170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2622 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2622  TonB family protein  100 
 
 
206 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.083203  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1521  TonB family protein  90.24 
 
 
206 aa  340  9e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1629  TonB family protein  88.83 
 
 
206 aa  337  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.589143  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1644  TonB family protein  87.86 
 
 
206 aa  337  7e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.219382  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1666  TonB family protein  88.83 
 
 
206 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.13034 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2714  TonB family protein  87.86 
 
 
206 aa  333  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0362691  decreased coverage  0.0000000109888 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2622  TonB family protein  87.92 
 
 
207 aa  332  3e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052579  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2421  TonB-like protein  88.41 
 
 
207 aa  331  4e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00537232  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2460  TonB family protein  87.92 
 
 
207 aa  331  4e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.43169  hitchhiker  0.0000000910497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2530  TonB family protein  87.92 
 
 
207 aa  331  4e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0930867  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1828  TonB2 protein  83.5 
 
 
207 aa  323  1e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1575  TonB family protein  81.07 
 
 
206 aa  305  2.0000000000000002e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00700508  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1258  TonB-like protein  83.5 
 
 
206 aa  299  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.973667  hitchhiker  0.0001567 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2648  TonB family protein  82.52 
 
 
206 aa  298  4e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0343675  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3075  TonB family protein  79.61 
 
 
206 aa  297  7e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000181204 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2474  TonB family protein  77.94 
 
 
205 aa  285  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.945787  hitchhiker  0.0000507957 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3752  putative TonB protein  58.42 
 
 
203 aa  213  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2986  TonB family protein  53.69 
 
 
204 aa  197  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.328592  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02810  TonB2 protein  59.09 
 
 
131 aa  155  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3539  TonB family protein  46.57 
 
 
219 aa  152  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0901  TonB3 protein  38.86 
 
 
207 aa  143  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.686601  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1150  tonB2 protein  35.27 
 
 
206 aa  131  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.595511  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0115  TonB protein  38.39 
 
 
206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0245  TonB family protein  38.73 
 
 
203 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0905  TonB-like protein  37 
 
 
203 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3759  TonB family protein  38.07 
 
 
203 aa  124  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3832  TonB family protein  37.24 
 
 
203 aa  122  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4564  TonB2 protein, putative  37.37 
 
 
203 aa  122  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000844  ferric siderophore transport system binding protein TonB  36.5 
 
 
206 aa  119  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3957  TonB family protein  36.73 
 
 
203 aa  119  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3457  TonB2 protein, putative  39.59 
 
 
202 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0186  TonB family protein  36.59 
 
 
203 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4148  TonB family protein  37.14 
 
 
203 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06756  hypothetical protein  32.39 
 
 
206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1064  TonB family protein  34.13 
 
 
202 aa  96.3  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3286  TonB family protein  44.94 
 
 
368 aa  95.5  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0610  TonB-like protein  30.13 
 
 
217 aa  93.6  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00121909  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03431  putative TonB2 protein  32.09 
 
 
202 aa  92.8  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2999  TonB family protein  36.97 
 
 
396 aa  87.8  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2774  TonB family protein  40.82 
 
 
354 aa  87  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0960618  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  43.96 
 
 
405 aa  86.3  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03563  TonB domain protein  47.73 
 
 
392 aa  86.3  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3481  TonB family protein  34.09 
 
 
363 aa  86.3  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00509083  normal  0.0825777 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3972  putative TonB protein  30 
 
 
223 aa  84.7  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4762  TonB domain-containing protein  39.34 
 
 
367 aa  84  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4804  TonB domain-containing protein  36.21 
 
 
349 aa  83.6  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4043  TonB domain-containing protein  41.67 
 
 
369 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0632  TonB family protein  43.02 
 
 
370 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2614  TonB-like periplasmic protein  32.16 
 
 
209 aa  82.8  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.496859  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0547  TonB family protein  45.24 
 
 
369 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3332  TonB family protein  38.46 
 
 
362 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00224785  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0576  TonB family protein  43.02 
 
 
370 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3342  antirepressor regulating drug resistance protein  46.43 
 
 
403 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0573  TonB-like protein  55.38 
 
 
93 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2270  TonB family protein  44.83 
 
 
368 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00628561  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0571  TonB family protein  43.02 
 
 
370 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.480586 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  45.35 
 
 
404 aa  79  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2444  TonB domain-containing protein  38.2 
 
 
361 aa  79  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0960107  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0356  periplasmic protein TonB  30 
 
 
199 aa  78.2  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0245094  normal  0.451591 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  41.11 
 
 
397 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001860  ferric siderophore transport system binding protein TonB  30.59 
 
 
210 aa  77.4  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  44.71 
 
 
417 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3763  TonB family protein  41.03 
 
 
373 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3146  TonB family protein  35.71 
 
 
223 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00104452  normal  0.89985 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0873  TonB family protein  36.78 
 
 
205 aa  69.7  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0439  TonB domain-containing protein  34.12 
 
 
215 aa  68.2  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.31739  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0876  TonB family protein  27.36 
 
 
205 aa  67.8  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1735  TonB family protein  31 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.298977  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2922  TonB family protein  35.29 
 
 
458 aa  67  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.947626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6333  TonB protein  36.45 
 
 
305 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.981899  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00633  periplasmic protein TonB  28.96 
 
 
209 aa  66.2  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3705  tonB protein  36.05 
 
 
277 aa  65.1  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.252589  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3429  TonB family protein  33.33 
 
 
371 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0523  TonB family protein  33.33 
 
 
371 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0845  TonB domain-containing protein  28.33 
 
 
259 aa  63.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.286568  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1995  transport protein TonB  34.74 
 
 
252 aa  63.5  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1890  TonB family protein  31.46 
 
 
391 aa  62.8  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2295  transport protein TonB  41.94 
 
 
251 aa  61.6  0.000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2185  transport protein TonB  33.33 
 
 
249 aa  61.6  0.000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.150473  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72970  TonB protein  32.71 
 
 
342 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.953349  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3603  TonB family protein  32.18 
 
 
371 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1944  transport protein TonB  32.95 
 
 
238 aa  60.1  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0712  TonB family protein  38.46 
 
 
110 aa  59.7  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.877696  normal  0.702571 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2682  transport protein TonB  40.85 
 
 
248 aa  58.9  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.258362  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1870  transport protein TonB  37.04 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.875088 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1619  TonB-like protein  34.78 
 
 
260 aa  57.8  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.338582  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1927  transport protein TonB  37.04 
 
 
240 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664696 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1591  transport protein TonB  36.14 
 
 
242 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.796983 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1409  transport protein TonB  37.04 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.382523  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1864  transport protein TonB  36.14 
 
 
240 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.680203  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01226  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  37.04 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2396  TonB family protein  37.04 
 
 
244 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.010558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1880  transport protein TonB  37.04 
 
 
243 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000508248 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01236  hypothetical protein  37.04 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2219  TonB family protein  32.18 
 
 
115 aa  57  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0449939 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2375  transport protein TonB  37.04 
 
 
244 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.131569  hitchhiker  0.00000150062 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1657  TonB family protein  29.76 
 
 
237 aa  57  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.107478  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1739  transport protein TonB  37.04 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000184106  hitchhiker  0.00504823 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1361  transport protein TonB  37.04 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000400843  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1410  transport protein TonB  37.04 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.981029  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>