More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2857 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2857  integrase catalytic subunit  100 
 
 
275 aa  569  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000284719  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3960  integrase catalytic subunit  100 
 
 
275 aa  569  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3451  integrase catalytic subunit  98.39 
 
 
248 aa  511  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4025  integrase catalytic subunit  72.18 
 
 
266 aa  419  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0657  transposase IS3/IS911 family protein  68 
 
 
362 aa  403  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2735  transposase IS3/IS911 family protein  68 
 
 
362 aa  403  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2711  transposase IS3/IS911 family protein  68 
 
 
362 aa  403  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.155615  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0618  ISxcd1 transposase  65.41 
 
 
266 aa  389  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3364  ISxcd1 transposase  65.41 
 
 
266 aa  389  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3442  integrase catalytic subunit  64.29 
 
 
266 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.702285 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3953  integrase catalytic subunit  66.92 
 
 
265 aa  376  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4053  integrase catalytic subunit  66.92 
 
 
265 aa  376  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0400  integrase catalytic subunit  66.54 
 
 
265 aa  375  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1620  ISMca4, transposase, OrfAB  61.09 
 
 
362 aa  367  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0823  ISMca4, transposase, OrfAB  61.09 
 
 
362 aa  367  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.586582  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2689  prophage LambdaMc01, ISMca4, transposase, OrfAB  61.09 
 
 
362 aa  367  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0539833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0965  ISSod2, transposase OrfB  59.55 
 
 
271 aa  349  3e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2160  ISSod2, transposase OrfB  59.55 
 
 
271 aa  349  3e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4269  ISSod2, transposase OrfB  59.55 
 
 
271 aa  349  3e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1778  transposase OrfB  58.62 
 
 
288 aa  330  2e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2897  ISxcd1 transposase  68.9 
 
 
209 aa  320  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0637  transposase OrfB  60.08 
 
 
249 aa  320  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.417638 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0640  transposase OrfB  60.08 
 
 
249 aa  320  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.263209 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0849  transposase OrfB  60.08 
 
 
249 aa  320  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.553346 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1079  hypothetical protein  48.9 
 
 
281 aa  270  2e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0800  hypothetical protein  48.16 
 
 
281 aa  267  2e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3762  ISxcd1 transposase  61.46 
 
 
192 aa  261  8e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2602  integrase catalytic subunit  48.52 
 
 
282 aa  260  2e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.323138 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1262  Integrase catalytic region  51.81 
 
 
262 aa  259  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.632188  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0432  Integrase catalytic region  51.81 
 
 
262 aa  258  7e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0274  Integrase catalytic region  51.81 
 
 
262 aa  258  7e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2354  Integrase catalytic region  51.81 
 
 
262 aa  258  7e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0944  Integrase catalytic region  51.81 
 
 
262 aa  257  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2229  Integrase catalytic region  51.81 
 
 
262 aa  258  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1971  hypothetical protein  52.65 
 
 
270 aa  256  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3765  hypothetical protein  67.86 
 
 
492 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1413  integrase catalytic subunit  67.86 
 
 
399 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3471  hypothetical protein  67.86 
 
 
338 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.139394 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1289  Integrase catalytic region  48.83 
 
 
270 aa  248  7e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2192  Integrase catalytic region  48.83 
 
 
270 aa  248  7e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1236  Integrase catalytic region  48.83 
 
 
270 aa  248  7e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1504  integrase catalytic subunit  46.86 
 
 
242 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1492  integrase catalytic subunit  46.86 
 
 
242 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.275235 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1944  integrase catalytic subunit  46.86 
 
 
242 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1472  integrase catalytic subunit  46.86 
 
 
242 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.773509  normal  0.0414542 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0638  integrase catalytic subunit  45.78 
 
 
272 aa  227  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4320  integrase catalytic subunit  45.6 
 
 
264 aa  226  4e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1138  Integrase catalytic region  46.64 
 
 
273 aa  221  7e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0377026  hitchhiker  0.000000017757 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1801  hypothetical protein  67.32 
 
 
282 aa  219  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4808  transposase B  54.74 
 
 
207 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1392  transposase IS3/IS911 family protein  41.35 
 
 
370 aa  217  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3513  transposase IS3/IS911 family protein  41.35 
 
 
370 aa  217  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3491  transposase IS3/IS911 family protein  41.35 
 
 
370 aa  217  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.841443  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6345  transposase IS3/IS911 family protein  41.35 
 
 
370 aa  217  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5979  transposase IS3/IS911 family protein  41.35 
 
 
370 aa  217  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4211  transposase IS3/IS911 family protein  41.35 
 
 
370 aa  217  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3517  transposase IS3/IS911 family protein  41.35 
 
 
370 aa  217  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148961  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02902  Integrase, catalytic region  44.7 
 
 
267 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2314  Integrase catalytic region  42.64 
 
 
273 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1935  Integrase catalytic region  42.64 
 
 
273 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.214257 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3123  Integrase catalytic region  42.64 
 
 
273 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.266694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0882  Integrase catalytic region  42.64 
 
 
273 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00798706  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0526  Integrase catalytic region  42.64 
 
 
273 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881948  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3068  transposase B  54.74 
 
 
207 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3342  hypothetical protein  40.57 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3784  integrase catalytic subunit  41.09 
 
 
270 aa  199  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2130  integrase catalytic subunit  65.67 
 
 
134 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.590347 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55060  hypothetical protein  38.55 
 
 
280 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000896639  unclonable  2.5426499999999997e-21 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7691  integrase catalytic subunit  36.7 
 
 
312 aa  185  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0558  ISRSO16-transposase ORFB protein  40.55 
 
 
280 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2309  Integrase catalytic region  36.4 
 
 
282 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.652004 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2312  Integrase catalytic region  36.4 
 
 
282 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.939374 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03170  hypothetical protein  37.85 
 
 
279 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000150794  hitchhiker  0.00000000404269 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1688  transposase IS3 family protein  36.94 
 
 
372 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2654  transposase IS3 family protein  36.94 
 
 
372 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0683836  normal  0.423018 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1258  transposase IS3 family protein  36.94 
 
 
372 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.542288  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0649  transposase IS3 family protein  36.94 
 
 
372 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.343729 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1761  transposase IS3 family protein  36.94 
 
 
372 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1719  transposase IS3 family protein  36.94 
 
 
372 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.662695  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0936  transposase IS3 family protein  36.94 
 
 
372 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.582923  normal  0.33404 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2430  transposase IS3 family protein  36.94 
 
 
372 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.755967  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1768  transposase IS3 family protein  36.94 
 
 
372 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.383553  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0898  transposase IS3 protein  36.94 
 
 
372 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.567921 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4683  integrase catalytic region  35.32 
 
 
309 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4529  integrase catalytic region  35.32 
 
 
309 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4336  integrase catalytic region  35.32 
 
 
309 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.139423  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1077  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2087  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.879853  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2268  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.471662  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2283  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64128  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0751  A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0578  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00042542  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2145  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0283  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010372  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2120  A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0978  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.43017  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1313  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.336446  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0156  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0188  IS407A, transposase OrfB  37.35 
 
 
277 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0908748  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4719  integrase catalytic region  37.35 
 
 
277 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.557613  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>