More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1844 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1844  response regulator receiver protein  100 
 
 
180 aa  368  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0730516  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0553  two component Fis family transcriptional regulator  75.56 
 
 
179 aa  270  6e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4069  two component Fis family transcriptional regulator  72.88 
 
 
200 aa  261  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0464  two component transcriptional regulator, Fis family  72.07 
 
 
183 aa  261  4e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0438  two component Fis family transcriptional regulator  72.07 
 
 
183 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3876  two component Fis family transcriptional regulator  72.07 
 
 
183 aa  260  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0454  two component Fis family transcriptional regulator  72.07 
 
 
183 aa  260  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0590  two component Fis family transcriptional regulator  72.53 
 
 
188 aa  259  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3529  response regulator receiver protein  72.47 
 
 
183 aa  259  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3707  response regulator receiver protein  72.47 
 
 
183 aa  259  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0426  response regulator receiver protein  72.47 
 
 
183 aa  258  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4172  DNA-binding response regulator  73.6 
 
 
183 aa  256  9e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0521  two component Fis family transcriptional regulator  73.03 
 
 
183 aa  256  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0602  response regulator receiver  70.95 
 
 
183 aa  256  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3342  two component Fis family transcriptional regulator  66.67 
 
 
178 aa  237  5.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.180558 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3186  response regulator receiver protein  61.8 
 
 
178 aa  231  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4819  DNA-binding response regulator  58.29 
 
 
186 aa  205  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.982858  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2690  two component Fis family transcriptional regulator  52.6 
 
 
179 aa  175  4e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0068  two component Fis family transcriptional regulator  49.42 
 
 
180 aa  171  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207076  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1641  response regulator receiver protein  45.09 
 
 
183 aa  170  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.772734  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0341  two component transcriptional regulator, Fis family  48.26 
 
 
180 aa  167  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4382  two component Fis family transcriptional regulator  48.26 
 
 
180 aa  167  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6444  two component Fis family transcriptional regulator  49.14 
 
 
180 aa  159  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.307921  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3388  two component transcriptional regulator, Fis family  46.49 
 
 
192 aa  159  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3711  two component transcriptional regulator, Fis family  46.49 
 
 
192 aa  159  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3110  two component Fis family transcriptional regulator  49.14 
 
 
180 aa  158  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.195644 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2479  response regulator receiver protein  49.14 
 
 
180 aa  158  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000248912  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3093  response regulator receiver protein  49.14 
 
 
180 aa  158  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0804017  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1419  two component Fis family transcriptional regulator  45.2 
 
 
178 aa  158  5e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104403  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3089  two component Fis family transcriptional regulator  47.13 
 
 
180 aa  157  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1585  helix-turn-helix, Fis-type  46.33 
 
 
177 aa  157  9e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0640788  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3140  response regulator receiver protein  48.3 
 
 
180 aa  157  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3002  two component Fis family transcriptional regulator  48.3 
 
 
180 aa  157  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.593842 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0040  response regulator transcription regulator protein  45.95 
 
 
192 aa  156  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0007  two component Fis family transcriptional regulator  48.55 
 
 
187 aa  156  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4553  DNA-binding response regulator  45.61 
 
 
187 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.023221  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4230  helix-turn-helix, Fis-type  45.61 
 
 
187 aa  155  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547094  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0189  Fis family DNA-binding response regulator  46.24 
 
 
180 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2914  Fis family DNA-binding response regulator  46.24 
 
 
180 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.600454  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3252  response regulator  46.24 
 
 
180 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10506  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0384  response regulator protein  46.24 
 
 
180 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.396029  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0199  Fis family DNA-binding response regulator  46.24 
 
 
180 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2175  Fis family DNA-binding response regulator  46.24 
 
 
180 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3434  Fis family DNA-binding response regulator  46.24 
 
 
180 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.810628  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0163  response regulator  47.73 
 
 
180 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0666  two component transcriptional regulator, Fis family  45.66 
 
 
180 aa  154  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1522  two component transcriptional regulator, Fis family  48.04 
 
 
189 aa  153  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2880  response regulator receiver protein  48.9 
 
 
178 aa  152  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00796825  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2976  DNA binding response regulator  44.25 
 
 
184 aa  150  7e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2736  two component transcriptional regulator, Fis family  42.53 
 
