198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1835 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  71.43 
 
 
414 aa  640    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  85.19 
 
 
419 aa  720    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  82.89 
 
 
415 aa  735    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  100 
 
 
415 aa  866    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  83.98 
 
 
414 aa  728    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  65.14 
 
 
408 aa  546  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  51.52 
 
 
438 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  54.48 
 
 
426 aa  441  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  49.77 
 
 
426 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  51.83 
 
 
426 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  52.37 
 
 
426 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  52.99 
 
 
424 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  51.99 
 
 
428 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  50.12 
 
 
426 aa  385  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  39.74 
 
 
385 aa  269  5.9999999999999995e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
394 aa  194  3e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31 
 
 
403 aa  175  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.56 
 
 
410 aa  172  9e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.14 
 
 
420 aa  168  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.45 
 
 
397 aa  97.1  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
389 aa  94  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 
389 aa  89.7  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  26.76 
 
 
443 aa  80.5  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  23.29 
 
 
402 aa  80.1  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  22.44 
 
 
391 aa  75.5  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  25 
 
 
444 aa  75.1  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  21.71 
 
 
393 aa  72.4  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  22.05 
 
 
404 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 
398 aa  70.1  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
382 aa  69.7  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  23.45 
 
 
437 aa  68.9  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  22.95 
 
 
397 aa  68.9  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  23.65 
 
 
441 aa  67.8  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  23.08 
 
 
442 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  23.65 
 
 
441 aa  68.2  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  22.05 
 
 
397 aa  66.2  0.0000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.77 
 
 
379 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 
379 aa  60.8  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4482  extracellular ligand-binding receptor  22.09 
 
 
371 aa  60.5  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  22.6 
 
 
438 aa  59.7  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.75 
 
 
380 aa  59.7  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
382 aa  59.7  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 
377 aa  58.5  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.76 
 
 
441 aa  58.2  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  20.65 
 
 
379 aa  57.8  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 
381 aa  57.4  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 
403 aa  57  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.65 
 
 
445 aa  57  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
379 aa  56.6  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 
373 aa  56.6  0.0000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  31.36 
 
 
392 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  22.12 
 
 
440 aa  55.8  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  22.69 
 
 
447 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
367 aa  54.7  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.33 
 
 
425 aa  54.3  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.91 
 
 
445 aa  53.9  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  20.75 
 
 
394 aa  53.9  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0114  extracellular ligand-binding receptor  21.45 
 
 
383 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
398 aa  53.5  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
385 aa  53.5  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
385 aa  53.5  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 
382 aa  53.1  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  21.67 
 
 
392 aa  52.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
397 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
384 aa  52.8  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  29.37 
 
 
385 aa  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0756  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.8 
 
 
420 aa  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
380 aa  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.17 
 
 
411 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  22.18 
 
 
415 aa  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  21.43 
 
 
430 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
395 aa  51.6  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 
377 aa  51.6  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  25.17 
 
 
411 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
379 aa  51.2  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  23.17 
 
 
376 aa  51.2  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  25.18 
 
 
397 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
384 aa  50.8  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 
380 aa  50.8  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.82 
 
 
378 aa  50.4  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  19.71 
 
 
386 aa  50.8  0.00005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
379 aa  50.4  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
383 aa  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  22.14 
 
 
441 aa  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  21.25 
 
 
374 aa  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
403 aa  49.3  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  23.6 
 
 
386 aa  49.7  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  22.78 
 
 
408 aa  49.7  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  21.7 
 
 
399 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  21.37 
 
 
370 aa  49.3  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  21.88 
 
 
444 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  21.77 
 
 
444 aa  49.3  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  21.79 
 
 
421 aa  49.3  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  21.46 
 
 
382 aa  49.3  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
391 aa  49.7  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 
387 aa  49.7  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  19.37 
 
 
389 aa  49.7  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  24.83 
 
 
517 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  25.5 
 
 
394 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  23.22 
 
 
443 aa  48.5  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>