214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2769 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2769  porin  100 
 
 
314 aa  636  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  70.68 
 
 
316 aa  458  1e-128  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  71.56 
 
 
314 aa  439  1e-122  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  8.71207e-05  hitchhiker  1.30468e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  70.35 
 
 
317 aa  431  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.91313e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  67.38 
 
 
316 aa  428  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.7597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  67.29 
 
 
315 aa  417  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  66.56 
 
 
308 aa  417  1e-115  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  68.62 
 
 
316 aa  416  1e-115  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.9899e-06  unclonable  3.82336e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  68.12 
 
 
314 aa  413  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.45677e-07  hitchhiker  6.46129e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  66.88 
 
 
314 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  66.88 
 
 
314 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  66.88 
 
 
314 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.6835e-06  hitchhiker  1.68324e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  66.88 
 
 
314 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  66.56 
 
 
314 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.03454e-06  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  66.77 
 
 
313 aa  405  1e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  64.31 
 
 
321 aa  392  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  35.16 
 
 
340 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  37.46 
 
 
302 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  29.82 
 
 
338 aa  142  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  30.55 
 
 
347 aa  142  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  29.02 
 
 
342 aa  139  5e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.38522e-07  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  30.17 
 
 
348 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  30.25 
 
 
361 aa  137  3e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.69892e-08  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  28.2 
 
 
342 aa  134  1e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.45606e-07  unclonable  1.65223e-10 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  28.98 
 
 
354 aa  134  2e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  29.24 
 
 
342 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  28.53 
 
 
354 aa  133  4e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  28.53 
 
 
354 aa  132  7e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  1.46698e-10 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  28.53 
 
 
354 aa  132  8e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.1631e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  29.17 
 
 
354 aa  131  1e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.9607e-08  unclonable  3.54557e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  29.17 
 
 
354 aa  131  1e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.55579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  28.53 
 
 
354 aa  131  2e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  28.53 
 
 
354 aa  130  4e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  5.40368e-07 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  29.54 
 
 
355 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  29.05 
 
 
346 aa  129  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  28.18 
 
 
356 aa  129  7e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.70281e-08  hitchhiker  4.79229e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  27.97 
 
 
354 aa  129  7e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  4.57647e-05  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  28.81 
 
 
359 aa  127  2e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.51944e-08  decreased coverage  3.18488e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  28.41 
 
 
346 aa  127  2e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.29455e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  28.01 
 
 
354 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.96209e-05  hitchhiker  5.99213e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  28.44 
 
 
352 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.45814e-07  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  29.81 
 
 
353 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.31419e-06  unclonable  2.51685e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  29.11 
 
 
365 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.36075e-07  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  27.12 
 
 
354 aa  123  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  4.94692e-05  decreased coverage  3.62774e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  27.25 
 
 
344 aa  123  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.86852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  33.33 
 
 
345 aa  122  1e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.37994e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  27.71 
 
 
347 aa  122  1e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  27.56 
 
 
372 aa  121  1e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  26.51 
 
 
345 aa  121  2e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  29.17 
 
 
346 aa  120  4e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.08 
 
 
342 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  27.18 
 
 
369 aa  115  7e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  26.33 
 
 
349 aa  111  1e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  26.87 
 
 
353 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.1464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  28.26 
 
 
351 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  25.74 
 
 
351 aa  99.8  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  29.92 
 
 
362 aa  96.7  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  2.07768e-05  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  26.49 
 
 
342 aa  93.6  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  27.85 
 
 
339 aa  89.7  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  6.3685e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  29.55 
 
 
367 aa  83.2  5e-15  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  8.64013e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  23.27 
 
 
349 aa  79.7  5e-14  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  27.49 
 
 
329 aa  70.5  4e-11  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  28.27 
 
 
344 aa  67.8  2e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  28.8 
 
 
344 aa  68.2  2e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  27.75 
 
 
344 aa  66.6  5e-10  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  26.33 
 
 
350 aa  66.2  7e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  26.41 
 
 
338 aa  62.8  7e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  24.93 
 
 
344 aa  62  1e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  29.89 
 
 
338 aa  61.6  2e-08  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  23.3 
 
 
327 aa  61.2  2e-08  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  23.86 
 
 
340 aa  60.5  3e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  29.96 
 
 
373 aa  60.1  5e-08  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  25 
 
 
376 aa  59.7  6e-08  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  24.67 
 
 
351 aa  59.7  6e-08  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  25.36 
 
 
374 aa  59.3  8e-08  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  26.91 
 
 
326 aa  58.5  1e-07  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  25.51 
 
 
331 aa  57.8  2e-07  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  25 
 
 
352 aa  57.8  3e-07  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  25 
 
 
352 aa  57.8  3e-07  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  23.19 
 
 
336 aa  56.6  5e-07  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  25.08 
 
 
312 aa  57  5e-07  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1245  porin  24.84 
 
 
342 aa  56.6  6e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240847  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0640  porin  26.46 
 
 
355 aa  55.1  1e-06  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3127  porin Gram-negative type  25.18 
 
 
333 aa  55.8  1e-06  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.970335  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  23.24 
 
 
366 aa  55.5  1e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0635  outer membrane insertion C-terminal signal  26.15 
 
 
355 aa  55.1  1e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  27.78 
 
 
368 aa  54.7  2e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  1.97819e-07  unclonable  2.88423e-18 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  23.28 
 
 
344 aa  54.3  2e-06  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  24.67 
 
 
356 aa  54.7  2e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  26.89 
 
 
360 aa  54.7  2e-06  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  29.71 
 
 
365 aa  54.7  2e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  23.48 
 
 
372 aa  53.9  3e-06  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3752  porin  26.15 
 
 
355 aa  54.3  3e-06  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  23.47 
 
 
360 aa  53.5  4e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  26.88 
 
 
348 aa  53.5  4e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0822  porin  25.08 
 
 
359 aa  53.5  4e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  29.55 
 
 
375 aa  53.5  5e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  24.91 
 
 
363 aa  53.1  6e-06  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.74529e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  30.57 
 
 
354 aa  53.1  6e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  2.27625e-07  unclonable  3.18865e-18 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  24.67 
 
 
356 aa  53.1  6e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>