78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1484 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  100 
 
 		 282 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  54.72 
 
 		 281 aa  289  3e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  56.3 
 
 		 291 aa  285  8e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  51.45 
 
 		 311 aa  280  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  49.49 
 
 		 304 aa  278  6e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  52.92 
 
 		 309 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  52.53 
 
 		 315 aa  271  6e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  52.14 
 
 		 315 aa  271  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  52.76 
 
 		 302 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  53.18 
 
 		 270 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  51.75 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  52.36 
 
 		 302 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  51.94 
 
 		 309 aa  266  4e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  45.96 
 
 		 279 aa  266  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  53.78 
 
 		 288 aa  265  5e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  50 
 
 		 279 aa  263  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  47.14 
 
 		 292 aa  255  6e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  46.89 
 
 		 279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  46.4 
 
 		 303 aa  252  6e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  45.55 
 
 		 337 aa  251  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  43.01 
 
 		 295 aa  249  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  46.24 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  48.83 
 
 		 290 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  45.2 
 
 		 284 aa  243  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  48.03 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  39.87 
 
 		 317 aa  238  6.999999999999999e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  46.51 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  45.35 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  44.23 
 
 		 306 aa  232  6e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  41.67 
 
 		 272 aa  229  3e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  42.75 
 
 		 282 aa  227  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  41.61 
 
 		 275 aa  226  4e-58  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  39.42 
 
 		 281 aa  223  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  43.95 
 
 		 283 aa  216  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  40.07 
 
 		 282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  41.73 
 
 		 279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  39.72 
 
 		 282 aa  213  1.9999999999999998e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  39.72 
 
 		 282 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  39.07 
 
 		 269 aa  206  3e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  40.8 
 
 		 312 aa  205  5e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  39.16 
 
 		 271 aa  203  3e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  41.8 
 
 		 272 aa  202  6e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  42.56 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  42.13 
 
 		 375 aa  195  9e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  41.73 
 
 		 326 aa  193  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  42.56 
 
 		 282 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  39.22 
 
 		 275 aa  186  5e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  37.25 
 
 		 266 aa  186  5e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  25.53 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  27.92 
 
 		 901 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  26.7 
 
 		 437 aa  54.7  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  26.24 
 
 		 437 aa  53.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  28.18 
 
 		 412 aa  52.4  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  31.79 
 
 		 825 aa  50.4  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  31.15 
 
 		 833 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  31.15 
 
 		 833 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  25.86 
 
 		 853 aa  48.9  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  26.52 
 
 		 437 aa  48.5  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  32.37 
 
 		 845 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  27.91 
 
 		 843 aa  47  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  28.12 
 
 		 832 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  25.88 
 
 		 936 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  25.65 
 
 		 936 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  30.52 
 
 		 927 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  27.46 
 
 		 828 aa  43.9  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  28.34 
 
 		 847 aa  43.9  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  28.08 
 
 		 840 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  24.6 
 
 		 852 aa  43.5  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  27.86 
 
 		 542 aa  43.5  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  26.47 
 
 		 845 aa  43.5  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  29.59 
 
 		 534 aa  43.5  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  29.61 
 
 		 949 aa  43.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  28.67 
 
 		 932 aa  42.7  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  29.15 
 
 		 833 aa  42.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  25.48 
 
 		 864 aa  42.4  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  28.26 
 
 		 939 aa  42.4  0.008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.95 
 
 		 510 aa  42.4  0.008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  28.43 
 
 		 847 aa  42.4  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>