127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2607 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
462 aa  943    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.01 
 
 
456 aa  274  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  32.56 
 
 
457 aa  215  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  31.91 
 
 
464 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  35.18 
 
 
431 aa  199  7e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  32.91 
 
 
461 aa  198  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  33.26 
 
 
477 aa  196  6e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  30.11 
 
 
456 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  33.97 
 
 
443 aa  194  4e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  30.13 
 
 
448 aa  192  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  31.28 
 
 
487 aa  190  5e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  33.26 
 
 
438 aa  189  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.05 
 
 
453 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  31.29 
 
 
439 aa  176  8e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  30.15 
 
 
453 aa  175  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  31.4 
 
 
429 aa  170  4e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  32.48 
 
 
436 aa  170  6e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  31.3 
 
 
458 aa  167  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  30.99 
 
 
413 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  30.11 
 
 
422 aa  157  4e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  29.31 
 
 
437 aa  156  9e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.32 
 
 
441 aa  148  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  27.19 
 
 
441 aa  143  7e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  28.33 
 
 
451 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  27.25 
 
 
432 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.64 
 
 
462 aa  137  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  26.18 
 
 
447 aa  137  5e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  30.19 
 
 
415 aa  134  3e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  27.39 
 
 
463 aa  130  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.05 
 
 
427 aa  129  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.04 
 
 
445 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  35.34 
 
 
453 aa  123  6e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  36.54 
 
 
453 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.19 
 
 
428 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  27.47 
 
 
474 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  27.25 
 
 
419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  26.45 
 
 
474 aa  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  25.33 
 
 
425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  27.67 
 
 
429 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  32.14 
 
 
393 aa  111  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  23.9 
 
 
461 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  25.93 
 
 
416 aa  110  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  36.81 
 
 
393 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  27.49 
 
 
429 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  23.87 
 
 
407 aa  107  3e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  34.83 
 
 
413 aa  107  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  30.71 
 
 
462 aa  103  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  24.95 
 
 
458 aa  103  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  24.24 
 
 
395 aa  99.8  9e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  30.06 
 
 
402 aa  95.9  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  23.99 
 
 
446 aa  92.8  1e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  26.74 
 
 
429 aa  92.4  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  25.05 
 
 
457 aa  92.4  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.07 
 
 
465 aa  89  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  23.89 
 
 
422 aa  88.2  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  44.23 
 
 
448 aa  88.2  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 
267 aa  81.6  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  23.59 
 
 
444 aa  81.3  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.46 
 
 
416 aa  80.5  0.00000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.28 
 
 
438 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  24.47 
 
 
425 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  42.53 
 
 
400 aa  74.3  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.46 
 
 
384 aa  73.9  0.000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  22.2 
 
 
460 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.07 
 
 
473 aa  72.4  0.00000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  24.28 
 
 
439 aa  73.2  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.25 
 
 
442 aa  70.9  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  34.64 
 
 
413 aa  70.1  0.00000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  23.99 
 
 
439 aa  65.5  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 
442 aa  63.2  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  24.1 
 
 
428 aa  63.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  25.07 
 
 
374 aa  62.4  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  26.29 
 
 
469 aa  61.6  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  27.51 
 
 
435 aa  60.1  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.6 
 
 
433 aa  60.1  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.93 
 
 
442 aa  60.1  0.00000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  29.67 
 
 
405 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.71 
 
 
390 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.91 
 
 
415 aa  58.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.91 
 
 
457 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 
447 aa  57  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  24.73 
 
 
411 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  24.73 
 
 
411 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  23.4 
 
 
388 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.42 
 
 
477 aa  55.5  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  30.18 
 
 
473 aa  54.7  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.78 
 
 
495 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  26.14 
 
 
394 aa  53.9  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  23.82 
 
 
426 aa  53.9  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  21.53 
 
 
425 aa  52.8  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  23.88 
 
 
415 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  22.97 
 
 
354 aa  53.1  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  24.65 
 
 
405 aa  52.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 
477 aa  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.36 
 
 
390 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.83 
 
 
412 aa  51.2  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.73 
 
 
428 aa  50.4  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  21.95 
 
 
430 aa  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  24 
 
 
453 aa  50.1  0.00008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  25.37 
 
 
444 aa  49.3  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>