More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2185 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  52.44 
 
 
937 aa  1043    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  53.64 
 
 
928 aa  1057    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
923 aa  887    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  52.17 
 
 
937 aa  1033    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  46.98 
 
 
932 aa  900    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  54.19 
 
 
912 aa  1068    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  53.41 
 
 
937 aa  1033    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  53.19 
 
 
937 aa  1004    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  46.55 
 
 
931 aa  867    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  44.93 
 
 
934 aa  839    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  54.08 
 
 
928 aa  1065    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  100 
 
 
941 aa  1927    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  54.08 
 
 
928 aa  1063    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  48.9 
 
 
932 aa  933    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  53.3 
 
 
937 aa  1048    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  50.43 
 
 
930 aa  983    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 
955 aa  546  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  22.38 
 
 
935 aa  201  7.999999999999999e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  29.03 
 
 
482 aa  192  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  28.82 
 
 
482 aa  191  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  29.27 
 
 
489 aa  191  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  29.2 
 
 
483 aa  189  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.92 
 
 
761 aa  180  9e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  29.61 
 
 
507 aa  178  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  50.28 
 
 
1502 aa  178  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.15 
 
 
1508 aa  177  8e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  49.15 
 
 
1508 aa  177  8e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  49.15 
 
 
1508 aa  177  9e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  29.64 
 
 
488 aa  177  9e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  49.15 
 
 
1508 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  28.54 
 
 
507 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.76 
 
 
484 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.02 
 
 
1504 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.59 
 
 
1511 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.02 
 
 
1504 aa  174  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.02 
 
 
1505 aa  174  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.15 
 
 
1486 aa  174  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  48.02 
 
 
1515 aa  173  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.3 
 
 
947 aa  174  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  48.85 
 
 
702 aa  171  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  25.16 
 
 
775 aa  167  6.9999999999999995e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 
571 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.93 
 
 
768 aa  167  8e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.71 
 
 
294 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.02 
 
 
685 aa  166  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  46.33 
 
 
882 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  46.19 
 
 
685 aa  165  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.51 
 
 
738 aa  165  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  43.06 
 
 
687 aa  165  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  45.76 
 
 
1494 aa  164  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  46.19 
 
 
685 aa  164  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  48.3 
 
 
799 aa  164  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.87 
 
 
693 aa  163  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.48 
 
 
693 aa  162  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.68 
 
 
556 aa  162  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.54 
 
 
648 aa  162  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.02 
 
 
821 aa  162  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  49.69 
 
 
1075 aa  162  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.89 
 
 
757 aa  162  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  34.08 
 
 
523 aa  160  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  48.19 
 
 
572 aa  160  9e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  47.95 
 
 
284 aa  160  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.43 
 
 
292 aa  159  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.46 
 
 
689 aa  159  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.89 
 
 
718 aa  159  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.24 
 
 
971 aa  158  5.0000000000000005e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.61 
 
 
705 aa  158  5.0000000000000005e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2716  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.4 
 
 
629 aa  157  6e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.75 
 
 
729 aa  157  6e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  41.83 
 
 
701 aa  157  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0502  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.29 
 
 
705 aa  157  7e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  45.2 
 
 
921 aa  157  8e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0337  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.41 
 
 
490 aa  157  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.622356  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.51 
 
 
1063 aa  157  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  24.08 
 
 
458 aa  156  1e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.98 
 
 
1070 aa  156  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0329  hypothetical protein  47.67 
 
 
740 aa  156  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.71 
 
 
1094 aa  156  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.71 
 
 
494 aa  156  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 
659 aa  156  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.02 
 
 
844 aa  155  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.07 
 
 
1093 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.37 
 
 
714 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.43 
 
 
890 aa  155  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.13 
 
 
1109 aa  155  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 
458 aa  154  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
565 aa  155  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.37 
 
 
736 aa  154  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  42.53 
 
 
432 aa  154  5e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  48.45 
 
 
636 aa  154  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  50 
 
 
449 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  24.3 
 
 
714 aa  154  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0352  hypothetical protein  47.67 
 
 
507 aa  154  7e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.79 
 
 
582 aa  154  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.54 
 
 
324 aa  154  8e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.83 
 
 
461 aa  154  8e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.86 
 
 
745 aa  154  8.999999999999999e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0987  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.06 
 
 
739 aa  154  8.999999999999999e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000757549  decreased coverage  0.00276789 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.55 
 
 
1020 aa  154  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0466  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.86 
 
 
696 aa  153  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>