47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1636 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1636  hypothetical protein  100 
 
 
1058 aa  2129    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0361894  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1845  hypothetical protein  32.91 
 
 
1068 aa  490  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.725746  normal  0.580829 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1791  hypothetical protein  32.79 
 
 
1070 aa  489  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.684722  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2064  hypothetical protein  31.97 
 
 
1086 aa  486  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2187  hypothetical protein  31.98 
 
 
1108 aa  480  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.87239  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2186  hypothetical protein  45.63 
 
 
1066 aa  438  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.222967  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2434  hypothetical protein  50.12 
 
 
1148 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.491363  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2545  hypothetical protein  49.64 
 
 
1120 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.960719  normal  0.0399031 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2110  hypothetical protein  45.68 
 
 
1222 aa  376  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2698  hypothetical protein  39.29 
 
 
1205 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.737361  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1849  hypothetical protein  38.06 
 
 
1104 aa  283  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1914  hypothetical protein  37.32 
 
 
1134 aa  281  4e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.167412  normal  0.675287 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2166  hypothetical protein  39.67 
 
 
1307 aa  252  3e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.678719 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1481  hypothetical protein  38.35 
 
 
1100 aa  250  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.342651  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2136  hypothetical protein  30.29 
 
 
863 aa  85.5  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.233841  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2427  hypothetical protein  25.64 
 
 
1154 aa  84.7  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0924938  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4714  hypothetical protein  32.14 
 
 
882 aa  84.3  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1924  hypothetical protein  26.15 
 
 
1164 aa  80.9  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787497  normal  0.0260112 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0618  hypothetical protein  30.23 
 
 
673 aa  78.6  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3336  hypothetical protein  31.13 
 
 
860 aa  75.1  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.658956  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70070  hypothetical protein  27.97 
 
 
854 aa  73.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35270  hypothetical protein  29.31 
 
 
863 aa  70.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.786077  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6081  hypothetical protein  32.45 
 
 
847 aa  70.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.82344  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1472  hypothetical protein  29.94 
 
 
712 aa  68.6  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1045  hypothetical protein  29.55 
 
 
857 aa  66.6  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0251387  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1553  hypothetical protein  30 
 
 
891 aa  63.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0122844  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1084  hypothetical protein  28 
 
 
888 aa  57.8  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1205  hypothetical protein  25.29 
 
 
702 aa  55.5  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1120  hypothetical protein  28.67 
 
 
688 aa  53.1  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000538221  normal  0.614169 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1372  hypothetical protein  27.39 
 
 
707 aa  51.2  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.709287  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2003  hypothetical protein  27.78 
 
 
879 aa  48.5  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1943  hypothetical protein  24.58 
 
 
879 aa  48.5  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00013464  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1780  hypothetical protein  26.16 
 
 
867 aa  45.8  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1693  hypothetical protein  24.58 
 
 
878 aa  45.4  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190171 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2291  hypothetical protein  25.29 
 
 
863 aa  45.4  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0813621  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1770  hypothetical protein  27.68 
 
 
879 aa  45.1  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.930224 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1766  hypothetical protein  24.29 
 
 
878 aa  45.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.916643  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01366  hypothetical protein  25.29 
 
 
879 aa  45.1  0.008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1468  hypothetical protein  25.29 
 
 
879 aa  45.1  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1763  hypothetical protein  24.29 
 
 
878 aa  45.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0322713 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1919  hypothetical protein  32.89 
 
 
904 aa  45.1  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01353  hypothetical protein  25.29 
 
 
879 aa  45.1  0.008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2264  conserved hypothetical protein  27.68 
 
 
879 aa  45.1  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0095574  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1510  hypothetical protein  24.29 
 
 
878 aa  44.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1619  hypothetical protein  26.7 
 
 
879 aa  44.7  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2274  hypothetical protein  25.29 
 
 
879 aa  44.7  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1566  hypothetical protein  27.68 
 
 
879 aa  44.7  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>