More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2240 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2240  thymidylate kinase  100 
 
 		 215 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2459  thymidylate kinase  82.5 
 
 		 208 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0022435  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1892  thymidylate kinase  82.5 
 
 		 208 aa  345  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.243598  normal  0.0455674 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2452  thymidylate kinase  82.5 
 
 		 208 aa  345  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0414256  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2572  thymidylate kinase  82.5 
 
 		 208 aa  345  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232881  normal  0.0771597 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2613  thymidylate kinase  79.51 
 
 		 209 aa  343  1e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1661  thymidylate kinase  79.51 
 
 		 209 aa  343  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.159329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1736  thymidylate kinase  79.51 
 
 		 209 aa  343  1e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.603767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1766  thymidylate kinase  79.51 
 
 		 209 aa  342  2e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0776889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2214  thymidylate kinase  81 
 
 		 208 aa  340  7e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2051  thymidylate kinase  79.1 
 
 		 215 aa  331  4e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1923  thymidylate kinase  76.47 
 
 		 214 aa  330  7.000000000000001e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1579  thymidylate kinase  77.78 
 
 		 210 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.756218 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2648  thymidylate kinase  76.96 
 
 		 210 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.106877 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2043  thymidylate kinase  76.5 
 
 		 208 aa  318  3e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.745773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1982  thymidylate kinase  74.76 
 
 		 210 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.102848  hitchhiker  0.00478134 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2245  thymidylate kinase  60 
 
 		 210 aa  244  4.9999999999999997e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0597865  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2302  thymidylate kinase  58.16 
 
 		 212 aa  242  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.792305  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2498  thymidylate kinase  60 
 
 		 219 aa  238  4e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1602  thymidylate kinase  60.49 
 
 		 212 aa  236  3e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.101784  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2117  thymidylate kinase  57.56 
 
 		 209 aa  235  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0678723  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02903  thymidylate kinase  59.22 
 
 		 210 aa  234  8e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2802  thymidylate kinase  57.14 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.100646  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1592  thymidylate kinase  57.77 
 
 		 217 aa  229  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.116501  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003001  thymidylate kinase  57.28 
 
 		 209 aa  229  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.390558  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1628  thymidylate kinase  60 
 
 		 215 aa  229  3e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02330  thymidylate kinase  58.38 
 
 		 222 aa  228  5e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1583  thymidylate kinase  57.07 
 
 		 212 aa  228  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000489849  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1094  dTMP kinase  57.21 
 
 		 223 aa  227  8e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1691  thymidylate kinase  57.07 
 
 		 212 aa  227  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0210927  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3493  thymidylate kinase  56.59 
 
 		 212 aa  226  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000071243  normal  0.0320777 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1487  thymidylate kinase  56.59 
 
 		 210 aa  223  1e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.396843  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1350  thymidylate kinase  54.23 
 
 		 212 aa  223  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1911  thymidylate kinase  56.85 
 
 		 212 aa  221  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000250893  hitchhiker  0.00000571338 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1354  thymidylate kinase  53.73 
 
 		 212 aa  221  9e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1613  thymidylate kinase  55.78 
 
 		 213 aa  215  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000848369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1477  thymidylate kinase  52.83 
 
 		 213 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000124035  hitchhiker  0.000000000959374 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2029  thymidylate kinase  54.73 
 
 		 213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000357383  hitchhiker  0.00000127305 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01094  thymidylate kinase  54.73 
 
 		 213 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00390554  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2549  dTMP kinase  54.73 
 
 		 213 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000242114  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1220  thymidylate kinase  54.73 
 
 		 213 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000082141  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1219  thymidylate kinase  54.73 
 
 		 213 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000291901  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2226  thymidylate kinase  54.73 
 
 		 213 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000221684  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2503  thymidylate kinase  54.73 
 
 		 213 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00403809  unclonable  0.0000000113108 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01102  hypothetical protein  54.73 
 
 		 213 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00374424  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1276  thymidylate kinase  53.27 
 
 		 213 aa  207  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.823229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2169  thymidylate kinase  53.27 
 
