225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1707 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1911  endonuclease/exonuclease/phosphatase  60.38 
 
 		 940 aa  1169    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000962851  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1844  extracellular nuclease, putative  60.67 
 
 		 948 aa  1164    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5031  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.19 
 
 		 1075 aa  701    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0324828  normal  0.671967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1811  PKD domain-containing protein  60.71 
 
 		 944 aa  1155    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1201  PKD domain-containing protein  47.23 
 
 		 780 aa  667    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2272  endonuclease/exonuclease/phosphatase  61.26 
 
 		 942 aa  1181    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000211243  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1858  PKD domain-containing protein  60.19 
 
 		 944 aa  1163    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1534  PKD domain-containing protein  62.12 
 
 		 948 aa  1196    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.97112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1601  PKD domain-containing protein  61.91 
 
 		 948 aa  1190    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1707  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 		 955 aa  1943    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13340  extracellular nuclease  47.1 
 
 		 780 aa  667    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0905495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1595  PKD domain-containing protein  61.81 
 
 		 948 aa  1196    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.230765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1477  endonuclease/exonuclease/phosphatase  57.91 
 
 		 947 aa  1096    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0358  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.54 
 
 		 826 aa  648    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1819  PKD domain-containing protein  60.61 
 
 		 944 aa  1157    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2467  PKD domain containing protein  60.5 
 
 		 944 aa  1150    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.183397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2170  endonuclease/exonuclease/phosphatase  60.48 
 
 		 945 aa  1150    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.160261 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1622  endonuclease/exonuclease/phosphatase  60.92 
 
 		 944 aa  1156    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2634  extracellular ribonuclease/nuclease fusion protein  41.83 
 
 		 1310 aa  561  1e-158  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4989  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.04 
 
 		 848 aa  547  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.170324  normal  0.316341 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0828  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.5 
 
 		 818 aa  538  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.182782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0758  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.7 
 
 		 818 aa  535  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0350969 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01224  extracellular ribonuclease/nuclease fusion protein  42.68 
 
 		 1346 aa  527  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1033  endonuclease I  42.59 
 
 		 1503 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.8795  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4728  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.46 
 
 		 2346 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2828  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.46 
 
 		 1641 aa  422  1e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0419  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.71 
 
 		 1052 aa  419  9.999999999999999e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0131268  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1701  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.37 
 
 		 1148 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.427243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4098  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.03 
 
 		 604 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.535753 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2498  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  42.91 
 
 		 624 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.209723  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0259  putative extracellular nuclease  42.91 
 
 		 624 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2760  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.19 
 
 		 604 aa  411  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4749  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.19 
 
 		 604 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3418  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.19 
 
 		 604 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1440  putative extracellular nuclease  42.91 
 
 		 624 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1637  putative extracellular nuclease  42.91 
 
 		 624 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2637  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  42.91 
 
 		 624 aa  412  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.541694  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0292  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  42.91 
 
 		 624 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.262594  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2774  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.31 
 
 		 1641 aa  409  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0508724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1683  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.3 
 
 		 1148 aa  406  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5193  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.18 
 
 		 603 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.79221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0270  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.17 
 
 		 641 aa  402  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.527105  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1104  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.38 
 
 		 601 aa  390  1e-107  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.604194 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1568  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.41 
 
 		 942 aa  390  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.10217  normal  0.0647375 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3711  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.49 
 
 		 600 aa  391  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.187879  normal  0.194712 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3357  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.29 
 
 		 604 aa  385  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0532  extracellular nuclease, putative  42.52 
 
 		 622 aa  381  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0972  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.17 
 
 		 1266 aa  380  1e-104  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.705534  normal  0.368107 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5194  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.12 
 
 		 604 aa  383  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.337928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5536  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.99 
 
 		 627 aa  382  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.8971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.02 
 
 		 653 aa  379  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240387  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3718  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.28 
 
