More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1305 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1305  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 
204 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2698  putative threonine efflux protein  39.41 
 
 
208 aa  117  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.575587  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0980  hypothetical protein  38.51 
 
 
207 aa  115  3.9999999999999997e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00272416  normal  0.0487785 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2151  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.6 
 
 
230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1001  lysine exporter protein LysE/YggA  33.66 
 
 
206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.953537  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3492  lysine exporter protein LysE/YggA  33.16 
 
 
206 aa  107  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.724976  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2641  hypothetical protein  33.5 
 
 
205 aa  106  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.774137 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0365  RhtB family transporter  30.05 
 
 
205 aa  104  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4540  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.41 
 
 
205 aa  101  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529468  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2432  RhtB family transporter  32.84 
 
 
207 aa  101  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.274649  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4341  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.61 
 
 
205 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.791137 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0186  amino acid transporter LysE  32.81 
 
 
205 aa  99.8  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4606  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.94 
 
 
242 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.118982 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3100  lysine exporter protein LysE/YggA  30.94 
 
 
212 aa  97.8  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.397202 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3016  lysine exporter protein LysE/YggA  34.68 
 
 
205 aa  94.7  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  30.43 
 
 
205 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2610  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.55 
 
 
211 aa  89.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.817626  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3363  lysine exporter protein LysE/YggA  32.57 
 
 
203 aa  89.4  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0656798  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3092  lysine exporter protein LysE/YggA  30.85 
 
 
208 aa  89  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0606278  hitchhiker  0.00000000000145641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2754  lysine exporter protein LysE/YggA  31.61 
 
 
205 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.679259  normal  0.0643821 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4806  lysine exporter protein LysE/YggA  29.82 
 
 
203 aa  88.6  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.135415  normal  0.130992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2870  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.04 
 
 
211 aa  87.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.75176  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0945  lysine exporter protein LysE/YggA  28.78 
 
 
203 aa  87.4  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1345  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.16 
 
 
208 aa  87.4  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123136  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4137  lysine exporter protein LysE/YggA  29.47 
 
 
205 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  29.81 
 
 
206 aa  86.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1248  amino acid transporter LysE  33.51 
 
 
255 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.483142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3462  lysine exporter protein LysE/YggA  30.58 
 
 
209 aa  86.3  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1277  lysine exporter protein LysE/YggA  32.99 
 
 
205 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.476992 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0929  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.82 
 
 
209 aa  85.1  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1476  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.02 
 
 
205 aa  84.7  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.779186  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0364  lysine exporter protein LysE/YggA  30.54 
 
 
203 aa  84  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1442  lysine exporter protein LysE/YggA  30.65 
 
 
217 aa  84.3  0.000000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.754857 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0004  lysine exporter protein LysE/YggA  29.28 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.309415  normal  0.377015 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4143  lysine exporter protein LysE/YggA  31.28 
 
 
205 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.218888  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3865  lysine exporter protein LysE/YggA  29.38 
 
 
210 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.149729 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1173  lysine exporter protein LysE/YggA  32.88 
 
 
206 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.813849 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4198  lysine exporter protein LysE/YggA  33.91 
 
 
203 aa  82.4  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000025376 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3434  lysine exporter protein LysE/YggA  30.21 
 
 
203 aa  82  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2456  lysine exporter protein LysE/YggA  29.76 
 
 
205 aa  82  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010294  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.98 
 
 
204 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0010  lysine exporter protein LysE/YggA  26.6 
 
 
207 aa  81.6  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.803659 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2130  lysine exporter protein LysE/YggA  32.46 
 
 
202 aa  81.3  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00000391872  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4548  lysine exporter protein LysE/YggA  32.02 
 
 
212 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340064  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0053  lysine exporter protein LysE/YggA  33.67 
 
 
204 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.36 
 
 
205 aa  81.3  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0303  lysine exporter protein LysE/YggA  35.05 
 
 
205 aa  80.1  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.85144e-16  normal  0.0852573 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1065  lysine exporter protein LysE/YggA  34.87 
 
