More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2999 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  100 
 
 		 548 aa  1132    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 487 aa  152  1e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  38.43 
 
 		 415 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  30.04 
 
 		 583 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 1078 aa  147  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 505 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  36.36 
 
 		 340 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 791 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  27.71 
 
 		 574 aa  144  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  27.25 
 
 		 591 aa  144  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 738 aa  143  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 444 aa  143  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 321 aa  143  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 483 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 366 aa  141  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 405 aa  141  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.93 
 
 		 493 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 493 aa  140  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 446 aa  140  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 722 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 362 aa  139  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  138  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 493 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 485 aa  139  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  41.42 
 
 		 474 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 492 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 476 aa  138  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 753 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 339 aa  138  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 368 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 482 aa  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 381 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  26.03 
 
 		 569 aa  137  7.000000000000001e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 701 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  41.57 
 
 		 451 aa  136  8e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 464 aa  136  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  30.9 
 
 		 726 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 377 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  38.04 
 
 		 512 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 540 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  28.35 
 
 		 556 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 572 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 336 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 332 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.22 
 
 		 346 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  36.11 
 
 		 424 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 482 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.86 
 
 		 669 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  41.36 
 
 		 489 aa  134  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 		 565 aa  134  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  37.22 
 
 		 381 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 659 aa  134  6e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  38.5 
 
 		 580 aa  134  6e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 381 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  37.66 
 
 		 531 aa  133  6.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 370 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 370 aa  133  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 507 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 714 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  39.18 
 
 		 461 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.72 
 
 		 424 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 490 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 507 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.21 
 
 		 484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 237 aa  133  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  31.62 
 
 		 722 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  32.54 
 
 		 319 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  26.85 
 
 		 591 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 495 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 563 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 314 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 1099 aa  132  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 545 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 373 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  39.79 
 
 		 344 aa  131  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  36.49 
 
 		 431 aa  131  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  33.9 
 
 		 422 aa  131  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 726 aa  131  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 555 aa  131  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 501 aa  131  3e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.98 
 
 		 416 aa  131  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 485 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 237 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 340 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 620 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 342 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 464 aa  131  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.71 
 
 		 646 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 772 aa  130  5.0000000000000004e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 726 aa  130  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  29.55 
 
 		 729 aa  130  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 726 aa  130  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 459 aa  130  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>