More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2859 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_3024  twitching motility protein  96.23 
 
 
345 aa  691    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00035663  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3351  twitching motility protein PilT  95.94 
 
 
345 aa  691    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1138  twitching motility protein  96.52 
 
 
345 aa  694    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.236895 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2686  twitching motility protein  95.94 
 
 
345 aa  689    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3182  twitching motility protein  96.52 
 
 
345 aa  693    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000300358  normal  0.0171368 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2681  twitching motility protein  97.68 
 
 
349 aa  695    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.172502  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1333  twitching motility protein  93.62 
 
 
345 aa  678    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0112575 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1339  twitching motility protein  96.52 
 
 
345 aa  693    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0176269  hitchhiker  0.0000000675214 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1194  pilus retraction ATPase PilT  96.23 
 
 
345 aa  692    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0809497  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1233  twitching motility protein PilT  93.86 
 
 
344 aa  673    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000670856  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1265  pilus retraction ATPase PilT  96.23 
 
 
345 aa  692    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395146  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2859  twitching motility protein  100 
 
 
345 aa  713    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311104  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3039  twitching motility protein  96.52 
 
 
345 aa  693    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00110048  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1195  pilus retraction ATPase PilT  96.23 
 
 
345 aa  692    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.035221  normal  0.726938 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2476  twitching motility protein  96.52 
 
 
345 aa  692    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1128  twitching motility protein  95.07 
 
 
345 aa  686    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0169735  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3662  twitching motility protein PilT  80.94 
 
 
347 aa  590  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.69581  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4149  twitching motility protein  79.13 
 
 
344 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.84862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0495  twitching motility protein PilT  79.29 
 
 
344 aa  568  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3039  type II secretion system protein (twitching motility protein) (PilT)  77.78 
 
 
344 aa  568  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.37999  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05180  twitching motility protein PilT  79.29 
 
 
344 aa  568  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0537  twitching motility protein  78.99 
 
 
344 aa  567  1e-160  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5318  pilus retraction protein PilT  80.18 
 
 
344 aa  564  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1841  twitching motility protein  76.7 
 
 
349 aa  565  1e-160  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.616267  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0931  twitching motility protein  76.32 
 
 
345 aa  563  1.0000000000000001e-159  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.413956  normal  0.826545 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0342  twitching motility protein  76.83 
 
 
345 aa  563  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0478  pilus retraction protein PilT  78.11 
 
 
344 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01993  twitching motility protein  76.02 
 
 
345 aa  558  1e-158  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.913118  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2918  twitching motility protein PilT  75.8 
 
 
344 aa  558  1e-158  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.683879  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5045  twitching motility protein  77.81 
 
 
344 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.597487  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3004  pilus retraction protein PilT  75.44 
 
 
345 aa  556  1e-157  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3640  twitching motility protein PilT  76.63 
 
 
344 aa  555  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1537  twitching motility protein PilT  74.64 
 
 
344 aa  549  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3883  pilus retraction protein PilT  76.45 
 
 
347 aa  550  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2419  pilus retraction ATPase PilT  77.03 
 
 
347 aa  547  1e-155  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03297  twitching motility protein PilT  75.79 
 
 
349 aa  550  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.987753  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2414  twitching motility protein  73.53 
 
 
344 aa  545  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3703  twitching motility protein  75.87 
 
 
347 aa  547  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03090  Pilus retraction protein  77.81 
 
 
344 aa  547  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.166876  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1995  hypothetical protein  75.07 
 
 
344 aa  543  1e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1990  hypothetical protein  75.07 
 
 
344 aa  543  1e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2107  twitching motility protein  76.45 
 
 
347 aa  544  1e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3717  twitching motility protein  75.15 
 
 
347 aa  543  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1253  twitching motility protein  72.46 
 
 
344 aa  539  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1221  twitching motility protein  72.46 
 
 
344 aa  539  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.475571  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3878  twitching motility protein  76.4 
 
 
347 aa  528  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0576559  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3760  Pili biogenesis ATPase  76.7 
 
 
347 aa  524  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.112866  normal  0.149271 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4813  twitching motility protein  76.11 
 
 
347 aa  524  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0293  twitching motility protein  71.43 
 
