More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1486 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1486  ribosomal biogenesis GTPase  100 
 
 		 313 aa  641    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2306  ribosomal biogenesis GTPase  87.86 
 
 		 313 aa  578  1e-164  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.575224  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1855  ribosomal biogenesis GTPase  85.3 
 
 		 313 aa  553  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1882  ribosomal biogenesis GTPase  85.3 
 
 		 313 aa  553  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.140157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2437  ribosomal biogenesis GTPase  85.3 
 
 		 313 aa  554  1e-157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.743849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1889  ribosomal biogenesis GTPase  85.3 
 
 		 313 aa  553  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1752  ribosomal biogenesis GTPase  85.3 
 
 		 313 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2029  ribosomal biogenesis GTPase  83.92 
 
 		 312 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.831437  normal  0.492608 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2638  ribosomal biogenesis GTPase  82.64 
 
 		 312 aa  534  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00454653  normal  0.052608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2590  ribosomal biogenesis GTPase  85.62 
 
 		 313 aa  532  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1589  ribosomal biogenesis GTPase  80.83 
 
 		 313 aa  526  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2186  ribosomal biogenesis GTPase  83.97 
 
 		 313 aa  524  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2263  ribosomal biogenesis GTPase  83.97 
 
 		 313 aa  524  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2395  ribosomal biogenesis GTPase  83.97 
 
 		 313 aa  525  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.806942 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2508  ribosomal biogenesis GTPase  81.09 
 
 		 312 aa  510  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1993  ribosomal biogenesis GTPase  77.07 
 
 		 314 aa  502  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0543739  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000287  50S ribosomal subunit maturation GTPase RbgA  68.2 
 
 		 314 aa  411  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.146408  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0669  ribosomal biogenesis GTPase  63.34 
 
 		 311 aa  411  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.378944  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0461  ribosomal biogenesis GTPase  66.08 
 
 		 314 aa  407  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.178573  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06087  ribosomal biogenesis GTPase  65.37 
 
 		 314 aa  398  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2453  ribosomal biogenesis GTPase  61.84 
 
 		 312 aa  395  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.643671  normal  0.265294 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3634  ribosomal biogenesis GTPase  65.94 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.909228  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2283  ribosomal biogenesis GTPase  55.13 
 
 		 318 aa  360  1e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0251974 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1982  ribosomal biogenesis GTPase  54.81 
 
 		 318 aa  358  5e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.360178 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1703  ribosomal biogenesis GTPase  58.21 
 
 		 310 aa  356  2.9999999999999997e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.237834  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02636  ribosomal biogenesis GTPase  58.8 
 
 		 323 aa  335  7.999999999999999e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0169  ribosomal biogenesis GTPase  52.79 
 
 		 323 aa  328  6e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000316145  normal  0.720532 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2377  ribosomal biogenesis GTPase  54.4 
 
 		 307 aa  327  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1054  ribosomal biogenesis GTPase  50.48 
 
 		 315 aa  325  5e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1349  GTP-binding  50.67 
 
 		 319 aa  312  4.999999999999999e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00974199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1688  GTP-binding protein HSR1-related  51.45 
 
 		 341 aa  304  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.161371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0773  GTPases  50.36 
 
 		 280 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.79834e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1554  GTP-binding protein  51.06 
 
 		 281 aa  300  3e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1301  GTP-binding protein HSR1-related  48.95 
 
 		 299 aa  298  6e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000833299 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1604  GTP-binding protein, HSR1-related  49.82 
 
 		 277 aa  298  1e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452633  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2924  HSR1-related GTP-binding protein  48.41 
 
 		 299 aa  295  6e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2146  GTP-binding protein, HSR1-related  47.72 
 
 		 305 aa  294  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1204  GTP-binding  49.15 
 
 		 305 aa  286  4e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1682  GTP-binding protein HSR1-related  49.82 
 
 		 324 aa  285  5e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1095  ribosomal biogenesis GTPase  47.87 
 
 		 283 aa  273  3e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00065113  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2490  ribosomal biogenesis GTPase  46.62 
 
 		 287 aa  267  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000101626  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3880  ribosomal biogenesis GTPase  45.91 
 
 		 296 aa  263  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000579568  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3579  ribosomal biogenesis GTPase  45.91 
 
 		 296 aa  263  3e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000271121  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2120  GTPase  47.12 
 
 		 304 aa  263  4e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3396  GTP-binding  43.35 
 
 		 330 aa  263  4e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3661  ribosomal biogenesis GTPase  43.56 
 
 		 296 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000313796  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3597  ribosomal biogenesis GTPase  45.91 
 
 		 296 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00124948  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3851  ribosomal biogenesis GTPase  45.91 
 
 		 296 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.126e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3689  ribosomal biogenesis GTPase  45.91 
 
