More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1834 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  100 
 
 		 357 aa  714    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  87.11 
 
 		 357 aa  612  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  87.11 
 
 		 357 aa  598  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  84.59 
 
 		 357 aa  592  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  75.63 
 
 		 355 aa  520  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  58.98 
 
 		 373 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  61.06 
 
 		 357 aa  434  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  61.9 
 
 		 357 aa  436  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  61.9 
 
 		 356 aa  422  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  57.7 
 
 		 357 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  57.7 
 
 		 357 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  59.38 
 
 		 357 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  58.54 
 
 		 357 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  59.38 
 
 		 357 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  42.66 
 
 		 349 aa  278  1e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  41.91 
 
 		 349 aa  263  4e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  43.93 
 
 		 345 aa  261  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  43.23 
 
 		 345 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  41.62 
 
 		 348 aa  259  4e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  44.13 
 
 		 355 aa  259  4e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  43.26 
 
 		 352 aa  258  9e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  40.23 
 
 		 346 aa  258  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  41.03 
 
 		 350 aa  256  3e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  41.03 
 
 		 350 aa  256  5e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  43.26 
 
 		 352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  40.74 
 
 		 350 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  43.26 
 
 		 352 aa  253  5.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  39.78 
 
 		 358 aa  232  7.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  41.62 
 
 		 358 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  41.46 
 
 		 358 aa  229  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 358 aa  229  6e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  38.51 
 
 		 358 aa  223  4e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 358 aa  219  7e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  40.5 
 
 		 368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  39.01 
 
 		 358 aa  208  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 358 aa  207  2e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  40.22 
 
 		 358 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 358 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  40.05 
 
 		 358 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.05 
 
 		 358 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  38.37 
 
 		 358 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 381 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  39.4 
 
 		 358 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  39.78 
 
 		 384 aa  200  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 358 aa  199  7e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  36.31 
 
 		 354 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 358 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 358 aa  195  9e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 358 aa  195  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  37.22 
 
 		 354 aa  194  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 358 aa  193  4e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 355 aa  193  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 358 aa  189  8e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  36.21 
 
 		 355 aa  189  9e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 370 aa  187  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  37.26 
 
 		 362 aa  186  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 356 aa  186  5e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  40.61 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 360 aa  179  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  35.36 
 
 		 354 aa  176  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 357 aa  176  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.51 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 321 aa  169  7e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  33.98 
 
 		 562 aa  167  2.9999999999999998e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  40.62 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.11 
 
 		 325 aa  166  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 571 aa  165  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  39.63 
 
 		 354 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  39.32 
 
 		 354 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  38.53 
 
 		 352 aa  162  8.000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.98 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 328 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 345 aa  162  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  30.81 
 
 		 389 aa  158  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  32.14 
 
 		 310 aa  156  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 360 aa  155  7e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.21 
 
 		 351 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  30.81 
 
 		 389 aa  155  9e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 389 aa  155  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  35.13 
 
 		 663 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  38.69 
 
 		 350 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.9 
 
 		 389 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  38 
 
 		 319 aa  152  7e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4821  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 400 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0314054  normal  0.774266 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 315 aa  152  8.999999999999999e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  29.84 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1463  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 358 aa  152  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 355 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 336 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  36.4 
 
 		 646 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  33.45 
 
 		 614 aa  150  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.24 
 
 		 339 aa  149  6e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 318 aa  149  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>