More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3034 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 249 aa  509  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.45 
 
 		 275 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.4 
 
 		 266 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.52 
 
 		 266 aa  299  3e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.92 
 
 		 266 aa  299  3e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.38 
 
 		 266 aa  299  3e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.95 
 
 		 266 aa  298  4e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.38 
 
 		 266 aa  298  4e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.98 
 
 		 266 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.95 
 
 		 266 aa  296  2e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.94 
 
 		 240 aa  252  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.27 
 
 		 253 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.14 
 
 		 238 aa  226  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.13 
 
 		 251 aa  222  4e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.09 
 
 		 240 aa  211  5.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.11 
 
 		 239 aa  208  6e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.61 
 
 		 238 aa  205  6e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 		 264 aa  203  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.28 
 
 		 238 aa  201  8e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  47.44 
 
 		 241 aa  198  7e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  41.1 
 
 		 239 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 		 262 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  44.44 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.61 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  43.53 
 
 		 241 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  46.06 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 		 260 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.83 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 		 245 aa  181  8.000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.22 
 
 		 260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 		 250 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 		 250 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.06 
 
 		 250 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 		 250 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 		 254 aa  148  7e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  37.85 
 
 		 265 aa  145  8.000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 		 259 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 257 aa  142  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 		 249 aa  139  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  39.01 
 
 		 256 aa  135  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 		 265 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 		 260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 282 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 		 260 aa  122  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 		 260 aa  122  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 		 277 aa  121  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 		 277 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 		 264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 251 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 		 300 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.58 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  35.63 
 
 		 261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 		 255 aa  108  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.841301 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 		 242 aa  108  6e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 		 256 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 		 267 aa  107  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.06 
 
 		 263 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31 
 
 		 254 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  31.56 
 
 		 254 aa  103  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  32.13 
 
 		 261 aa  102  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  34.45 
 
 		 261 aa  102  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  34.45 
 
 		 261 aa  102  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 		 255 aa  102  7e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.84 
 
 		 245 aa  99.8  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 		 259 aa  99  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.92 
 
 		 261 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  29.44 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 		 267 aa  97.4  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.29 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 256 aa  96.3  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4111  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.173439 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3998  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 		 259 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3014  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.6 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.698047  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0780  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 		 251 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 		 248 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5235  oxidoreductase protein  28.74 
 
 		 275 aa  92  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 		 271 aa  92  8e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 255 aa  91.7  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.836425  normal  0.228083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0779  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.17 
 
 		 232 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0946861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  32.8 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.76 
 
 		 246 aa  90.9  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.444612  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1738  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 		 278 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0147369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 		 284 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  30.92 
 
 		 266 aa  90.1  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.43 
 
 		 230 aa  89.4  5e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  33.15 
 
 		 250 aa  89  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02915  serine 3-dehydrogenase  36.17 
 
 		 251 aa  89  7e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2291  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 		 262 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.448302  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3288  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 		 262 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3237  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 		 262 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.85457  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3273  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 		 262 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>