 
204 aa  80.1  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.180582  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3399  lysine exporter protein LysE/YggA  32.48 
 
 
221 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.944216  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4686  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.73 
 
 
216 aa  80.1  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.990518 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3385  lysine exporter protein LysE/YggA  32.83 
 
 
214 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201071 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29500  putative threonine efflux protein  31.03 
 
 
207 aa  79.3  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.585854  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2059  LysE family amino acid efflux protein  30.65 
 
 
217 aa  79  0.00000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.513091  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0028  lysine exporter protein LysE/YggA  31.09 
 
 
204 aa  79  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.214928 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0047  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.09 
 
 
204 aa  79  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.743196  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002123  putative threonine efflux protein  28.21 
 
 
205 aa  78.6  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0244  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.93 
 
 
206 aa  78.6  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0065  lysine exporter protein LysE/YggA  31.47 
 
 
208 aa  77.8  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.969114 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2107  lysine exporter protein LysE/YggA  28.95 
 
 
210 aa  76.6  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.314049 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0918  lysine exporter protein LysE/YggA  29.27 
 
 
209 aa  76.6  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1031  hypothetical protein  28.99 
 
 
212 aa  76.6  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.332162  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2405  lysine exporter protein LysE/YggA  31.91 
 
 
208 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6008  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.48 
 
 
208 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.435355 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2944  lysine exporter protein LysE/YggA  28.21 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3817  lysine exporter protein LysE/YggA  31.91 
 
 
208 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0893485  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0005  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.72 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.325089 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1754  lysine exporter protein LysE/YggA  30 
 
 
211 aa  75.9  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.335434  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4659  lysine exporter protein LysE/YggA  31.91 
 
 
208 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.80151  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3704  lysine exporter protein LysE/YggA  31.91 
 
 
208 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.326067  normal  0.173855 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5030  lysine exporter protein LysE/YggA  31.38 
 
 
242 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778866  normal  0.678911 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4677  lysine exporter protein LysE/YggA  28.65 
 
 
203 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532936  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.21 
 
 
204 aa  74.7  0.0000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1333  lysine exporter protein LysE/YggA  29.65 
 
 
212 aa  74.3  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0005  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.33 
 
 
203 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610199  normal  0.647138 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3972  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.23 
 
 
206 aa  74.3  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.422052  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4291  homoserine/homoserine lactone efflux protein  26.24 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03703  neutral amino-acid efflux system  26.24 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4155  homoserine/threonine efflux pump  26.24 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.9 
 
 
208 aa  73.6  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03652  hypothetical protein  26.24 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0220  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.41 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0075  lysine exporter protein LysE/YggA  32.49 
 
 
208 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2243  amino acid efflux pump, RhtB family protein  34.68 
 
 
208 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.810397  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1078  lysine exporter protein LysE/YggA  28.8 
 
 
204 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4048  homoserine/homoserine lactone efflux protein  26.24 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3931  amino acid transporter LysE  29.84 
 
 
213 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.87 
 
 
206 aa  73.2  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0042632  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4184  homoserine/homoserine lactone efflux protein  26.24 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.340963 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5265  homoserine/homoserine lactone efflux protein  26.24 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.624144 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1886  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.81 
 
 
214 aa  72.8  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.259351  normal  0.142425 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0743  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.65 
 
 
223 aa  72.8  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0048  lysine exporter protein LysE/YggA  30.73 
 
 
204 aa  72.8  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1470  lysine exporter protein LysE/YggA  26.94 
 
 
207 aa  72.8  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0024  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.14 
 
 
208 aa  72.8  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4345  homoserine/homoserine lactone efflux protein  25.74 
 
 
206 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.78 
 
 
213 aa  72.4  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.65 
 
 
206 aa  72  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476612  normal  0.152884 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0092  lysine exporter protein LysE/YggA  31.79 
 
 
211 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0964  lysine exporter protein LysE/YggA  29.79 
 
 
205 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0177449 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4152  lysine exporter protein LysE/YggA  28.09 
 
 
203 aa  72  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>