 
191 aa  150  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.564364  hitchhiker  0.00000000117794 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3137  DNA-binding response regulator  43.27 
 
 
171 aa  149  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0521248  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0888  two component transcriptional regulator, Fis family  45.61 
 
 
186 aa  147  8e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414248  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0927  two component Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 
187 aa  147  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0931  two component Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 
187 aa  147  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0135  response regulator receiver domain-containing protein  41.85 
 
 
187 aa  146  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0404616 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00797  two-component system regulatory protein  44.89 
 
 
178 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0209554  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4290  two component Fis family transcriptional regulator  45.03 
 
 
187 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.566048  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0018  two component Fis family transcriptional regulator  45.29 
 
 
208 aa  145  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.594546  normal  0.0172011 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5107  putative two-component response regulator  46.78 
 
 
186 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58300  putative two-component response regulator  46.78 
 
 
186 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2064  two component Fis family transcriptional regulator  44.32 
 
 
192 aa  144  8.000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2149  response regulator receiver protein  44.32 
 
 
192 aa  144  8.000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0520959  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0821  two component Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 
186 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0360  response regulator receiver domain-containing protein  42.77 
 
 
195 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0692819  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0848  two component Fis family transcriptional regulator  45.14 
 
 
186 aa  143  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0172  helix-turn-helix, Fis-type  42.39 
 
 
206 aa  142  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00427429  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2202  response regulator receiver domain-containing protein  42.44 
 
 
183 aa  142  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0231  response regulator receiver domain-containing protein  41.18 
 
 
184 aa  142  3e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0063  two component response regulator  41.18 
 
 
191 aa  141  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7660  two-component transcriptional regulator RegR  40.59 
 
 
224 aa  141  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0059  two component Fis family transcriptional regulator  41.18 
 
 
184 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4890  two component Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
198 aa  141  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993283  decreased coverage  0.000990624 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0111  helix-turn-helix, Fis-type  41.76 
 
 
184 aa  141  6e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0286945 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1834  response regulator receiver protein  42.69 
 
 
199 aa  141  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.743005  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0571  two component transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 
200 aa  140  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12560  Response regulator RegA/PrrA/ActR type  44.57 
 
 
186 aa  140  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.555573  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4317  response regulator receiver protein  41.76 
 
 
192 aa  140  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275462  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0596  response regulator receiver  42.94 
 
 
209 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.186654  normal  0.0367411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0607  response regulator receiver protein  42.94 
 
 
200 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.307658  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3989  two component transcriptional regulator, Fis family  41.18 
 
 
192 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0131  response regulator receiver  40.59 
 
 
184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0306  two component Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 
184 aa  139  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327963  normal  0.0618542 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1502  response regulator receiver protein  45.45 
 
 
177 aa  139  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233016  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3430  photosynthetic apparatus regulatory protein RegA  42.35 
 
 
184 aa  139  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0574  two component transcriptional regulator, Fis family  41.76 
 
 
184 aa  138  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64403  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3370  response regulator receiver protein  44.25 
 
 
175 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3273  two component Fis family transcriptional regulator  42.35 
 
 
194 aa  138  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4363  two component Fis family transcriptional regulator  42.11 
 
 
199 aa  138  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1826  response regulator receiver domain-containing protein  48.55 
 
 
179 aa  137  6e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00235342  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2838  response regulator receiver protein  43.02 
 
 
184 aa  137  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1607  two component Fis family transcriptional regulator  43.35 
 
 
185 aa  135  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.016434  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2255  two component transcriptional regulator, Fis family  43.35 
 
 
185 aa  135  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0449716  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2343  two component transcriptional regulator, Fis family  43.35 
 
 
185 aa  135  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.888574  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4041  response regulator receiver protein  41.18 
 
 
188 aa  135  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.631958  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1518  PrrA (RegA), response regulator involved in oxygen regulation of photosynthesis genes  40 
 
 
184 aa  134  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385601  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0170  two component Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
184 aa  134  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.485216  normal  0.727058 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2205  two component Fis family transcriptional regulator  43.86 
 
 
182 aa  134  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2959  two component Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
184 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0531334 
 
 
-
 
NC_004310  BR0137  DNA-binding response regulator  40 
 
 
187 aa  134  8e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0131  DNA-binding response regulator  40 
 
 
187 aa  134  8e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00417692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>