More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2374 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2374  OmpA/MotB domain-containing protein  100 
 
 
429 aa  890    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000015  Flagellar motor rotation protein MotB  40.42 
 
 
430 aa  331  1e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1523  hypothetical protein  35.83 
 
 
469 aa  271  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.414466  normal  0.78534 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1593  hypothetical protein  38.1 
 
 
440 aa  259  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442796  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0149  hypothetical protein  35.48 
 
 
449 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0371837  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00925  hypothetical protein  35.94 
 
 
449 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0257059  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1777  hypothetical protein  36.68 
 
 
438 aa  253  6e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0398  hypothetical protein  36.68 
 
 
438 aa  253  6e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344138  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2966  hypothetical protein  36.68 
 
 
438 aa  253  6e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1592  hypothetical protein  36.68 
 
 
438 aa  253  6e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2841  hypothetical protein  36.68 
 
 
438 aa  253  6e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.548037  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0447  hypothetical protein  36.68 
 
 
438 aa  253  6e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.554546  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1205  hypothetical protein  36.68 
 
 
438 aa  252  7e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.145712  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0253  hypothetical protein  37.2 
 
 
437 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1472  hypothetical protein  35.17 
 
 
452 aa  247  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0650495  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0212  hypothetical protein  35.88 
 
 
460 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.468684  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2317  hypothetical protein  34.58 
 
 
453 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0027894  hitchhiker  0.000887894 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26720  hypothetical protein  36.07 
 
 
430 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2465  hypothetical protein  34.01 
 
 
413 aa  238  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3845  hypothetical protein  34.02 
 
 
443 aa  235  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00641884  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0515  type IV / VI secretion system protein, DotU family  34.13 
 
 
442 aa  227  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2999  hypothetical protein  35.01 
 
 
406 aa  220  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2089  OmpA/MotB domain-containing protein  33.78 
 
 
456 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.975848  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4056  hypothetical protein  32.36 
 
 
460 aa  212  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000056515 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0328  hypothetical protein  29.92 
 
 
421 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0237  hypothetical protein  29.92 
 
 
421 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1690  hypothetical protein  29.92 
 
 
421 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.994866  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3921  hypothetical protein  29.82 
 
 
431 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00251  OmpA family membrane protein  31.48 
 
 
438 aa  195  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0927  hypothetical protein  29.92 
 
 
421 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1214  hypothetical protein  29.92 
 
 
421 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2189  hypothetical protein  29.92 
 
 
421 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1914  hypothetical protein  29.92 
 
 
426 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6042  OmpA-type porin  30.32 
 
 
511 aa  192  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2088  hypothetical protein  28.42 
 
 
443 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1674  type VI secretion system OmpA/MotB family protein  29.67 
 
 
415 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169962  normal  0.0141986 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3484  hypothetical protein  30.21 
 
 
432 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0805528  normal  0.565487 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0991  hypothetical protein  28.79 
 
 
434 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6109  hypothetical protein  26.34 
 
 
447 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.480365 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0126  hypothetical protein  28.39 
 
 
433 aa  179  9e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0162  hypothetical protein  28.9 
 
 
433 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0139  hypothetical protein  28.9 
 
 
433 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1609  hypothetical protein  28.9 
 
 
433 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2353  type IV / VI secretion system protein, DotU family  29.56 
 
 
494 aa  176  8e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.565328 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7017  hypothetical protein  28.61 
 
 
429 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6678  hypothetical protein  30.53 
 
 
436 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3023  hypothetical protein  29.08 
 
 
434 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0103  hypothetical protein  39.47 
 
 
293 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0303  hypothetical protein  29.08 
 
 
434 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.459512 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0308  hypothetical protein  29.38 
 
 
434 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.677173  normal  0.0357421 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0314  hypothetical protein  29.08 
 
 
434 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.497389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0320  hypothetical protein  29.08 
 
 
434 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.246257  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0935  hypothetical protein  28.76 
 
 
414 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5419  hypothetical protein  34.22 
 
 
291 aa  156  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5578  hypothetical protein  33.58 
 
 
291 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3604  hypothetical protein  37.85 
 
 
289 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42910  hypothetical protein  37.38 
 
 
289 aa  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.386497 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2553  hypothetical protein  36.36 
 
 
290 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00740521  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1114  putative type VI secretion protein VasF  42.79 
 
 
275 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3034  OmpA/MotB  26.38 
 
 
487 aa  143  7e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.047877  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1372  OmpA domain-containing protein  26.44 
 
 
458 aa  141  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1484  type VI secretion system OmpA/MotB family protein  26.44 
 
 
458 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.287067  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2882  type VI secretion system OmpA/MotB family protein  25.41 
 
 
493 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.132662 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2521  hypothetical protein  34.53 
 
 
261 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.49989  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2452  OmpA/MotB domain-containing protein  27.52 
 
 
463 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154769  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0053  hypothetical protein  33.04 
 
 
271 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3725  hypothetical protein  32.55 
 
 
273 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.364927  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1758  IcmH  32.74 
 
 
257 aa  125  2e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0429  hypothetical protein  32.3 
 
 
257 aa  122  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3130  OmpA/MotB domain-containing protein  25.69 
 
 
453 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00118735  normal  0.252633 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2616  hypothetical protein  26.1 
 
 
289 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0188045 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2119  hypothetical protein  26.47 
 
 
289 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1078  type IV / VI secretion system protein, DotU family  37.36 
 
 
258 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3247  type IV / VI secretion system protein, DotU family  37.91 
 
 
258 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0993  OmpA/MotB family outer membrane protein  24.74 
 
 
404 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3486  OmpA family outer membrane protein  27.86 
 
 
453 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.392072  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3486  OmpA/MotB domain-containing protein  24.16 
 
 
404 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0632352  normal  0.779995 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2799  type IV / VI secretion system protein, DotU family  42.07 
 
 
258 aa  116  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.514043  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3232  hypothetical protein  28.38 
 
 
289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0022  hypothetical protein  31.67 
 
 
257 aa  114  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.828521  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3923  DotU family type IV/VI secretion system protein  24.94 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1204  hypothetical protein  29.54 
 
 
258 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0809723  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4081  hypothetical protein  27.48 
 
 
310 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.000110004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2558  hypothetical protein  27.23 
 
 
282 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.654353  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2859  hypothetical protein  27.23 
 
 
290 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0486796  normal  0.274768 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3385  hypothetical protein  27.8 
 
 
282 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373526  normal  0.718715 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2372  hypothetical protein  27.35 
 
 
282 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0230  hypothetical protein  31.65 
 
 
253 aa  108  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1222  hypothetical protein  35.12 
 
 
252 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.619966 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1103  Aec26  35.12 
 
 
252 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0238  hypothetical protein  32.63 
 
 
253 aa  106  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0232  hypothetical protein  32.11 
 
 
253 aa  106  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05851  hypothetical protein  33.17 
 
 
263 aa  105  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0394  hypothetical protein  36.65 
 
 
255 aa  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0321  hypothetical protein  36.65 
 
 
255 aa  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000429  ImpK/VasF outer membrane protein  32.5 
 
 
263 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6107  DotU family type IV/VI secretion system protein  23.1 
 
 
410 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.513822 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3665  hypothetical protein  28.29 
 
 
261 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3640  hypothetical protein  28.29 
 
 
261 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00234142  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3649  hypothetical protein  28.29 
 
 
220 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.106209  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>