 		 870 aa  379  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3944  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.54 
 
 		 892 aa  374  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000110843  normal  0.791963 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3397  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.57 
 
 		 870 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00146831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4553  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.85 
 
 		 620 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3810  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.85 
 
 		 599 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.193506 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0890  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.72 
 
 		 870 aa  376  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.298934  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3193  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.83 
 
 		 871 aa  375  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00309211  normal  0.0976082 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3595  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.57 
 
 		 870 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0433948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3472  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.57 
 
 		 870 aa  372  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0137942  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2286  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.48 
 
 		 621 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.127089 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3714  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.68 
 
 		 620 aa  372  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.495775 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2945  extracellular nuclease  32.79 
 
 		 865 aa  372  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.172583 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0934  extracellular nuclease  44.33 
 
 		 514 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3009  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.94 
 
 		 876 aa  369  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00148055  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3033  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.72 
 
 		 870 aa  369  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.441038  normal  0.600162 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0941  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.61 
 
 		 870 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.578163  normal  0.129599 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0110  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.41 
 
 		 586 aa  369  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.738543  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1066  extracellular nuclease  33.02 
 
 		 871 aa  363  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0904  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.41 
 
 		 870 aa  360  8e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00895191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1361  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.34 
 
 		 573 aa  357  5e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.153605  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3284  extracellular nuclease-like protein  40.41 
 
 		 795 aa  357  7.999999999999999e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2906  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.04 
 
 		 873 aa  350  6e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.435339  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3943  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.07 
 
 		 885 aa  349  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.439448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4713  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.28 
 
 		 1284 aa  345  2.9999999999999997e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814549 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1364  putative exported nuclease  32.04 
 
 		 890 aa  340  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.587865  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3886  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.44 
 
 		 894 aa  338  3.9999999999999995e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000584422 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00081  nuclease  30.47 
 
 		 982 aa  330  9e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002273  predicted extracellular nuclease  31.13 
 
 		 984 aa  324  4e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2198  hypothetical protein  33.11 
 
 		 869 aa  320  7e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01770  predicted extracellular nuclease  33.45 
 
 		 863 aa  315  2.9999999999999996e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.609758  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  35.51 
 
 		 2667 aa  286  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  36.93 
 
 		 2775 aa  279  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2372  5'-Nucleotidase domain protein  36.16 
 
 		 2796 aa  278  5e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.308667 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2694  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.24 
 
 		 1010 aa  273  9e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.434546 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3281  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.69 
 
 		 1123 aa  264  4.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.310372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1188  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.45 
 
 		 575 aa  252  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.219404  normal  0.0718602 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3091  5'-Nucleotidase domain protein  31.06 
 
 		 1577 aa  249  1e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1631  5'-Nucleotidase domain protein  33.97 
 
 		 1652 aa  248  3e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.453464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1737  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.65 
 
 		 570 aa  243  7.999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.979917  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1063  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.27 
 
 		 554 aa  241  4e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2843  extracellular nuclease-like  34.27 
 
 		 945 aa  240  9e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0894144  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3615  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.44 
 
 		 868 aa  236  2.0000000000000002e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.705484  normal  0.0425486 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03816  nuclease  34.83 
 
 		 572 aa  234  8.000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33530  predicted extracellular nuclease  33.12 
 
 		 1591 aa  232  3e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0542188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2322  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.24 
 
 		 929 aa  230  1e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.451149  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0364  5'-Nucleotidase domain protein  30.54 
 
 		 1577 aa  226  1e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.381679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0697  5'-Nucleotidase domain protein  33.33 
 
 		 1506 aa  220  8.999999999999998e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.208594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03610  putative glutamate--cysteine ligase/putative amino acid ligase  29.75 
 
 		 902 aa  219  2.9999999999999998e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.230337  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0677  5'-nucleotidase domain-containing protein  29.08 
 
 		 1525 aa  218  5.9999999999999996e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.608053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>