More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1983 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 306 aa  632  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  83.99 
 
 		 306 aa  544  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  83.99 
 
 		 306 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  83.33 
 
 		 306 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  82.68 
 
 		 306 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  82.35 
 
 		 306 aa  533  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  76.82 
 
 		 312 aa  490  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  74.51 
 
 		 315 aa  483  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  75.16 
 
 		 311 aa  483  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 315 aa  345  6e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  52.32 
 
 		 378 aa  342  5e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  53.82 
 
 		 302 aa  340  2e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0405  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 324 aa  328  9e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00196923  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 323 aa  179  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 323 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 327 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.5 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  33.87 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 323 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 323 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  34.71 
 
 		 326 aa  166  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 323 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 319 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 319 aa  159  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  32.91 
 
 		 327 aa  156  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  32.25 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  31.37 
 
 		 323 aa  152  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 310 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 313 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  29.8 
 
 		 309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  30.79 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  31.77 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  27.09 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 310 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 342 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 323 aa  122  9e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 323 aa  122  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  25.9 
 
 		 310 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  26.38 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  29.41 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  27.51 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 355 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 355 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 355 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 355 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 355 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  27.42 
 
 		 314 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.33 
 
 		 309 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 311 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 314 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  25.66 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  27.81 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  26.38 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>