More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1930 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 395 aa  793    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  72.36 
 
 		 402 aa  591  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  67.85 
 
 		 396 aa  565  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  65.15 
 
 		 397 aa  547  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  66.16 
 
 		 397 aa  544  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  60.2 
 
 		 395 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  54.23 
 
 		 410 aa  449  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  40.92 
 
 		 398 aa  295  1e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  41.07 
 
 		 407 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  40.95 
 
 		 399 aa  279  8e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  41.83 
 
 		 408 aa  276  4e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  39.5 
 
 		 419 aa  273  3e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  39.47 
 
 		 410 aa  266  4e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  40.44 
 
 		 405 aa  259  7e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  38.54 
 
 		 387 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  40.17 
 
 		 405 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  40.17 
 
 		 405 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  41.18 
 
 		 375 aa  251  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  40.66 
 
 		 403 aa  251  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  41.81 
 
 		 405 aa  252  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  40.45 
 
 		 404 aa  250  4e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  41.47 
 
 		 403 aa  246  4e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  38.96 
 
 		 379 aa  246  6.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  41.18 
 
 		 403 aa  244  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.18 
 
 		 403 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  41.18 
 
 		 403 aa  242  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  36.84 
 
 		 385 aa  237  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  36.09 
 
 		 385 aa  231  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  33.69 
 
 		 410 aa  226  4e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  30.31 
 
 		 393 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  32.17 
 
 		 423 aa  193  5e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  35.94 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 		 422 aa  188  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  29.77 
 
 		 426 aa  173  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.34 
 
 		 410 aa  157  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 454 aa  155  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.3 
 
 		 393 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  29.4 
 
 		 406 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  31.93 
 
 		 388 aa  137  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  28.21 
 
 		 395 aa  131  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 412 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  31.66 
 
 		 413 aa  126  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.37 
 
 		 448 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  22.72 
 
 		 398 aa  111  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  23.46 
 
 		 443 aa  105  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  24.59 
 
 		 372 aa  101  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  25.75 
 
 		 442 aa  99.8  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  24.89 
 
 		 443 aa  98.6  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  25.58 
 
 		 439 aa  98.2  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  24.28 
 
 		 439 aa  98.2  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.64 
 
 		 440 aa  95.5  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  31.98 
 
 		 359 aa  94.7  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.74 
 
 		 370 aa  92.8  9e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 392 aa  90.9  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  27.73 
 
 		 374 aa  90.5  5e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  26.2 
 
 		 372 aa  89  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  28.13 
 
 		 392 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  25.92 
 
 		 392 aa  80.1  0.00000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  24.93 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.02 
 
 		 433 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  22.81 
 
 		 402 aa  79  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  24.92 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  25.66 
 
 		 389 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  24.66 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  24.66 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  23.27 
 
 		 426 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  24.03 
 
 		 415 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  24.66 
 
 		 415 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  24.03 
 
 		 415 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.66 
 
 		 380 aa  77  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 396 aa  76.6  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 422 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  22.48 
 
 		 449 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 		 376 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  25.08 
 
 		 411 aa  75.9  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  23.02 
 
 		 426 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 416 aa  75.1  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 406 aa  75.1  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 385 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3493  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 396 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  25.38 
 
 		 410 aa  74.7  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  24.67 
 
 		 487 aa  74.7  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  23.76 
 
 		 415 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0689  secretion protein HlyD  26.82 
 
 		 411 aa  73.9  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  29.09 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  25.35 
 
 		 371 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 391 aa  73.6  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.21 
 
 		 362 aa  73.2  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  23.5 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.48 
 
 		 394 aa  73.2  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.96 
 
 		 383 aa  73.2  0.000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 427 aa  72.4  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  25.51 
 
 		 456 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  22.49 
 
 		 435 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  24 
 
 		 400 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  27.45 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4636  secretion protein HlyD  24.52 
 
 		 403 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>