More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2056 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2056  haloalkane dehalogenase  100 
 
 		 302 aa  626  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3680  haloalkane dehalogenase  76.82 
 
 		 302 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1253  haloalkane dehalogenase  69.44 
 
 		 303 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0763231  normal  0.65305 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1915  haloalkane dehalogenase  63.46 
 
 		 306 aa  419  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2384  haloalkane dehalogenase  63.12 
 
 		 298 aa  396  1e-109  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00566343 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02319  haloalkane dehalogenase  55.37 
 
 		 306 aa  362  4e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2671  haloalkane dehalogenase  56.46 
 
 		 302 aa  339  2.9999999999999998e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.731283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2428  haloalkane dehalogenase  54.05 
 
 		 299 aa  339  4e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3197  haloalkane dehalogenase  53.51 
 
 		 310 aa  331  8e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0300138 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2973  haloalkane dehalogenase  52.51 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12319  haloalkane dehalogenase  52.86 
 
 		 300 aa  318  6e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01260  haloalkane dehalogenase  51.17 
 
 		 303 aa  317  1e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.754797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4949  haloalkane dehalogenase  53.51 
 
 		 304 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00300745  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5330  haloalkane dehalogenase  53.51 
 
 		 304 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5037  haloalkane dehalogenase  53.51 
 
 		 304 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.354901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1907  alpha/beta hydrolase fold protein  42.9 
 
 		 299 aa  241  7.999999999999999e-63  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1777  alpha/beta hydrolase fold  41.59 
 
 		 324 aa  232  6e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0102  alpha/beta hydrolase fold protein  41.86 
 
 		 289 aa  222  7e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.44 
 
 		 461 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4004  haloalkane dehalogenase  58.54 
 
 		 118 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0342025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2620  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40.28 
 
 		 482 aa  136  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2625  alpha/beta hydrolase  34.22 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.981028  normal  0.155389 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  33.01 
 
 		 484 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1849  Alpha/beta hydrolase  31.52 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542461  normal  0.272584 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2286  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  34.08 
 
 		 363 aa  122  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.382351  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6821  alpha/beta hydrolase fold protein  31.64 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4184  alpha/beta hydrolase fold  31.21 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4182  alpha/beta hydrolase fold  31.21 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.250212  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3335  alpha/beta hydrolase fold  31.21 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3998  alpha/beta hydrolase fold protein  44.2 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.901488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3885  alpha/beta hydrolase fold  44.2 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345695  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1366  alpha/beta hydrolase fold  30.13 
 
 		 291 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2009  alpha/beta hydrolase fold  29.63 
 
 		 294 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3104  alpha/beta hydrolase fold  30.41 
 
 		 296 aa  109  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1997  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  35.11 
 
 		 411 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.382734 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03953  haloalkane dehalogenase  30.79 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0885  alpha/beta hydrolase fold  28.43 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1007  haloalkane dehalogenase  28.67 
 
 		 301 aa  105  9e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0490132  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2101  alpha/beta hydrolase fold  28.86 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.933589  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2270  alpha/beta hydrolase fold  28.62 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0168  alpha/beta hydrolase fold  31.14 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2117  alpha/beta hydrolase fold protein  33.64 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0008  haloalkane dehalogenase  27.84 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.717639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3277  alpha/beta hydrolase fold  43.9 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38923  normal  0.207617 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4809  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  30.96 
 
 		 475 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1370  alpha/beta hydrolase fold  28.33 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2620  haloalkane dehalogenase  31.8 
 
 		 330 aa  99.8  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.198111  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1446  alpha/beta hydrolase fold  43.97 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.947535  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1743  alpha/beta fold family hydrolase  39.39 
 
 		 318 aa  97.1  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2547  alpha/beta hydrolase fold  39.39 
 
 		 339 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2614  alpha/beta hydrolase fold  39.39 
 
 		 339 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2714  alpha/beta hydrolase fold  39.39 
 
 		 320 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1998  alpha/beta hydrolase fold  28.62 
 
 		 293 aa  97.4  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.918963  normal  0.449099 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1547  alpha/beta hydrolase fold  39.39 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2009  alpha/beta hydrolase fold  28.62 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1581  alpha/beta hydrolase fold  39.39 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.217247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1551  alpha/beta hydrolase fold  39.39 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2154  alpha/beta fold family hydrolase  42.24 
 
 		 308 aa  96.3  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0592253  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2799  alpha/beta hydrolase fold protein  39.39 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1511  alpha/beta hydrolase fold  31.51 
 
 		 295 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2735  alpha/beta hydrolase fold  33.49 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.211844  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.08 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2638  alpha/beta hydrolase fold protein  28.37 
 
 		 294 aa  93.6  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11862  haloalkane dehalogenase  27.72 
 
 		 286 aa  94  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.608613 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2282  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  44.26 
 
 		 361 aa  94  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.134141  normal  0.095707 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3158  alpha/beta hydrolase fold  27.76 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0552  alpha/beta hydrolase fold protein  28.47 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1552  alpha/beta hydrolase fold protein  38.93 
 
 		 329 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.116512  hitchhiker  0.00140159 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1714  alpha/beta hydrolase fold  39.66 
 
 		 290 aa  90.5  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2664  alpha/beta hydrolase fold protein  44.44 
 
 		 321 aa  89.7  5e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0108  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  30.07 
 
 		 639 aa  89.4  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3187  Alpha/beta hydrolase fold  28.16 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.162983 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0665  alpha/beta hydrolase fold  39.86 
 
 		 405 aa  87.4  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.910637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0257  alpha/beta hydrolase fold protein  28.48 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6469  haloalkane dehalogenase  27.5 
 
 		 287 aa  87  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.805806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1077  alpha/beta hydrolase fold protein  41.74 
 
 		 290 aa  87  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0749091  normal  0.76361 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2878  alpha/beta hydrolase fold  38.24 
 
 		 323 aa  86.7  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1183  alpha/beta fold family hydrolase  28.32 
 
 		 310 aa  85.5  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2111  Haloalkane dehalogenase  26.3 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2155  alpha/beta hydrolase fold protein  26.3 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0955  alpha/beta hydrolase fold  37.82 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1611  haloalkane dehalogenase  28.62 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1520  alpha/beta hydrolase fold  39.82 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2495  hydrolase, alpha/beta fold family  27.69 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.263259  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1310  haloalkane dehalogenase  29.24 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000017212  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4681  alpha/beta hydrolase fold  37.4 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1370  haloalkane dehalogenase  29.24 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  6.59212e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6705  alpha/beta hydrolase fold protein  35.56 
 
 		 335 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0521  alpha/beta hydrolase fold  38.69 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0547  twin-arginine translocation pathway signal  34.25 
 
 		 356 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0178  alpha/beta hydrolase  27.08 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4848  alpha/beta hydrolase fold  39.02 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3409  putative alpha/beta hydrolase  38.1 
 
 		 409 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.620958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7423  alpha/beta hydrolase fold protein  26.96 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.524184 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2796  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.15 
 
 		 369 aa  79.3  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.15337  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3143  alpha/beta hydrolase fold  25.99 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.03403  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0439  alpha/beta hydrolase fold protein  39.47 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.580414  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0901  haloalkane dehalogenase  27.27 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00817656 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3930  alpha/beta hydrolase fold protein  37.39 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0956  alpha/beta hydrolase fold  27.8 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>