More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2118 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2118  short chain dehydrogenase  100 
 
 
280 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000143066  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1758  short chain dehydrogenase  85.5 
 
 
270 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.259984  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2071  short chain dehydrogenase  81.18 
 
 
273 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00111484  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2274  short chain dehydrogenase  81.55 
 
 
273 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000319086  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2075  short chain dehydrogenase  81.55 
 
 
273 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000264648  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2391  short chain dehydrogenase  80.81 
 
 
273 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00010416  unclonable  0.0000108368 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2037  short chain dehydrogenase  79.7 
 
 
273 aa  433  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0153445  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  75.28 
 
 
268 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2397  short chain dehydrogenase  78.57 
 
 
275 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2049  short chain dehydrogenase  77.82 
 
 
275 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0464745  hitchhiker  0.000360099 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  77.82 
 
 
275 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  74.06 
 
 
271 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1929  short chain dehydrogenase  78.38 
 
 
265 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000156385  unclonable  0.0000000000437203 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1741  short chain dehydrogenase  70.9 
 
 
272 aa  376  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00532384  hitchhiker  0.00268823 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  61.42 
 
 
273 aa  314  9.999999999999999e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.98 
 
 
275 aa  279  5e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
268 aa  270  2e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
268 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3281  short chain dehydrogenase  50.4 
 
 
266 aa  248  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1203  short chain dehydrogenase  51.15 
 
 
271 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354436  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1566  short chain dehydrogenase  49 
 
 
267 aa  246  3e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  50.6 
 
 
277 aa  236  4e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1031  short chain dehydrogenase  52.23 
 
 
263 aa  229  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0687458 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3071  short chain dehydrogenase  47.2 
 
 
264 aa  217  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1336  short chain dehydrogenase  48 
 
 
263 aa  210  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341301  normal  0.0949084 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5509  putative 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)  52.22 
 
 
191 aa  188  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
264 aa  178  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57591  predicted protein  42.8 
 
 
288 aa  176  3e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
259 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 
254 aa  169  5e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  40 
 
 
289 aa  168  8e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45705  predicted protein  39.29 
 
 
292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07770  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G07470)  35.94 
 
 
315 aa  165  5.9999999999999996e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0479246 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 
255 aa  159  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11319  peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase  39.64 
 
 
296 aa  159  5e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.184472  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  40.39 
 
 
264 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
269 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
256 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
254 aa  155  7e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
254 aa  155  7e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
254 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
256 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  40.73 
 
 
254 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
254 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
291 aa  152  8e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
293 aa  151  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  35.83 
 
 
294 aa  145  6e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
303 aa  142  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
266 aa  140  3e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  32.46 
 
 
289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
283 aa  137  1e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
294 aa  135  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
306 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
270 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.62 
 
 
257 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
298 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
252 aa  133  3e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
256 aa  132  6.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
285 aa  132  6.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
252 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
282 aa  132  7.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1837  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.34 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
306 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 
255 aa  130  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
243 aa  128  9.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1843  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.01 
 
 
234 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136671  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  34.98 
 
 
253 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  33.07 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0291  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.68 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  34.98 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3149  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
240 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
266 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
254 aa  126  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.57 
 
 
251 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2773  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.27 
 
 
286 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2928  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.27 
 
 
286 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458345  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1148  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.27 
 
 
323 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
256 aa  125  6e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  32.3 
 
 
292 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
308 aa  125  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
304 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
261 aa  124  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.877905  normal  0.0437007 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
288 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
257 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.49 
 
 
285 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
253 aa  124  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>