96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1222 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1222  transcriptional regulator, putative  100 
 
 
293 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2626  transcriptional regulator, putative  80.43 
 
 
336 aa  476  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1327  transcriptional regulator, putative  71.17 
 
 
289 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2928  transcriptional regulator, putative  72.22 
 
 
289 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1454  transcriptional regulator, putative  72.22 
 
 
289 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0697104  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1426  transcriptional regulator, putative  72.22 
 
 
289 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2732  transcriptional regulator, putative  70.9 
 
 
289 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1420  transcriptional regulator, putative  71.85 
 
 
289 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2839  transcriptional regulator, putative  70.9 
 
 
289 aa  408  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2665  transcriptional regulator, putative  70.9 
 
 
289 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1603  transcriptional regulator, putative  70.37 
 
 
302 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3201  transcriptional regulator, putative  70.57 
 
 
288 aa  403  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1424  transcriptional regulator, putative  68.68 
 
 
288 aa  391  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2906  transcriptional regulator, putative  68.68 
 
 
288 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2664  transcriptional regulator, putative  68.3 
 
 
284 aa  383  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1116  transcriptional regulator, putative  52.61 
 
 
272 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1683  hypothetical protein  41.25 
 
 
275 aa  183  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3105  hypothetical protein  40.15 
 
 
290 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0120  hypothetical protein  36.08 
 
 
497 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0917  transposase  36.08 
 
 
327 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1378  putative integrase  36.08 
 
 
325 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00372186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1782  putative integrase  36.08 
 
 
325 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2179  transposase  36.08 
 
 
325 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2194  putative transposase  36.08 
 
 
329 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2493  transposase, putative  36.08 
 
 
325 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  36.08 
 
 
441 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2250  putative transposase  36.08 
 
 
333 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0344  Integrase catalytic region  35.69 
 
 
325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000845152  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3709  Integrase catalytic region  35.69 
 
 
325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.108327 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1631  Integrase catalytic region  30.12 
 
 
329 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1401  integrase catalytic subunit  30.37 
 
 
323 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1301  integrase catalytic subunit  29.06 
 
 
321 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2535  integrase catalytic subunit  29.92 
 
 
323 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4152  transposase ISRme5 (copy d)  29.06 
 
 
321 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.29962  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1251  integrase catalytic subunit  29.06 
 
 
333 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1280  integrase catalytic subunit  29.06 
 
 
463 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.722165  normal  0.296416 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1424  integrase catalytic subunit  30 
 
 
323 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1371  Fis family transcriptional regulator  44.78 
 
 
179 aa  99  8e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0199142  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01280  transposase  31.72 
 
 
216 aa  97.4  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0995831  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00518  transposase  31.72 
 
 
216 aa  97.4  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2660  integrase catalytic subunit  29.66 
 
 
323 aa  96.3  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.271661 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2400  integrase catalytic subunit  41.13 
 
 
316 aa  92  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.61618  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1780  integrase catalytic subunit  41.13 
 
 
316 aa  92  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0228632  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0224  integrase catalytic subunit  41.13 
 
 
316 aa  92  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1767  integrase catalytic subunit  41.13 
 
 
316 aa  92  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1353  integrase catalytic subunit  41.13 
 
 
316 aa  92  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.4232  normal  0.0729626 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1054  integrase catalytic subunit  41.13 
 
 
316 aa  92  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.161609  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2225  integrase, catalytic region  25.97 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00213091  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1717  integrase, catalytic region  25.97 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0171721  normal  0.307075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1296  integrase, catalytic region  25.97 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2818  integrase, catalytic region  25.97 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1097  integrase, catalytic region  25.97 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.495543  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2918  integrase, catalytic region  25.97 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0481  integrase, catalytic region  25.97 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0308  integrase, catalytic region  25.97 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1293  integrase, catalytic region  40.77 
 
 
329 aa  87.4  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.345302  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0366  integrase, catalytic region  40.77 
 
 
329 aa  87.4  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2899  integrase, catalytic region  25.97 
 
 
327 aa  87.4  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0219368 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3839  hypothetical protein  25.72 
 
 
319 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.0595051 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3743  hypothetical protein  25.72 
 
 
319 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1814  integrase catalytic subunit  25.72 
 
 
319 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0485004  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0053  integrase catalytic subunit  25.72 
 
 
319 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142705  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3474  hypothetical protein  37.69 
 
 
206 aa  85.5  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.180544 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2917  integrase, catalytic region  36.92 
 
 
321 aa  85.5  9e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.437302 
 
 
-
 
NC_002978  WD0176  transposase, putative  37.69 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25530  Integrase, catalytic domain-containing protein  25.38 
 
 
265 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2557  integrase, catalytic region  35.38 
 
 
188 aa  78.2  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.805017  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0952  hypothetical protein  25.78 
 
 
320 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3372  integrase catalytic region  35.48 
 
 
321 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1518  hypothetical protein  42.7 
 
 
101 aa  76.6  0.0000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7134  Integrase catalytic core  24.8 
 
 
303 aa  75.9  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2980  hypothetical protein  40.2 
 
 
274 aa  73.9  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653613  normal  0.40333 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1273  hypothetical protein  24.9 
 
 
314 aa  73.9  0.000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0999856 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1875  Integrase catalytic region  36.15 
 
 
355 aa  73.2  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0702445 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2291  Integrase catalytic region  36.15 
 
 
348 aa  73.2  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.152349 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0692  Integrase catalytic region  36.15 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.229145  normal  0.133209 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1668  Integrase catalytic region  36.15 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412192  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2721  Integrase catalytic region  36.15 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.562875  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3258  Integrase catalytic region  36.15 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1176  hypothetical protein  23.35 
 
 
284 aa  72.8  0.000000000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.118975 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2422  Integrase catalytic region  36.15 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0554  hypothetical protein  25.11 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    unclonable  0.000000000279647 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0481  integrase catalytic region  35.38 
 
 
463 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1515  integrase catalytic region  34.38 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.60322  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7791  Integrase catalytic region  27.16 
 
 
323 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562755  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8690  putative integrase  34.13 
 
 
157 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0122  integrase, catalytic region  33.85 
 
 
221 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5037  Integrase catalytic region  33.33 
 
 
274 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0021  putative integrase  32.73 
 
 
332 aa  53.9  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468061 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0793  putative integrase  32.73 
 
 
343 aa  53.9  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.638394 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5447  Integrase catalytic region  38.27 
 
 
277 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.681137  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0838  integrase, catalytic region  39.73 
 
 
286 aa  50.4  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204021  hitchhiker  0.00436144 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2850  integrase, catalytic region  39.73 
 
 
329 aa  50.4  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0529  integrase, catalytic core  22.06 
 
 
259 aa  50.1  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4022  Integrase catalytic region  26.48 
 
 
330 aa  49.3  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500717  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0142  integrase, catalytic region  35.62 
 
 
111 aa  44.3  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>