 		 296 aa  262  6.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0162209  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3976  ribosomal biogenesis GTPase  45.91 
 
 		 296 aa  262  6.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000127206  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1988  ribosomal biogenesis GTPase  46.64 
 
 		 288 aa  261  8e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1307  ribosomal biogenesis GTPase  43.89 
 
 		 296 aa  261  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615833  unclonable  1.55704e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3936  ribosomal biogenesis GTPase  45.55 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000467955  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3885  ribosomal biogenesis GTPase  45.55 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000521697  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1312  GTP-binding protein, HSR1-related  43.73 
 
 		 319 aa  260  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1227  GTP-binding protein HSR1-related  47.81 
 
 		 279 aa  256  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2510  GTP-binding protein, HSR1-related  44.67 
 
 		 319 aa  252  7e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.271003  normal  0.0153931 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1388  GTP-binding  41.99 
 
 		 316 aa  252  7e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1350  GTP-binding protein HSR1-related  44.67 
 
 		 319 aa  251  8.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0587703  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1785  GTP-binding  42.71 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3629  GTP-binding protein HSR1-related  44.26 
 
 		 320 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2758  GTP-binding protein, HSR1-related  43.09 
 
 		 329 aa  245  6e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0145905 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2474  GTP-binding protein HSR1-related  42.67 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.188866  normal  0.279197 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2487  GTP-binding protein HSR1-related  42.16 
 
 		 328 aa  243  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000110563 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1961  ribosomal biogenesis GTPase  43.42 
 
 		 281 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.648804  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1679  ribosomal biogenesis GTPase  43.06 
 
 		 281 aa  241  7.999999999999999e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.607688  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1203  GTP-binding protein HSR1-related  45.94 
 
 		 283 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000139155  normal  0.179888 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2270  GTP-binding protein  43.01 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193404  hitchhiker  0.000000344964 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0763  GTP-binding protein YlqF  43.55 
 
 		 291 aa  236  3e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000221052  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2048  GTP-binding protein, HSR1-related  42.7 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000391161  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1013  ribosomal biogenesis GTPase  42.09 
 
 		 283 aa  233  4.0000000000000004e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.132908  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0716  GTP1/OBG protein  41.46 
 
 		 292 aa  229  3e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00781144  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0919  ribosomal biogenesis GTPase  41.73 
 
 		 284 aa  229  5e-59  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.294572  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1416  ribosomal biogenesis GTPase  42.46 
 
 		 283 aa  224  1e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00443588  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2401  GTP-binding protein HSR1-related  40.55 
 
 		 292 aa  222  4.9999999999999996e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00457359  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1707  GTP-binding protein, HSR1-related  43.21 
 
 		 277 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.12169  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0811  ribosomal biogenesis GTPase  39.64 
 
 		 287 aa  216  4e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00749287  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0663  GTP-binding protein, HSR1-related  37.15 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.011457  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1302  ribosomal biogenesis GTPase  39.49 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00764479  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1327  ribosomal biogenesis GTPase  39.49 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.575844  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1409  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  41.03 
 
 		 271 aa  211  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.421311  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07360  GTP-binding protein HSR1-related  38.38 
 
 		 282 aa  209  7e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000017476  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1293  GTP-binding protein HSR1-related  39.01 
 
 		 280 aa  205  6e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000027879  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3753  GTP1/OBG protein  40.57 
 
 		 276 aa  205  8e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336118  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0776  GTP-binding protein YlqF  39.08 
 
 		 290 aa  199  6e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.119569  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1367  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  37.67 
 
 		 292 aa  197  3e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0186  GTP-binding protein HSR1-related protein  39.86 
 
 		 285 aa  194  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0913  GTPase  38.65 
 
 		 279 aa  192  7e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773459 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0764  GTP-binding protein YlqF  36.2 
 
 		 284 aa  190  2e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1018  GTPase  35.25 
 
 		 282 aa  189  7e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.447609  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1490  GTP-binding protein  35.13 
 
 		 278 aa  185  9e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000659617  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0973  GTP-binding protein HSR1-related protein  37.5 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000015477  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0705  GTP-binding protein HSR1-related protein  35.31 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0973  GTP-binding protein YlqF  35.21 
 
 		 270 aa  169  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000216329  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl538  GTPase  34.45 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000607031  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0663  ribosomal biogenesis GTPase  31.39 
 
 		 279 aa  158  9e-38  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.5554  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0843  GTP-binding protein HSR1-related  32.84 
 
 		 271 aa  150  4e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0158  GTP-binding protein HSR1-related  31.99 
 
 		 262 aa  145  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0160  GTP-binding protein, HSR1-related  31.99 
 
 		 262 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.210718  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0483  GTP-binding protein, HSR1-related  33.09 
 
 		 258 aa  144  2e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>