More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3370 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3370  ABC transporter related  100 
 
 		 274 aa  559  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0496  ABC transporter related  87.59 
 
 		 273 aa  461  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00107814  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0721  ABC transporter related  86.92 
 
 		 272 aa  450  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0722  ABC transporter related  84.87 
 
 		 277 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.165434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3343  ABC transporter related  86.15 
 
 		 272 aa  447  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.279252 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0692  ABC transporter related  84.87 
 
 		 277 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0678  ABC transporter related  85.5 
 
 		 272 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0646516 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3954  ABC transporter, ATP-binding protein, putative  86.54 
 
 		 272 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0713  ABC transporter related  86.92 
 
 		 272 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00516004 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3662  ABC transporter related  84.5 
 
 		 279 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0392823  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0679  ABC transporter related  85.77 
 
 		 272 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.962432 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3081  ABC transporter, ATP-binding protein, putative  80.23 
 
 		 270 aa  431  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.216025 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3609  ABC transporter related  81.99 
 
 		 270 aa  418  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3304  ABC transporter-related protein  80.46 
 
 		 292 aa  412  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.236895 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4233  ABC transporter related  80.08 
 
 		 271 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36582  hitchhiker  0.000301963 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0733  ABC transporter-related protein  78.54 
 
 		 267 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.329181 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1173  ABC transporter, ATP-binding protein  66.03 
 
 		 264 aa  379  1e-104  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4536  ABC transporter, ATP-binding protein  66.54 
 
 		 267 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0979  ABC transporter related  64.5 
 
 		 265 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2223  ABC transporter related  63.1 
 
 		 276 aa  356  2.9999999999999997e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.435588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03186  putative transport protein (ABC superfamily, atp-binding)  68.34 
 
 		 266 aa  355  5e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0561  ABC transporter related  67.57 
 
 		 265 aa  354  1e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5028  ABC transporter ATP-binding protein  62.4 
 
 		 269 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57880  ABC transporter ATP-binding protein  62.4 
 
 		 269 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4447  toluene tolerance ABC transporter, ATP-binding protein, putative  62.79 
 
 		 269 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4141  ABC transporter  62.02 
 
 		 269 aa  349  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0876  ABC transporter related  62.4 
 
 		 269 aa  349  3e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12850  organic solvent tolerance ABC efflux transporter, ATP binding component  60.37 
 
 		 269 aa  347  1e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2709  ABC transporter related  65.87 
 
 		 270 aa  347  2e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0288  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  66.8 
 
 		 270 aa  346  2e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0958  toluene tolerance ABC efflux transporter, ATP-binding protein  62.02 
 
 		 269 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.567321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4360  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  67.57 
 
 		 271 aa  345  7e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.132306  normal  0.0534611 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0965  ABC transporter related  61.63 
 
 		 269 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0863  ABC transporter-like  59.47 
 
 		 270 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.535463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0281  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  65.25 
 
 		 270 aa  342  4e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0997  ABC transporter related  61.24 
 
 		 269 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002409  ABC transporter ATP-binding protein  64.91 
 
 		 267 aa  341  5.999999999999999e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4257  ABC transporter related  61.24 
 
 		 269 aa  340  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03658  hypothetical protein  64.91 
 
 		 267 aa  340  1e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3631  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  63.71 
 
 		 270 aa  340  2e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135716 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1969  ABC transporter, ATP-binding protein  61.36 
 
 		 275 aa  338  7e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.309748  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2102  ABC transporter, ATP-binding protein  64.64 
 
 		 267 aa  337  1.9999999999999998e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0448  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  64.09 
 
 		 272 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.885469  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0512  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  64.09 
 
 		 272 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1146  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  64.09 
 
 		 272 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3505  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.78 
 
 		 270 aa  332  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3574  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.78 
 
 		 270 aa  332  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2220  ABC transporter related  62.31 
 
 		 283 aa  333  3e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3672  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.78 
 
 		 270 aa  332  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0355723 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3610  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.78 
 
 		 270 aa  332  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.308589 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3503  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.78 
 
 		 270 aa  332  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.260785  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2413  ABC transporter related  59.76 
 
