145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3099 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3099  methylation site containing protein  100 
 
 
172 aa  353  5e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  39.05 
 
 
169 aa  104  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  37.87 
 
 
169 aa  99.8  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  38.89 
 
 
166 aa  98.6  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  39.08 
 
 
176 aa  95.5  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  41.06 
 
 
159 aa  94.7  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0327  methylation site containing protein  38.92 
 
 
179 aa  93.6  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0267191  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  40.72 
 
 
173 aa  94  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  36.99 
 
 
172 aa  93.2  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  36.69 
 
 
169 aa  92.8  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  39.38 
 
 
163 aa  92  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  37.93 
 
 
174 aa  91.3  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  39.38 
 
 
172 aa  90.9  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  39.76 
 
 
172 aa  90.5  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  35.83 
 
 
186 aa  90.5  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00258  MSHA pilin protein MshA  35.62 
 
 
163 aa  90.5  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  39.05 
 
 
168 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  35.52 
 
 
182 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  34.78 
 
 
156 aa  89  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0364  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  29.88 
 
 
163 aa  88.6  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0735599  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4408  MSHA pilin protein MshA  48.21 
 
 
170 aa  87.8  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00456827  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3444  methylation site containing protein  34.44 
 
 
167 aa  87.4  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280491 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  45.26 
 
 
165 aa  87  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  46.43 
 
 
166 aa  86.3  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  53.93 
 
 
169 aa  85.9  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  38.06 
 
 
171 aa  85.5  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  37.93 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  37.41 
 
 
151 aa  84.3  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  34.59 
 
 
157 aa  83.6  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1101  methylation site containing protein  32.78 
 
 
167 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000943511 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3266  methylation site containing protein  32.78 
 
 
167 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  50 
 
 
173 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3308  methylation site containing protein  32.22 
 
 
167 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1141  V10 pilin  48.28 
 
 
163 aa  81.3  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1109  hypothetical protein  41.38 
 
 
166 aa  80.5  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3822  putative V10 pilin  52.63 
 
 
163 aa  79  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1176  hypothetical protein  30.56 
 
 
163 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  47.17 
 
 
172 aa  79  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  62.12 
 
 
175 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4255  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  34.64 
 
 
176 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  40.95 
 
 
168 aa  75.1  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1972  prepilin-type cleavage/methylation  37.85 
 
 
177 aa  73.6  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  35.88 
 
 
169 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  35.37 
 
 
169 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0067  hypothetical protein  34.58 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  32.94 
 
 
178 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0999  methylation site containing protein  30.81 
 
 
164 aa  72  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0926979  normal  0.0597088 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1003  methylation site containing protein  30.81 
 
 
164 aa  72  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.102399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1064  methylation site containing protein  29.65 
 
 
164 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.691522  normal  0.0588159 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1380  methylation site containing protein  43.18 
 
 
190 aa  71.2  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1388  methylation site containing protein  33.52 
 
 
175 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2860  methylation site containing protein  28.33 
 
 
167 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0883  general secretion pathway protein H  34.16 
 
 
146 aa  67.8  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0109332  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3821  hypothetical protein  52.94 
 
 
173 aa  67  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  58.62 
 
 
172 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  58.62 
 
 
172 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  58.62 
 
 
172 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  40.86 
 
 
178 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  58.62 
 
 
172 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  32.5 
 
 
156 aa  65.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  56.72 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0708  methylation site containing protein  33.94 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0386199  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02523  hypothetical protein  31.43 
 
 
163 aa  65.1  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4569  MSHA pilin protein MshA  45.45 
 
 
187 aa  64.3  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442923  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2913  hypothetical protein  36.5 
 
 
182 aa  62.4  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2521  hypothetical protein  35.05 
 
 
193 aa  62  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003563  type II secretory pathway pseudopilin PulG  43.24 
 
 
163 aa  61.2  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3758  hypothetical protein  42.86 
 
 
174 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3316  methylation site containing protein  42.86 
 
 
177 aa  60.5  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.192216  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0576  hypothetical protein  42.86 
 
 
174 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0726397 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3690  methylation site containing protein  44.74 
 
 
185 aa  58.9  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2452  methylation site containing protein  45.05 
 
 
197 aa  58.9  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816638  normal  0.444869 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01338  hypothetical protein  34.23 
 
 
195 aa  57.8  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3217  hypothetical protein  57.89 
 
 
108 aa  57.4  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000170582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4106  MSHA pilin protein MshB  34.38 
 
 
205 aa  56.6  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1066  pilin, putative  41.76 
 
 
187 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00196226  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3989  pilin, putative  56.14 
 
 
187 aa  57  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.387559 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3657  methylation site containing protein  34.38 
 
 
205 aa  57  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000205665  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0964  pilin, putative  41.76 
 
 
187 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0885526  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0566  MSHA pilin protein MshB  35.11 
 
 
205 aa  57.4  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.571105  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0550  methylation site containing protein  32.67 
 
 
218 aa  57  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000424061  normal  0.764365 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3326  pilin, putative  41.76 
 
 
187 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0266287  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2704  type IV pilin, putative  31.58 
 
 
178 aa  57  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0472  methylation site containing protein  34.38 
 
 
205 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000795599  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0856  methylation site containing protein  45.95 
 
 
182 aa  56.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1033  pilin, putative  41.76 
 
 
187 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0234716  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0464  hypothetical protein  32.7 
 
 
191 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3689  pilin, putative  56.36 
 
 
186 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0976  pilin, putative  38.89 
 
 
180 aa  55.8  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0485556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0514  MSHA pilin protein MshB  35.23 
 
 
205 aa  55.5  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00061527  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0511  MSHA pilin protein MshB  35.23 
 
 
205 aa  55.1  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000086206  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3829  MSHA pilin protein MshB  35.23 
 
 
205 aa  55.5  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000175672  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0490  MSHA pilin protein MshB  35.23 
 
 
205 aa  55.1  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000965015  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3315  pilin, putative  60 
 
 
185 aa  55.5  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.540059  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3480  methylation site containing protein  34.38 
 
 
205 aa  55.1  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000493749  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0448  hypothetical protein  31.45 
 
 
191 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3866  hypothetical protein  32.08 
 
 
191 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2151  membrane protein  40.62 
 
 
186 aa  53.1  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.899411  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3762  methylation site containing protein  37.08 
 
 
202 aa  52.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000262752  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  49.18 
 
 
193 aa  52.8  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>