102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2587 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2587  porin  100 
 
 		 351 aa  707    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  55.46 
 
 		 347 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  53.85 
 
 		 342 aa  381  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  55.14 
 
 		 342 aa  380  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  53.78 
 
 		 348 aa  373  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  53.14 
 
 		 344 aa  367  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  53.3 
 
 		 342 aa  361  1e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  52.39 
 
 		 346 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  50 
 
 		 356 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  49.86 
 
 		 361 aa  332  5e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  50.28 
 
 		 353 aa  332  8e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  49.86 
 
 		 365 aa  332  8e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  49.86 
 
 		 354 aa  330  3e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  49.86 
 
 		 354 aa  330  3e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  47.96 
 
 		 359 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  47.86 
 
 		 369 aa  322  6e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  49.3 
 
 		 353 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  48.75 
 
 		 372 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  48.72 
 
 		 347 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  47.34 
 
 		 354 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  46.78 
 
 		 354 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  46.78 
 
 		 354 aa  311  1e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  47.04 
 
 		 352 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  46.5 
 
 		 354 aa  301  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  46.22 
 
 		 354 aa  299  6e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  46.22 
 
 		 354 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  45.94 
 
 		 354 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  46.22 
 
 		 354 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  46.22 
 
 		 354 aa  295  7e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  44.57 
 
 		 355 aa  287  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  42.81 
 
 		 338 aa  253  3e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  34.44 
 
 		 346 aa  199  6e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  32.56 
 
 		 346 aa  182  6e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  33.7 
 
 		 345 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  31.98 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  32.69 
 
 		 349 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  31.23 
 
 		 351 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  29.24 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  29 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  28.7 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  29.24 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  29.75 
 
 		 316 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  30.42 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  28.9 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  28.81 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  28.81 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  28.81 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  28.57 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  27.89 
 
 		 340 aa  106  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  26.82 
 
 		 314 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  27.92 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  28.26 
 
 		 314 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  25.77 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  27.74 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  27.97 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  25 
 
 		 345 aa  79.3  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  24.46 
 
 		 362 aa  67  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  25.24 
 
 		 339 aa  67  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  26.09 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  32.35 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  29.17 
 
 		 342 aa  56.2  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  28.78 
 
 		 349 aa  54.7  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  23.96 
 
 		 366 aa  53.9  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  26.11 
 
 		 338 aa  53.5  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  23.44 
 
 		 329 aa  53.1  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  24.01 
 
 		 374 aa  51.6  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  28.5 
 
 		 338 aa  49.7  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  27.46 
 
 		 380 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  27.61 
 
 		 363 aa  47.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  31.15 
 
 		 363 aa  47.8  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  29.41 
 
 		 359 aa  47.8  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2182  outer membrane protein, porin  24.04 
 
 		 352 aa  47.4  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  25.95 
 
 		 380 aa  47.4  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  28.28 
 
 		 376 aa  47  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  29.75 
 
 		 363 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  26.92 
 
 		 362 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  29.75 
 
 		 363 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  29.75 
 
 		 363 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  29.75 
 
 		 363 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  29.75 
 
 		 363 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  31.53 
 
 		 361 aa  44.7  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  26.96 
 
 		 379 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  23.96 
 
 		 327 aa  44.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  29.75 
 
 		 449 aa  44.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  29.41 
 
 		 363 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  26.89 
 
 		 380 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  23.81 
 
 		 363 aa  44.3  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  25.68 
 
 		 380 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  24.81 
 
 		 380 aa  43.9  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  21.18 
 
 		 371 aa  43.5  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  21.81 
 
 		 344 aa  43.5  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  27.03 
 
 		 365 aa  43.5  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  23.76 
 
 		 394 aa  43.5  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1343  porin  31.68 
 
 		 355 aa  43.1  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.674319  normal  0.0139944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  29.41 
 
 		 363 aa  43.1  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0674  porin  29.66 
 
 		 381 aa  43.1  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.161927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  29.41 
 
 		 363 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  29.41 
 
 		 363 aa  42.7  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  29.41 
 
 		 363 aa  42.7  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  22.36 
 
 		 370 aa  42.7  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>