More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2996 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  77 
 
 		 613 aa  927    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  76.84 
 
 		 613 aa  925    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.17 
 
 		 623 aa  703    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.82 
 
 		 612 aa  915    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.57 
 
 		 610 aa  910    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  67 
 
 		 616 aa  771    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  65.96 
 
 		 618 aa  764    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.98 
 
 		 629 aa  749    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  61.74 
 
 		 599 aa  734    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  85.16 
 
 		 620 aa  1028    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.9 
 
 		 612 aa  918    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  75.53 
 
 		 616 aa  896    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  77 
 
 		 613 aa  927    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  86.2 
 
 		 616 aa  1033    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  88.64 
 
 		 616 aa  1067    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  67.49 
 
 		 616 aa  791    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.55 
 
 		 611 aa  926    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  89.45 
 
 		 616 aa  1074    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  61.64 
 
 		 621 aa  730    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  61.64 
 
 		 621 aa  730    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.49 
 
 		 616 aa  791    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1260  putative sigma-70 factor (RpoD)  59.27 
 
 		 647 aa  677    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.24 
 
 		 657 aa  658    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  77 
 
 		 613 aa  927    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.59 
 
 		 615 aa  941    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  77.45 
 
 		 611 aa  905    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0958  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  87.18 
 
 		 616 aa  1034    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000123062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  59.14 
 
 		 656 aa  689    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.07 
 
 		 618 aa  665    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.81 
 
 		 620 aa  877    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  61.54 
 
 		 602 aa  725    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.81 
 
 		 620 aa  877    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.98 
 
 		 615 aa  766    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  66.94 
 
 		 612 aa  741    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.73 
 
 		 612 aa  917    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.59 
 
 		 615 aa  941    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  67 
 
 		 616 aa  771    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.75 
 
 		 621 aa  865    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  86.58 
 
 		 611 aa  1025    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.79 
 
 		 707 aa  702    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.91 
 
 		 617 aa  789    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  90.73 
 
 		 627 aa  1082    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.4 
 
 		 623 aa  707    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.26 
 
 		 666 aa  665    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  90.73 
 
 		 627 aa  1082    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.37 
 
 		 623 aa  705    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.8 
 
 		 611 aa  920    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  68.06 
 
 		 619 aa  783    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  77 
 
 		 613 aa  927    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  90.69 
 
 		 611 aa  1076    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  65.85 
 
 		 613 aa  755    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  86.97 
 
 		 612 aa  1032    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  60.16 
 
 		 644 aa  702    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.01 
 
 		 608 aa  660    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.36 
 
 		 624 aa  682    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.87 
 
 		 612 aa  932    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.59 
 
 		 615 aa  941    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  77 
 
 		 613 aa  927    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  91.9 
 
 		 617 aa  1115    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  59.5 
 
 		 698 aa  698    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  67.1 
 
 		 614 aa  759    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.06 
 
 		 647 aa  917    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.65 
 
 		 616 aa  775    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.27 
 
 		 855 aa  639    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  72.2 
 
 		 612 aa  879    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.5 
 
 		 698 aa  697    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.06 
 
 		 624 aa  679    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  77 
 
 		 613 aa  927    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  67 
 
 		 616 aa  775    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  77.32 
 
 		 613 aa  916    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.9 
 
 		 612 aa  918    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.81 
 
 		 602 aa  714    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  77 
 
 		 613 aa  927    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.12 
 
 		 595 aa  779    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  88.69 
 
 		 619 aa  1078    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  89.01 
 
 		 619 aa  1082    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  65.09 
 
 		 598 aa  733    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  100 
 
 		 614 aa  1251    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  72.93 
 
 		 617 aa  887    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  77 
 
 		 613 aa  927    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.91 
 
 		 617 aa  769    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  90.57 
 
 		 627 aa  1080    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.06 
 
 		 631 aa  682    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.45 
 
 		 615 aa  779    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.2 
 
 		 631 aa  941    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.59 
 
 		 615 aa  941    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.58 
 
 		 620 aa  785    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.59 
 
 		 615 aa  941    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  89.18 
 
 		 619 aa  1081    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.36 
 
 		 783 aa  631  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.77 
 
 		 805 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.6 
 
 		 683 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.55 
 
 		 685 aa  618  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.44 
 
 		 805 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.38 
 
 		 736 aa  615  1e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.38 
 
 		 680 aa  615  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  55.12 
 
 		 594 aa  615  1e-175  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.38 
 
 		 800 aa  618  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.38 
 
 		 736 aa  616  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.38 
 
 		 680 aa  615  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>