 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3180  ABC-3 protein  34.48 
 
 
272 aa  44.3  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.131337  normal  0.114587 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2775  high-affinity zinc transporter membrane component  31.54 
 
 
261 aa  43.5  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000664264  hitchhiker  0.0068137 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3532  ABC-3 protein  41.18 
 
 
274 aa  43.1  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0098  cation ABC transporter, permease protein  27.73 
 
 
268 aa  42.7  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00199714  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0402  ABC-3 protein  26.5 
 
 
273 aa  42.7  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0177  cation ABC transporter, permease protein  26.34 
 
 
267 aa  42.7  0.006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0841  ABC-3 protein  40 
 
 
280 aa  42.4  0.007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>