More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1976 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1976  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  100 
 
 
438 aa  911    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03806  sigma-54 dependent transcriptional regulator  57.31 
 
 
440 aa  520  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1875  sigma-54 dependent transcriptional regulator  53.58 
 
 
434 aa  499  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.4 
 
 
439 aa  402  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339367  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0070  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.45 
 
 
434 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.000000158676 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0051  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.39 
 
 
430 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000634616 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0067  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.39 
 
 
430 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0111  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.14 
 
 
439 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0870  putative PAS/PAC sensor protein  44.95 
 
 
469 aa  383  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.252306 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0682  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.23 
 
 
441 aa  382  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0067  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.21 
 
 
430 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.485042  hitchhiker  0.00677229 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2020  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.02 
 
 
466 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.29433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0077  helix-turn-helix, Fis-type  43.45 
 
 
439 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0676  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.19 
 
 
456 aa  378  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0682  helix-turn-helix, Fis-type  44.03 
 
 
454 aa  370  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3590  helix-turn-helix, Fis-type  42.92 
 
 
436 aa  368  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.82 
 
 
436 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5349  transcriptional regulator  42.79 
 
 
441 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.982253  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2283  sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.99 
 
 
451 aa  363  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.884804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2171  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.89 
 
 
469 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5042  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.61 
 
 
460 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2302  sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.31 
 
 
449 aa  356  5e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2115  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.31 
 
 
467 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6335  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.48 
 
 
460 aa  355  1e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1744  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.48 
 
 
460 aa  355  1e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1668  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.8 
 
 
465 aa  354  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.126097  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1665  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.8 
 
 
465 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1760  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.69 
 
 
460 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0164  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.28 
 
 
450 aa  351  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.342124  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1516  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.57 
 
 
462 aa  351  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3553  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.97 
 
 
441 aa  350  3e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.149056 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0146  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.8 
 
 
459 aa  348  1e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.742059 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0957  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.98 
 
 
451 aa  344  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1072  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.98 
 
 
451 aa  344  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1665  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.79 
 
 
467 aa  343  4e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2820  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.33 
 
 
452 aa  340  2.9999999999999998e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.287176  hitchhiker  0.0000171057 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2227  Fis family transcriptional regulator  36.89 
 
 
430 aa  294  2e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.494043  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2226  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.94 
 
 
439 aa  281  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.676437  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2597  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  38.94 
 
 
439 aa  281  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.72 
 
 
448 aa  265  8.999999999999999e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.29 
 
 
469 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.29 
 
 
469 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.92 
 
 
473 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.18 
 
 
470 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.62 
 
 
473 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.62 
 
 
473 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0495  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.63 
 
 
456 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.85 
 
 
448 aa  259  9e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.29 
 
 
495 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.46 
 
 
442 aa  258  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1407  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.57 
 
 
456 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.65 
 
 
469 aa  257  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1977  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.35 
 
 
447 aa  256  4e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.1 
 
 
467 aa  256  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.27 
 
 
457 aa  255  9e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 
469 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1657  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 
456 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0365007  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0358  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.64 
 
 
446 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  36.4 
 
 
459 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.82 
 
 
454 aa  254  3e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1443  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.19 
 
 
456 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1417  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.57 
 
 
457 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.48 
 
 
470 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2937  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.19 
 
 
457 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40399  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0020  sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.84 
 
 
530 aa  253  5.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.53 
 
 
577 aa  252  7e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.91 
 
 
468 aa  253  7e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 
469 aa  252  9.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2519  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.23 
 
 
517 aa  252  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.431147  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  39.56 
 
 
533 aa  252  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.03 
 
 
544 aa  250  3e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.44 
 
 
495 aa  250  4e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2849  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.25 
 
 
469 aa  250  4e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0054  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.26 
 
 
525 aa  249  5e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1319  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.32 
 
 
457 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1080  Sigma 54 interacting domain protein  44.87 
 
 
512 aa  248  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.171864  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.48 
 
 
457 aa  248  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  40.37 
 
 
576 aa  248  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.88 
 
 
460 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1776  putative PAS/PAC sensor protein  41.85 
 
 
698 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.8 
 
 
668 aa  249  1e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2340  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.4 
 
 
476 aa  249  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  41.35 
 
 
698 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  39.81 
 
 
537 aa  248  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.74 
 
 
668 aa  248  2e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2674  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.75 
 
 
469 aa  248  2e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2825  Fis family transcriptional regulator  34.19 
 
 
589 aa  247  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.208492  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5051  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.89 
 
 
460 aa  247  3e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.610108  normal  0.479337 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1778  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.44 
 
 
466 aa  247  3e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.557659  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1886  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.76 
 
 
461 aa  246  4e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2742  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.62 
 
 
469 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2070  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.13 
 
 
459 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.49 
 
 
463 aa  246  6e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  39.81 
 
 
539 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.85 
 
 
517 aa  246  8e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.44 
 
 
461 aa  246  8e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2692  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.31 
 
 
532 aa  245  9e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.152723  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1613  Sigma 54 interacting domain protein  40.49 
 
 
532 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1278  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.37 
 
 
452 aa  245  9.999999999999999e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.902353  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  39.74 
 
 
696 aa  245  9.999999999999999e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>