More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3260 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 327 aa  673    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  58.62 
 
 		 323 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  58.62 
 
 		 323 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  58.62 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  58.62 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  57.37 
 
 		 323 aa  373  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  56.74 
 
 		 323 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  56.11 
 
 		 323 aa  361  9e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  55.8 
 
 		 324 aa  359  4e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  54.55 
 
 		 322 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  55.28 
 
 		 327 aa  347  1e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.75 
 
 		 319 aa  332  6e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  51.43 
 
 		 320 aa  329  3e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.05 
 
 		 321 aa  325  5e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.9 
 
 		 323 aa  322  4e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  54.51 
 
 		 326 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  48.44 
 
 		 321 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  47.42 
 
 		 316 aa  304  1.0000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.74 
 
 		 318 aa  289  5.0000000000000004e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  45.11 
 
 		 314 aa  271  9e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.44 
 
 		 348 aa  232  6e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.44 
 
 		 348 aa  232  6e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.82 
 
 		 321 aa  230  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  37.35 
 
 		 341 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 345 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  36.39 
 
 		 343 aa  205  7e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  34.8 
 
 		 345 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 345 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.39 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 417 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.77 
 
 		 367 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.15 
 
 		 737 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  40.89 
 
 		 344 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  59.21 
 
 		 681 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.04 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 334 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.53 
 
 		 624 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  50.28 
 
 		 694 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 680 aa  166  5e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  51.27 
 
 		 542 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  43.72 
 
 		 401 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  49.71 
 
 		 422 aa  162  7e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.61 
 
 		 1550 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  48.73 
 
 		 780 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  45.81 
 
 		 732 aa  156  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.8 
 
 		 722 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  48.5 
 
 		 595 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  32.6 
 
 		 441 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.8 
 
 		 878 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  45.51 
 
 		 399 aa  152  5.9999999999999996e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  32.38 
 
 		 431 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  44.51 
 
 		 794 aa  151  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.59 
 
 		 1309 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  44.38 
 
 		 253 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  44.77 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  44.38 
 
 		 253 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.54 
 
 		 722 aa  149  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  35.69 
 
 		 347 aa  149  6e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.08 
 
 		 1965 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  46.45 
 
 		 669 aa  149  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  42.44 
 
 		 238 aa  149  8e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.03 
 
 		 722 aa  148  9e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.46 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  46.48 
 
 		 400 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.39 
 
 		 728 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  46.1 
 
 		 1428 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  41.81 
 
 		 249 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.2 
 
 		 743 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10742  predicted protein  51.68 
 
 		 153 aa  145  1e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.182467  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  45.18 
 
 		 240 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.33 
 
 		 1125 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.79 
 
 		 640 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.3 
 
 		 531 aa  143  4e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  49.11 
 
 		 514 aa  143  5e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  42.44 
 
 		 249 aa  142  5e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.71 
 
 		 781 aa  142  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0192  serine/threonine protein kinase  45.33 
 
 		 471 aa  142  7e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  48.37 
 
 		 442 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_6032  predicted protein  53.79 
 
 		 146 aa  142  9.999999999999999e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394026  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.12 
 
 		 594 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 362 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  41.81 
 
 		 249 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  45.28 
 
 		 276 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  45.57 
 
 		 743 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  44.67 
 
 		 1125 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  47.06 
 
 		 438 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2343  putative GAF sensor protein  46.36 
 
 		 165 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 267 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  44.74 
 
 		 245 aa  139  4.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.7 
 
 		 662 aa  138  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  38.17 
 
 		 607 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  42.21 
 
 		 363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 		 465 aa  136  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  34.01 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.48 
 
 		 727 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>