 
350 aa  525  1e-148  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0412  twitching motility protein  76.11 
 
 
347 aa  523  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0267  pilus retraction protein PilT  71.14 
 
 
350 aa  521  1e-147  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03577  hypothetical protein  72.7 
 
 
346 aa  522  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002458  twitching motility protein PilT  73 
 
 
346 aa  522  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0278  twitching motility protein  75.81 
 
 
347 aa  523  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0396  twitching motility protein  75.52 
 
 
347 aa  524  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.203182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0420  twitching motility protein  76.11 
 
 
347 aa  523  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0014  twitching motility protein PilT  72.4 
 
 
345 aa  521  1e-147  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0544  twitching mobility protein PilT, type II/IV secretion system protein  72.4 
 
 
345 aa  518  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1068  twitching motility protein  75.22 
 
 
347 aa  514  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.365161 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1688  twitching motility protein  75.22 
 
 
347 aa  517  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.802614 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0637  twitching motility protein  75.81 
 
 
347 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2506  twitching motility protein  71.51 
 
 
347 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3053  twitching motility protein  70.29 
 
 
346 aa  513  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.39006  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2918  twitching motility protein  71.51 
 
 
347 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0264  twitching motility protein PilT  70.06 
 
 
349 aa  508  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0441  twitching motility protein  70.06 
 
 
349 aa  508  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000176811 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1631  twitching motility protein  72.84 
 
 
347 aa  505  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179805 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2682  twitching motility protein  70.93 
 
 
347 aa  504  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.310327 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1750  twitching motility protein  68.7 
 
 
345 aa  503  1e-141  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2800  pilus retraction protein PilT  70.64 
 
 
347 aa  500  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2936  twitching motility protein  69.48 
 
 
347 aa  497  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.745836  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0316  twitching motility protein  67.64 
 
 
345 aa  493  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.436596  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1609  twitching motility protein  67.74 
 
 
345 aa  483  1e-135  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.409997 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1131  twitching motility protein  57.44 
 
 
360 aa  397  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.809253  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0505  Tfp pilus assembly protein, pilus retraction ATPase PilT  59.15 
 
 
347 aa  391  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1884  twitching motility protein  58.63 
 
 
359 aa  391  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0436  twitching motility protein PilT  56.01 
 
 
356 aa  390  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1917  twitching motility protein  56.1 
 
 
360 aa  390  1e-107  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.979204 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0536  twitching motility protein  56.23 
 
 
358 aa  389  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3221  twitching motility protein  55.56 
 
 
356 aa  385  1e-106  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1802  twitching motility protein  56.38 
 
 
369 aa  384  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.579397 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3400  pilus retraction protein PilT  56.84 
 
 
356 aa  384  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3053  twitching motility protein  54.46 
 
 
360 aa  383  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1165  pilus retraction ATPase PilT  58.72 
 
 
367 aa  381  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.591926  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0067  twitching motility protein  56.08 
 
 
356 aa  380  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.78052e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4274  twitching motility protein  57.57 
 
 
356 aa  378  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1654  twitching motility protein  54.01 
 
 
363 aa  375  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1038  twitching motility protein  56.1 
 
 
372 aa  377  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1391  twitching motility protein  53.39 
 
 
375 aa  375  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.899661  normal  0.0234159 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0084  twitching motility protein  55.49 
 
 
357 aa  377  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17750  pilus retraction protein PilT  55.39 
 
 
397 aa  377  1e-103  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.643822 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1632  twitching motility protein  53.71 
 
 
366 aa  374  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2215  twitching motility protein  54.82 
 
 
368 aa  371  1e-102  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2594  twitching motility protein  53.12 
 
 
366 aa  371  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1695  twitching motility protein  52.87 
 
 
360 aa  368  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0874  twitching motility protein  50.58 
 
 
360 aa  366  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1346  twitching motility protein  53.64 
 
 
566 aa  365  1e-100  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1321  twitching motility protein  54.12 
 
 
362 aa  366  1e-100  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0136212 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0593  twitching motility protein  54.22 
 
 
370 aa  367  1e-100  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.499274  normal  0.0167916 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3027  twitching motility protein  52.06 
 
 
382 aa  363  2e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>