 		 266 aa  331  7.000000000000001e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.104352 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2786  ABC transporter, ATPase subunit  58.43 
 
 		 294 aa  331  7.000000000000001e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000312244  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0505  toluene tolerance protein Ttg2A  64.75 
 
 		 268 aa  331  7.000000000000001e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.171907  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03060  predicted toluene transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  61.69 
 
 		 269 aa  330  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0889868  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0512  ABC transporter related protein  61.69 
 
 		 269 aa  330  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.648269  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3808  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  63.12 
 
 		 269 aa  330  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0159276  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3388  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.69 
 
 		 269 aa  330  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0514753  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03011  hypothetical protein  61.69 
 
 		 269 aa  330  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.086936  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3575  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.69 
 
 		 269 aa  330  1e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.637891  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3683  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.69 
 
 		 269 aa  330  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00651992  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0505  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.69 
 
 		 269 aa  330  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.179528 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3491  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.69 
 
 		 269 aa  330  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4517  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  61.69 
 
 		 269 aa  330  1e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257918  normal  0.710569 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0737  ABC transporter related  60.7 
 
 		 261 aa  329  3e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3650  putative ABC transporter ATP-binding protein YrbF  63.12 
 
 		 268 aa  329  3e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0903  hypothetical protein  59.3 
 
 		 265 aa  326  2.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0685  ABC transporter related  58.56 
 
 		 293 aa  326  3e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0386  ABC transporter related protein  56.06 
 
 		 277 aa  324  1e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.232819 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0872  hypothetical protein  58.91 
 
 		 265 aa  324  1e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3101  putative ABC transporter ATP-binding subunit  60.46 
 
 		 279 aa  323  2e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2749  ABC transporter related  58.78 
 
 		 270 aa  322  3e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3394  ABC transporter-related protein  58.36 
 
 		 278 aa  322  3e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0237  ABC transporter related  56.65 
 
 		 268 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1154  ABC transporter related  57.53 
 
 		 286 aa  314  9e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2887  ABC transporter ATP-binding protein  55.43 
 
 		 269 aa  313  1.9999999999999998e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.220334  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0793  ABC transporter related  56.04 
 
 		 282 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.215167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0888  ABC transporter related  56.13 
 
 		 273 aa  312  2.9999999999999996e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00820574  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2935  ABC transporter related  55.13 
 
 		 271 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0716  ABC transporter related  54.28 
 
 		 286 aa  311  9e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0748  ABC transporter related  54.28 
 
 		 286 aa  310  1e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0096  ABC transporter related  54.28 
 
 		 282 aa  311  1e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.568034  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1013  ABC transporter-related protein  54.24 
 
 		 306 aa  311  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0341  ABC transporter related  56.42 
 
 		 273 aa  309  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.444988 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0332  ABC transporter related  56.42 
 
 		 273 aa  309  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3512  ABC transporter, ATPase subunit  56.42 
 
 		 273 aa  308  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0317  ABC transporter related  56.42 
 
 		 273 aa  308  5e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0527891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2693  ABC transporter related  56.42 
 
 		 273 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663262  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0393  ABC transporter related  56.42 
 
 		 273 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.261527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0414  ABC transporter related  56.42 
 
 		 273 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.192398  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0387  ABC transporter, ATPase subunit, toluene tolerance Ttg2A-like  56.2 
 
 		 273 aa  308  8e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2120  ABC transporter related  58.74 
 
 		 274 aa  307  1.0000000000000001e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3122  ABC transporter related  56.27 
 
 		 273 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.701707  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1900  ABC transporter ATPase  56.6 
 
 		 270 aa  306  3e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.81319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3571  ABC transporter related  55.81 
 
 		 273 aa  305  6e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626203  hitchhiker  0.0000199293 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2770  ABC transporter related  56.03 
 
 		 273 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3735  toluene tolerance ABC transporter, ATP-binding protein  55.04 
 
 		 272 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.527515  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2397  ABC transporter related  56.25 
 
 		 277 aa  303  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3240  ABC transporter related  54.1 
 
 		 277 aa  301  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.738413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2893  ABC transporter related  54.1 
 
 		 277 aa  301  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.267676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>