More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3407 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  100 
 
 		 424 aa  862    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  68.49 
 
 		 403 aa  553  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  65.76 
 
 		 398 aa  521  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  47.39 
 
 		 403 aa  345  7e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  43.97 
 
 		 404 aa  297  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  40.9 
 
 		 404 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  40.65 
 
 		 404 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  40.65 
 
 		 404 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  40.65 
 
 		 404 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  40.4 
 
 		 404 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  50.51 
 
 		 318 aa  263  4e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1789  putative regulatory protein, DeoR family  39.95 
 
 		 408 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1516  putative regulatory protein  39.95 
 
 		 408 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.115936  hitchhiker  0.000000147446 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1960  putative regulatory protein  39.95 
 
 		 408 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000520335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1495  putative regulatory protein  39.95 
 
 		 408 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.943692  hitchhiker  0.0000000000000150767 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1479  putative regulatory protein DeoR family  39.95 
 
 		 408 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.255884 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  47.57 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  44.18 
 
 		 307 aa  227  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  43.71 
 
 		 308 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  43.36 
 
 		 308 aa  220  3.9999999999999997e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  43.36 
 
 		 308 aa  220  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  44.1 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  44.41 
 
 		 308 aa  218  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  44.1 
 
 		 305 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  42.86 
 
 		 308 aa  217  4e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  43.71 
 
 		 318 aa  216  5e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  42.72 
 
 		 310 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  42.12 
 
 		 310 aa  212  9e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  46.15 
 
 		 308 aa  211  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  46.83 
 
 		 308 aa  210  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  42.12 
 
 		 310 aa  209  6e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  40.85 
 
 		 307 aa  209  7e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  44.79 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  42.42 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  42.42 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  38.98 
 
 		 340 aa  202  9e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  42.86 
 
 		 317 aa  202  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  42.16 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  42.66 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  40.89 
 
 		 307 aa  201  3e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  41.81 
 
 		 309 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  41.81 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  41.81 
 
 		 309 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  41.81 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  41.81 
 
 		 309 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  38.96 
 
 		 308 aa  197  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  41.46 
 
 		 309 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  41.46 
 
 		 309 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  42.47 
 
 		 314 aa  197  4.0000000000000005e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  41.46 
 
 		 314 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  42.76 
 
 		 304 aa  195  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  38.7 
 
 		 316 aa  195  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  42.32 
 
 		 303 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  42.32 
 
 		 303 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  38.85 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  38.85 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  40 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  40.4 
 
 		 305 aa  190  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  40.41 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  40.07 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  40.07 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  40.07 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  41.64 
 
 		 303 aa  187  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  40.55 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  39.73 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  40.07 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  37.67 
 
 		 308 aa  184  3e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  39.59 
 
 		 303 aa  183  5.0000000000000004e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  43.06 
 
 		 299 aa  183  6e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  39.29 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  40 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  39.86 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  39.1 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  40 
 
 		 303 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  40 
 
 		 303 aa  180  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  40 
 
 		 303 aa  180  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5194  ribokinase  38.31 
 
 		 328 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0135726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4447  ribokinase  38.95 
 
 		 334 aa  176  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  38.97 
 
 		 303 aa  176  9e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  37.11 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  36.51 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  35.84 
 
 		 305 aa  172  1e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0005  ribokinase, putative  38.06 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0831175  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  36.54 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  37.92 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  38.14 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  35.42 
 
 		 315 aa  171  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  41.64 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  38.14 
 
 		 308 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  37.76 
 
 		 297 aa  170  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  37.83 
 
 		 302 aa  170  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1401  ribokinase  38.26 
 
 		 325 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.033164  normal  0.166986 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  36.08 
 
 		 308 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  37.72 
 
 		 309 aa  168  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  37.28 
 
 		 320 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  37.28 
 
 		 320 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  34.83 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  37.72 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  37.94 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4655  ribokinase  36.69 
 
 		 319 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.557505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>