More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1939 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0567  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.8 
 
 
633 aa  647    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4053  methyl-accepting chemotaxis protein  57.14 
 
 
634 aa  694    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  57.61 
 
 
634 aa  702    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0563  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.49 
 
 
633 aa  642    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0619  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  56.67 
 
 
634 aa  699    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0539  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.8 
 
 
633 aa  646    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
638 aa  1295    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3773  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.88 
 
 
633 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.38 
 
 
637 aa  521  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0949  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.3 
 
 
636 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0451727 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.28 
 
 
637 aa  489  1e-137  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1479  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.76 
 
 
640 aa  326  1e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0522747  normal  0.0374393 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4715  chemotaxis sensory transducer  46.76 
 
 
713 aa  302  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233277  normal  0.171171 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61300  putative chemotaxis transducer  46.05 
 
 
712 aa  297  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.862971 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0851  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.3 
 
 
674 aa  295  2e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.244273  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5279  putative chemotaxis transducer  45.76 
 
 
712 aa  295  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0493383  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3669  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.32 
 
 
716 aa  293  6e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170337  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1937  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.43 
 
 
541 aa  291  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.158854  normal  0.960341 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2316  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.44 
 
 
548 aa  290  5.0000000000000004e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0208981 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4463  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.62 
 
 
552 aa  288  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.43301 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0443  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.39 
 
 
541 aa  288  2.9999999999999996e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.68 
 
 
564 aa  286  7e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1030  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.51 
 
 
653 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3139  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.58 
 
 
640 aa  281  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.753261  normal  0.0120166 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0085  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.29 
 
 
638 aa  278  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0647334  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3379  methyl-accepting chemotaxis protein  43.01 
 
 
559 aa  277  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003896  methyl-accepting chemotaxis protein  45.24 
 
 
545 aa  274  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000288698  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1674  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.61 
 
 
543 aa  271  4e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2461  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.9 
 
 
626 aa  270  7e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.670502  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4404  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.12 
 
 
638 aa  269  1e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0156105 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0732  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.98 
 
 
555 aa  269  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.177926 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0080  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.71 
 
 
636 aa  265  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3256  methyl-accepting chemotaxis protein  43.66 
 
 
558 aa  263  6e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0549  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.75 
 
 
640 aa  263  6e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.43692  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0712  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.68 
 
 
624 aa  263  6.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0099  chemotaxis sensory transducer  42.42 
 
 
639 aa  263  8e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1701  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.77 
 
 
650 aa  262  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.076135 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2177  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.24 
 
 
619 aa  262  1e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0042391  normal  0.0195698 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.12 
 
 
540 aa  261  2e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0905  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  43.06 
 
 
640 aa  261  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.746842  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0219  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.67 
 
 
773 aa  261  4e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.952357  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2616  methyl-accepting chemotaxis protein  43.58 
 
 
633 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00438795  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4795  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.24 
 
 
638 aa  260  6e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.884167  hitchhiker  0.000462611 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3770  chemotaxis sensory transducer  41.18 
 
 
715 aa  259  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4192  chemotaxis sensory transducer  43.38 
 
 
654 aa  259  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1425  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.06 
 
 
438 aa  258  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67010  putative chemotaxis transducer  42.77 
 
 
647 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3098  methyl-accepting chemotaxis protein  42.33 
 
 
642 aa  258  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.398555  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3864  methyl-accepting chemotaxis protein  43.39 
 
 
568 aa  257  4e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4196  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.72 
 
 
552 aa  257  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.14959  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2650  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.66 
 
 
568 aa  257  5e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3557  methyl-accepting chemotaxis transducer  40.42 
 
 
714 aa  257  6e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.386044  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2356  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  43.63 
 
 
619 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0809243  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1426  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.8 
 
 
634 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2966  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.33 
 
 
642 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.249585  normal  0.113943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1998  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.83 
 
 
714 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0164438 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01753  hypothetical protein  42.69 
 
 
545 aa  254  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2217  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.19 
 
 
714 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3979  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.18 
 
 
552 aa  254  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0633  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.18 
 
 
552 aa  254  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2548  putative chemotaxis transducer  46.22 
 
 
561 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.271227  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2511  methyl-accepting chemotaxis protein  43.14 
 
 
653 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295069  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2315  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  41.81 
 
 
653 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.967368  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3768  chemotaxis sensory transducer  44.78 
 
 
560 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2492  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.01 
 
 
572 aa  253  6e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4894  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.31 
 
 
638 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.291281  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5070  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.31 
 
 
638 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5020  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.31 
 
 
638 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29800  putative chemotaxis transducer  46.22 
 
 
561 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00431462  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1029  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.77 
 
 
411 aa  252  1e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3351  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  43.63 
 
 
570 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540062  normal  0.0241334 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2174  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.81 
 
 
544 aa  252  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00506259 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2814  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.53 
 
 
702 aa  252  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.650804  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0380  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  43.75 
 
 
638 aa  252  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3827  methyl-accepting chemotaxis transducer  41.67 
 
 
695 aa  251  3e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000221184 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0470  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.92 
 
 
668 aa  251  3e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0339  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.79 
 
 
558 aa  251  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001273  methyl-accepting chemotaxis protein  45.48 
 
 
638 aa  251  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0466  methyl-accepting chemotaxis protein  41.78 
 
 
541 aa  251  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1059  methyl-accepting chemotaxis protein  42.21 
 
 
629 aa  251  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0580  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.16 
 
 
679 aa  251  4e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05150  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  44.32 
 
 
650 aa  249  8e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.67 
 
 
554 aa  249  9e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1940  methyl-accepting chemotaxis transducer  38.77 
 
 
716 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.00000108039 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4895  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.91 
 
 
739 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247309  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05646  histidine kinase  41.37 
 
 
482 aa  249  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3311  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.96 
 
 
547 aa  248  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.691655  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5021  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.19 
 
 
647 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0828859  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3580  methyl-accepting chemotaxis protein  43.63 
 
 
546 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3680  methyl-accepting chemotaxis protein  43.27 
 
 
676 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1798  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  43.11 
 
 
681 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.381267 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2000  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.7 
 
 
560 aa  249  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0144557  normal  0.0324669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2365  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.14 
 
 
714 aa  248  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.58 
 
 
688 aa  248  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3532  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.58 
 
 
555 aa  248  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0081  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.75 
 
 
544 aa  247  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48030  putative methyl-accepting chemotaxis transducer  42.35 
 
 
541 aa  247  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.478475 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1983  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.37 
 
 
548 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000213036  normal  0.437149 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2154  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.25 
 
 
627 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0789614  normal  0.507372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4141  chemotaxis transducer  42.9 
 
 
541 aa  246  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>