241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2915 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1362  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  80.16 
 
 
379 aa  637    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1164  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  81.75 
 
 
379 aa  642    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00398091  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1259  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  80.1 
 
 
383 aa  644    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0378227  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2833  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  80.69 
 
 
379 aa  644    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00724041  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2915  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  80.69 
 
 
379 aa  644    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0333151  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2915  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  100 
 
 
383 aa  790    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.449795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1292  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  79.58 
 
 
383 aa  641    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0548711  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1054  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  82.98 
 
 
384 aa  661    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189276  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3012  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  80.69 
 
 
379 aa  642    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0411144  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1259  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  81.53 
 
 
379 aa  645    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00675448  hitchhiker  0.000301963 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3098  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  80.42 
 
 
379 aa  641    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000040953  normal  0.11712 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1215  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  80.1 
 
 
383 aa  644    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000459834  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1068  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  81.58 
 
 
384 aa  646    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0518794  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1173  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  79.32 
 
 
383 aa  639    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00322769  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0894  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  74.07 
 
 
379 aa  596  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.121322  normal  0.591266 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2749  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  73.75 
 
 
384 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.186478  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3079  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.53 
 
 
373 aa  445  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394407  normal  0.0294046 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0227  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.77 
 
 
375 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3483  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  438  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.250939 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0654  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.49 
 
 
377 aa  441  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02489  fused chorismate mutase T/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.555514  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2757  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  436  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176639  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3219  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.53 
 
 
373 aa  438  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0271953  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1083  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  436  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676844  hitchhiker  0.000106918 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2987  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  436  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000572711  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  55.91 
 
 
373 aa  437  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.139237 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3356  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02453  hypothetical protein  57.26 
 
 
373 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.58394  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2752  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  436  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000708785  normal  0.0483395 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3839  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  436  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00182808  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1074  chorismate mutase  56.99 
 
 
373 aa  434  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.134673  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2813  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2863  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.72 
 
 
373 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0273979 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2996  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3147  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  55.65 
 
 
373 aa  431  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2882  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0721758  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.28721 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004405  chorismate mutase I/cyclohexadienyl dehydrogenase  56.95 
 
 
375 aa  428  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00993  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.22 
 
 
375 aa  431  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2854  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  55.91 
 
 
373 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663764  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1132  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  55.11 
 
 
373 aa  426  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0287  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  54.2 
 
 
375 aa  421  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0998  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  55.38 
 
 
372 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0671  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  52.16 
 
 
374 aa  409  1e-113  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106766  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1588  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  49.59 
 
 
375 aa  383  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01712  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.41 
 
 
384 aa  376  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.149825  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3953  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  51.22 
 
 
381 aa  372  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23140  chorismate mutase, clade 2  43.64 
 
 
706 aa  198  1.0000000000000001e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.839893  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2269  Prephenate dehydrogenase  35.86 
 
 
371 aa  176  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00760536 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1033  prephenate dehydrogenase  34.75 
 
 
274 aa  161  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.393372  normal  0.590632 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1560  prephenate dehydrogenase  34.7 
 
 
276 aa  160  4e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1300  prephenate dehydrogenase  33.2 
 
 
274 aa  155  1e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.580426  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2608  Prephenate dehydrogenase  31.48 
 
 
283 aa  152  1e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.749464 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0599  hypothetical protein  34.22 
 
 
288 aa  149  9e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0114109  normal  0.0489829 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1024  prephenate dehydrogenase  31.14 
 
 
447 aa  144  3e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1158  prephenate dehydrogenase  32.85 
 
 
439 aa  143  6e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0061  prephenate dehydrogenase  32.85 
 
 
443 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.532803  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0760  prephenate dehydrogenase  32.48 
 
 
443 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.504632  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0924  prephenate dehydrogenase  28.88 
 
 
505 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3767  prephenate dehydrogenase  30.54 
 
 
242 aa  130  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000142598  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1997  prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 
437 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0827  prephenate dehydrogenase  29.89 
 
 
439 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.666183  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2473  prephenate dehydrogenase  29.25 
 
 
258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.413514  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1946  prephenate dehydrogenase  27.16 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.772286  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1502  prephenate dehydrogenase  28.62 
 
 
288 aa  113  5e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1648  hypothetical protein  24.02 
 
 
351 aa  109  6e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0329926 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0118  Prephenate dehydrogenase  29.37 
 
 
262 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0334  Prephenate dehydrogenase  28.63 
 
 
292 aa  106  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1747  Prephenate dehydrogenase  30.7 
 
 
263 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6599  chorismate mutase  25.4 
 
 
375 aa  101  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2811  Prephenate dehydrogenase  30.18 
 
 
259 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1510  prephenate dehydrogenase  31.98 
 
 
373 aa  93.2  7e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3485  prephenate dehydrogenase  28.76 
 
 
260 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01188  prephenate dehydrogenase  32.29 
 
 
375 aa  92  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.282588  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1453  prephenate dehydrogenase  31.53 
 
 
373 aa  90.9  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.542491  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4586  Prephenate dehydrogenase  22.91 
 
 
294 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1605  prephenate dehydrogenase  32.58 
 
 
374 aa  86.7  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.294712  normal  0.381468 
 
 
-
 
NC_002936  DET0460  prephenate dehydrogenase  23.94 
 
 
287 aa  82.4  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000113439  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0437  prephenate dehydrogenase  23.16 
 
 
288 aa  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000137716  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1278  chorismate mutase  24.82 
 
 
346 aa  75.1  0.000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_403  prephenate dehydrogenase  22.26 
 
 
287 aa  72.8  0.000000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225812  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0545  prephenate dehydrogenase  22.1 
 
 
283 aa  71.2  0.00000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1368  Prephenate dehydrogenase  27.23 
 
 
332 aa  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  24.28 
 
 
319 aa  60.5  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0116  chorismate mutase  42.53 
 
 
377 aa  59.3  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1424  Prephenate dehydrogenase  28.4 
 
 
278 aa  58.2  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2392  Prephenate dehydrogenase  29.89 
 
 
287 aa  58.5  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.801901  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0801  chorismate mutase  38.96 
 
 
359 aa  57.8  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6846  chorismate mutase  40.96 
 
 
397 aa  57.8  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.235672 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1877  chorismate mutase / prephenate dehydrogenase  25.54 
 
 
344 aa  58.2  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.786603 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2723  chorismate mutase  40.51 
 
 
381 aa  55.8  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17521  arogenate dehydrogenase  22.51 
 
 
279 aa  55.5  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0911  chorismate mutase  38.57 
 
 
294 aa  55.1  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119548  arogenate dehydrogenase, putative  25.99 
 
 
321 aa  55.1  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1299  chorismate mutase/prephenate dehydratase  36.11 
 
 
359 aa  54.3  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1063  prephenate dehydrogenase  27.22 
 
 
258 aa  54.3  0.000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0216  chorismate mutase  44 
 
 
355 aa  53.9  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  26.15 
 
 
318 aa  53.5  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  24.56 
 
 
313 aa  53.5  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>