 		 213 aa  207  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000154462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1314  thymidylate kinase  53.27 
 
 		 213 aa  207  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000054513 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1986  thymidylate kinase  53.27 
 
 		 213 aa  207  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000464686  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1299  thymidylate kinase  53.27 
 
 		 213 aa  207  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160764  hitchhiker  0.0000000000000573213 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0431  thymidylate kinase  47.6 
 
 		 212 aa  189  2e-47  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.19831  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1634  thymidylate kinase  46.63 
 
 		 208 aa  172  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.60217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1829  dTMP kinase  46.97 
 
 		 218 aa  167  8e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0608  thymidylate kinase  43.35 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00959948  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1577  thymidylate kinase  43.35 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0174932  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1983  thymidylate kinase  45.19 
 
 		 210 aa  159  3e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1253  thymidylate kinase  45.69 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1495  thymidylate kinase  45.69 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3795  thymidylate kinase  46.7 
 
 		 210 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.398765  normal  0.441646 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1387  thymidylate kinase  43.72 
 
 		 205 aa  154  8e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0198768  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1416  thymidylate kinase  45.13 
 
 		 217 aa  152  5e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1633  thymidylate kinase  45.96 
 
 		 210 aa  149  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25740  thymidylate kinase  44.85 
 
 		 210 aa  148  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.602436 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0059  dTMP kinase  41.21 
 
 		 207 aa  148  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.804352  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2199  thymidylate kinase  44.85 
 
 		 210 aa  147  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1939  thymidylate kinase  38.79 
 
 		 206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622457  normal  0.256999 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1530  thymidylate kinase  45.64 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1862  dTMP kinase  41.92 
 
 		 214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0221751  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2263  thymidylate kinase  39.8 
 
 		 206 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0386042  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14970  thymidylate kinase  42.93 
 
 		 211 aa  145  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3827  thymidylate kinase  44.16 
 
 		 210 aa  145  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.058171  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1652  thymidylate kinase  44.33 
 
 		 210 aa  145  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.401857  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1606  thymidylate kinase  42.79 
 
 		 212 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0524778  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1543  thymidylate kinase  41.58 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145095  normal  0.0739271 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2501  thymidylate kinase  41.51 
 
 		 205 aa  143  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2197  thymidylate kinase  41.63 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.677728 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4152  thymidylate kinase  43.65 
 
 		 210 aa  142  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.898638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1660  thymidylate kinase  42.05 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0638751  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1564  thymidylate kinase  43.41 
 
 		 225 aa  142  5e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.446858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0696  dTMP kinase  38.14 
 
 		 197 aa  141  6e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0279  thymidylate kinase  39.02 
 
 		 213 aa  141  9e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20380  dTMP kinase  42 
 
 		 207 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2461  thymidylate kinase  43.33 
 
 		 202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1434  thymidylate kinase  40.48 
 
 		 203 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1043  thymidylate kinase  38.68 
 
 		 206 aa  139  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625825  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1996  thymidylate kinase  42.23 
 
 		 208 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1962  thymidylate kinase  40.57 
 
 		 211 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0101939  normal  0.909912 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0877  dTMP kinase  42.58 
 
 		 221 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2267  dTMP kinase  40 
 
 		 212 aa  138  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.799684  normal  0.27429 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0240  thymidylate kinase  37.56 
 
 		 224 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.644878  normal  0.218016 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2281  thymidylate kinase  37.31 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617741  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1916  thymidylate kinase  37.31 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1784  thymidylate kinase  38.5 
 
 		 205 aa  137  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378428  normal  0.509643 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1425  thymidylate kinase  37.31 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.248175  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1189  thymidylate kinase  37.31 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2443  thymidylate kinase  37.31 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3388  thymidylate kinase  37.31 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.830309  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2320  thymidylate kinase  37.31 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1828  thymidylate kinase  41.03 
 
 		 200 aa  136  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179808  normal  0.0308742 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0156  thymidylate kinase  38.16 
 
 		 206 aa  135  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>